转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 28 / 133 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005082 Chr02 NC_080388.1:72459181-72459189promoter 内 134-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 72451388-72455322(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGA
SmilChr01G005452 Chr01 NC_080387.1:71578216-71578224promoter 内 96-104 bp + 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 71570016-71574319(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGG
SmilChr02G003544 Chr02 NC_080388.1:56599718-56599726promoter 内 70-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 56603649-56603764(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGA
SmilChr01G000898 Chr01 NC_080387.1:19057867-19057875promoter 内 3579-3587 bp + 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 19058289-19060128(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr01G005314 Chr01 NC_080387.1:70394019-70394027promoter 内 3149-3157 bp + 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 70392116-70393175(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr01G002327 Chr01 NC_080387.1:40416520-40416528promoter 内 2450-2458 bp + 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 40413969-40414977(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr04G002812 Chr04 NC_080390.1:44136095-44136103promoter 内 1943-1951 bp + 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 44130870-44134045(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr02G004918 Chr02 NC_080388.1:71195331-71195339promoter 内 1928-1936 bp + 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 71197404-71199744(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr04G000889 Chr04 NC_080390.1:11404836-11404844promoter 内 1913-1921 bp - 2080 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 11400353-11402756(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr01G000899 Chr01 NC_080387.1:19057867-19057875promoter 内 1710-1718 bp + 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 19060158-19062455(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr01G005315 Chr01 NC_080387.1:70394019-70394027promoter 内 1375-1383 bp + 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 70396645-70397726(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr01G000749 Chr01 NC_080387.1:16566137-16566145promoter 内 1058-1066 bp - 2935 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 16569080-16570541(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr02G004928 Chr02 NC_080388.1:71289316-71289324promoter 内 406-414 bp - 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 71292911-71295909(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr01G004488 Chr01 NC_080387.1:63011172-63011180promoter 内 3837-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 63011336-63014466(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr01G002283 Chr01 NC_080387.1:39619851-39619859promoter 内 3657-3665 bp + 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 39613927-39619515(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr02G003830 Chr02 NC_080388.1:59951356-59951364promoter 内 3618-3626 bp - 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 59951739-59952492(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr04G002080 Chr04 NC_080390.1:33567481-33567489promoter 内 3618-3626 bp - 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 33567864-33568617(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr03G001962 Chr03 NC_080389.1:28111189-28111197promoter 内 3570-3578 bp - 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 28111620-28116633(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr02G002796 Chr02 NC_080388.1:48056332-48056340promoter 内 3262-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 48039990-48055601(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr03G002973 Chr03 NC_080389.1:46527476-46527484promoter 内 2894-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 46524990-46526377(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr03G004458 Chr03 NC_080389.1:62681694-62681702promoter 内 2728-2736 bp + 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 62675581-62680429(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr01G002845 Chr01 NC_080387.1:47021371-47021379promoter 内 2691-2699 bp + 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 47019019-47020069(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr02G003189 Chr02 NC_080388.1:53048959-53048967promoter 内 2683-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 53050277-53053110(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr02G000710 Chr02 NC_080388.1:11458362-11458370promoter 内 2656-2664 bp + 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 11455871-11457025(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr01G001971 Chr01 NC_080387.1:35108909-35108917promoter 内 2598-2606 bp + 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 35104121-35107514(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr02G002463 Chr02 NC_080388.1:42972108-42972116promoter 内 2555-2563 bp + 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 42965984-42970670(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr02G004442 Chr02 NC_080388.1:66785924-66785932promoter 内 2543-2551 bp + 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 66787382-66787453(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr04G002388 Chr04 NC_080390.1:38403558-38403566promoter 内 2538-2546 bp - 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 38405021-38406730(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr01G003720 Chr01 NC_080387.1:55526223-55526231promoter 内 2456-2464 bp + 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 55527768-55530226(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr03G004459 Chr03 NC_080389.1:62681694-62681702promoter 内 2298-2306 bp + 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 62679200-62679999(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr04G002693 Chr04 NC_080390.1:42344148-42344156promoter 内 2184-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 42338177-42342339(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr02G004430 Chr02 NC_080388.1:66654078-66654086promoter 内 2178-2186 bp - 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 66646396-66652263(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr02G003831 Chr02 NC_080388.1:59951356-59951364promoter 内 2157-2165 bp - 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 59953200-59954266(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr04G002038 Chr04 NC_080390.1:33099072-33099080promoter 内 2042-2050 bp - 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 33096335-33097121(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr02G004823 Chr02 NC_080388.1:70340750-70340758promoter 内 1984-1992 bp - 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 70334940-70338741(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr03G004244 Chr03 NC_080389.1:60958229-60958237promoter 内 1976-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 60946300-60956212(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr04G001788 Chr04 NC_080390.1:29327876-29327884promoter 内 1945-1953 bp - 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 29324042-29325828(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr03G000443 Chr03 NC_080389.1:4761944-4761952promoter 内 1828-1836 bp + 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 4750249-4759779(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr04G000651 Chr04 NC_080390.1:7358157-7358165promoter 内 1775-1783 bp + 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 7360383-7361896(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr03G003726 Chr03 NC_080389.1:56285031-56285039promoter 内 1758-1766 bp - 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 56287274-56287975(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr02G003108 Chr02 NC_080388.1:52068582-52068590promoter 内 1710-1718 bp + 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 52070873-52071691(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr02G004554 Chr02 NC_080388.1:68061209-68061217promoter 内 1513-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 68055111-68058729(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr03G004667 Chr03 NC_080389.1:64139380-64139388promoter 内 1485-1493 bp - 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 64135070-64136872(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr02G001031 Chr02 NC_080388.1:18241378-18241386promoter 内 1396-1404 bp + 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 18236777-18238781(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr01G000540 Chr01 NC_080387.1:11110011-11110019promoter 内 1081-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 11112931-11117794(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr02G005191 Chr02 NC_080388.1:73196416-73196424promoter 内 1001-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 73199416-73201412(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr01G002003 Chr01 NC_080387.1:35535901-35535909promoter 内 971-979 bp + 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 35530783-35532879(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGT
SmilChr04G001240 Chr04 NC_080390.1:19500669-19500677promoter 内 941-949 bp + 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 19503729-19504793(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr01G003475 Chr01 NC_080387.1:53300323-53300331promoter 内 909-917 bp + 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 53303415-53305304(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC
SmilChr01G004952 Chr01 NC_080387.1:67599046-67599054promoter 内 889-897 bp - 3104 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 67594530-67595942(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGC