转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 29 / 161 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001089 Chr08 NC_080394.1:8415588-8415602promoter 内 245-259 bp - 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 8409555-8411846(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTCGTCGGCAACGA
SmilChr08G004922 Chr08 NC_080394.1:58152152-58152166promoter 内 3957-3971 bp - 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 58152196-58154621(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCACTGCCGACATTG
SmilChr06G000628 Chr06 NC_080392.1:5538549-5538563promoter 内 3949-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 5536205-5538511(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCCGCGCCGACACTC
SmilChr07G000593 Chr07 NC_080393.1:4053871-4053885promoter 内 3949-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 4053923-4054713(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCCGCGCCGACACTC
SmilChr01G001529 Chr01 NC_080387.1:29287492-29287506promoter 内 3931-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 29287562-29290363(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCCGCGCCGACACTC
SmilChr03G004671 Chr03 NC_080389.1:64166484-64166498promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 64166559-64168856(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGTGGCGA
SmilChr08G002505 Chr08 NC_080394.1:24094118-24094132promoter 内 3851-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 24092965-24093982(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGCCGTCGGCAGGAG
SmilChr08G003924 Chr08 NC_080394.1:46726262-46726276promoter 内 3791-3805 bp - 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 46726472-46727906(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCCGCGCCGACACTC
SmilChr08G000895 Chr08 NC_080394.1:6632972-6632986promoter 内 3789-3803 bp + 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 6633184-6634895(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGTCGGCGCTGG
SmilChr03G004670 Chr03 NC_080389.1:64166484-64166498promoter 内 3782-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 64163545-64166279(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGCCACCGACAACA
SmilChr05G004143 Chr05 NC_080391.1:55386945-55386959promoter 内 3584-3598 bp + 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55385619-55386542(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACATTGCCGACACTA
SmilChr06G001009 Chr06 NC_080392.1:9985102-9985116promoter 内 3444-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 9980226-9984559(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATCTGCCGACACCT
SmilChr04G000130 Chr04 NC_080390.1:1115119-1115133promoter 内 3440-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1111619-1114572(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATCTGCCGACACCT
SmilChr02G000819 Chr02 NC_080388.1:13794987-13795001promoter 内 3387-3401 bp + 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 13793998-13794387(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACATTGCCGACAGAG
SmilChr02G003703 Chr02 NC_080388.1:58497679-58497693promoter 内 3243-3257 bp + 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 58498437-58502230(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTCGTCGGCAAACG
SmilChr07G001521 Chr07 NC_080393.1:12197285-12197299promoter 内 3095-3109 bp - 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 12193365-12196393(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGTGTCGGCCGATG
SmilChr07G000514 Chr07 NC_080393.1:3609325-3609339promoter 内 3087-3101 bp - 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 3610239-3612450(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGTCGCCGACATGT
SmilChr02G004875 Chr02 NC_080388.1:70833453-70833467promoter 内 3086-3100 bp - 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 70834368-70838535(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCCGGCCGACACCA
SmilChr01G004077 Chr01 NC_080387.1:59203746-59203760promoter 内 3013-3027 bp + 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 59204734-59207177(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAGCGTCGGCAACGT
SmilChr08G004682 Chr08 NC_080394.1:56314510-56314524promoter 内 2979-2993 bp + 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 56315532-56317087(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGATGTCGGCGACCT
SmilChr04G000413 Chr04 NC_080390.1:4327158-4327172promoter 内 2963-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 4328196-4338998(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGCGTCGGCAACAA
SmilChr03G002531 Chr03 NC_080389.1:40380627-40380641promoter 内 2938-2952 bp + 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 40377126-40379578(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCCGCGCCGACACTC
SmilChr03G000772 Chr03 NC_080389.1:8813616-8813630promoter 内 2847-2861 bp - 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 8810690-8812476(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTTGTCGGCGATGT
SmilChr08G003651 Chr08 NC_080394.1:40132619-40132633promoter 内 2793-2807 bp - 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 40130334-40131425(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAATGTCGGCAGAGC
SmilChr07G004637 Chr07 NC_080393.1:59231760-59231774promoter 内 2706-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 59228857-59230479(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTTGTCGGCGAACA
