转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003404; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027732-RA_Salv SmilChr01G003404 bZIP XP_057773670.1 MP00184 TTGACAGCTGTA

可能结合的靶基因

9840 个结合位点 7147 个候选靶基因 第 29 / 143 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003725 Chr02 NC_080388.1:58873452-58873463promoter 内 3066-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 58874387-58885251(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATC
SmilChr03G000504 Chr03 NC_080389.1:5433357-5433368promoter 内 3061-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 5434297-5437684(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr01G001034 Chr01 NC_080387.1:21493435-21493446promoter 内 3053-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 21494383-21495550(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTCTT
SmilChr06G001903 Chr06 NC_080392.1:22838460-22838471promoter 内 3031-3042 bp + 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 22834511-22837501(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr05G001862 Chr05 NC_080391.1:18652302-18652313promoter 内 3030-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 18653273-18658004(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr06G002831 Chr06 NC_080392.1:41108617-41108628promoter 内 3030-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 41109588-41114037(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATC
SmilChr04G000864 Chr04 NC_080390.1:10933703-10933714promoter 内 3015-3026 bp + 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 10934689-10937102(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GTTCCAGCTGTT
SmilChr08G001949 Chr08 NC_080394.1:17165180-17165191promoter 内 2994-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 17166187-17168595(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATC
SmilChr03G001279 Chr03 NC_080389.1:14976677-14976688promoter 内 2966-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 14973411-14975653(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr06G002830 Chr06 NC_080392.1:41077964-41077975promoter 内 2966-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 41070167-41076940(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr04G000159 Chr04 NC_080390.1:1383240-1383251promoter 内 2933-2944 bp - 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 1384308-1388081(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr04G001911 Chr04 NC_080390.1:31190626-31190637promoter 内 2846-2857 bp + 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 31191781-31196299(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GTTCCAGCTGTT
SmilChr01G001748 Chr01 NC_080387.1:32220216-32220227promoter 内 2816-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 32221401-32235748(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATC
SmilChr01G005870 Chr01 NC_080387.1:74645643-74645654promoter 内 2758-2769 bp - 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 74642540-74644411(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTCTG
SmilChr08G001236 Chr08 NC_080394.1:9919200-9919211promoter 内 2728-2739 bp + 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 9907550-9917938(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr08G002008 Chr08 NC_080394.1:17853512-17853523promoter 内 2656-2667 bp + 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 17850233-17852178(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr08G001495 Chr08 NC_080394.1:12118152-12118163promoter 内 2643-2654 bp + 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 12119510-12122122(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGGT
SmilChr01G003462 Chr01 NC_080387.1:53202388-53202399promoter 内 2546-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 53203843-53208512(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr04G001982 Chr04 NC_080390.1:32094132-32094143promoter 内 2429-2440 bp + 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 32090842-32092571(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr02G002650 Chr02 NC_080388.1:45918384-45918395promoter 内 2425-2436 bp - 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 45914689-45916819(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATC
SmilChr05G001725 Chr05 NC_080391.1:16559595-16559606promoter 内 2408-2419 bp - 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 16561188-16563669(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr02G002605 Chr02 NC_080388.1:45195171-45195182promoter 内 2388-2399 bp - 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 45191483-45193569(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATC
SmilChr04G001284 Chr04 NC_080390.1:20452518-20452529promoter 内 2340-2351 bp - 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 20454179-20457383(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr05G001324 Chr05 NC_080391.1:11384548-11384559promoter 内 2264-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 11386285-11388080(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr06G000877 Chr06 NC_080392.1:8297949-8297960promoter 内 2226-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 8294575-8296185(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATC
SmilChr01G004958 Chr01 NC_080387.1:67676786-67676797promoter 内 2217-2228 bp - 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 67678570-67681247(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr02G002332 Chr02 NC_080388.1:41019273-41019284promoter 内 2172-2183 bp + 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 41016474-41017455(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr08G000507 Chr08 NC_080394.1:3705541-3705552promoter 内 2172-2183 bp - 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 3707370-3709422(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr05G003067 Chr05 NC_080391.1:38525543-38525554promoter 内 2086-2097 bp - 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 38527458-38541289(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr06G000667 Chr06 NC_080392.1:5864853-5864864promoter 内 2030-2041 bp + 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 5860015-5862893(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGGAAC
SmilChr05G001481 Chr05 NC_080391.1:13589699-13589710promoter 内 2022-2033 bp + 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 13586828-13587731(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr08G003463 Chr08 NC_080394.1:37234275-37234286promoter 内 2008-2019 bp + 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 37231026-37232293(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTGGCTG
SmilChr06G002565 Chr06 NC_080392.1:36857725-36857736promoter 内 1979-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 36846941-36855714(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr08G003464 Chr08 NC_080394.1:37234275-37234286promoter 内 1914-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 37236362-37237661(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CAGCCAGCTGTA
SmilChr02G004082 Chr02 NC_080388.1:63101347-63101358promoter 内 1900-1911 bp - 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 63097722-63099257(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GTTCCAGCTGTT
SmilChr07G002190 Chr07 NC_080393.1:20121443-20121454promoter 内 1885-1896 bp - 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 20118416-20119338(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATC
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