SmilChr03G002963 Chr03 NC_080389.1:46388691-46388705promoter 内 2565-2579 bp - 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 46390127-46392572(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCAGCGCCGACAGAA
SmilChr04G003735 Chr04 NC_080390.1:53664760-53664774promoter 内 2559-2573 bp - 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 53661609-53663332(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTCGTCGGCAGCCA
SmilChr05G000199 Chr05 NC_080391.1:1594283-1594297promoter 内 2550-2564 bp + 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1595734-1598962(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGCGTCGGCAACAA
SmilChr03G002028 Chr03 NC_080389.1:30407291-30407305promoter 内 2531-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 30403538-30405835(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGCCGTCGGCAACTG
SmilChr05G000193 Chr05 NC_080391.1:1594283-1594297promoter 内 2513-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1547844-1592809(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTGTTGCCGACGCCG
SmilChr05G004196 Chr05 NC_080391.1:55829017-55829031promoter 内 2498-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55830520-55832866(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAGCCGCCGACAAGC
SmilChr05G002796 Chr05 NC_080391.1:32708094-32708108promoter 内 2483-2497 bp - 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 32709612-32712450(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCCGCGCCGACACTC
SmilChr05G001387 Chr05 NC_080391.1:12446289-12446303promoter 内 2415-2429 bp + 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 12447875-12452029(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTGTCGGCGGGAA
SmilChr04G002239 Chr04 NC_080390.1:36155012-36155026promoter 内 2357-2371 bp + 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 36156656-36164001(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGTGTCGGCTGAGA
SmilChr01G001330 Chr01 NC_080387.1:26497020-26497034promoter 内 2287-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 26498734-26500788(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTGTCGGCGAATG
SmilChr06G000658 Chr06 NC_080392.1:5780671-5780685promoter 内 2242-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 5777636-5778926(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTTGCCGACACAA
SmilChr01G004273 Chr01 NC_080387.1:60969161-60969175promoter 内 2195-2209 bp + 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 60970967-60974633(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGTGTCGGCAGATC
SmilChr07G004591 Chr07 NC_080393.1:58710806-58710820promoter 内 2176-2190 bp - 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 58707117-58708995(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTTGTCGGCGGATT
SmilChr03G003220 Chr03 NC_080389.1:49837130-49837144promoter 内 2142-2156 bp + 1845 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 49833183-49835285(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTGCGCCGACATTA
SmilChr07G000527 Chr07 NC_080393.1:3669538-3669552promoter 内 2112-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 3671427-3673007(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCCGCGCCGACACTC
SmilChr06G000036 Chr06 NC_080392.1:323722-323736promoter 内 1999-2013 bp + 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 319027-321734(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCCAGCCGACACGT
SmilChr01G002784 Chr01 NC_080387.1:46314059-46314073promoter 内 1979-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 46316081-46319103(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGCGTCGGCAACAA
SmilChr02G003336 Chr02 NC_080388.1:54602393-54602407promoter 内 1932-1946 bp - 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 54599667-54600338(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTTGTCGGCAAACC
SmilChr06G000037 Chr06 NC_080392.1:323722-323736promoter 内 1869-1883 bp + 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 321502-321604(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCCAGCCGACACGT
SmilChr07G004020 Chr07 NC_080393.1:51271581-51271595promoter 内 1770-1784 bp + 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 51273812-51275562(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATTGTCGGCGAAAA
SmilChr05G001408 Chr05 NC_080391.1:12694010-12694024promoter 内 1721-1735 bp + 2266 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 12696290-12698729(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAATGTCGGCCGCGG
SmilChr08G004582 Chr08 NC_080394.1:55403670-55403684promoter 内 1707-1721 bp + 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55405964-55408418(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGATGTCGGCGACCT
SmilChr03G001771 Chr03 NC_080389.1:24172770-24172784promoter 内 1683-1697 bp + 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 24175088-24176313(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGCCGTCGGCAAGAG
SmilChr01G001467 Chr01 NC_080387.1:28461228-28461242promoter 内 1583-1597 bp + 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 28456924-28458824(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACAGCCGACACCC
SmilChr04G003018 Chr04 NC_080390.1:46565439-46565453promoter 内 1519-1533 bp - 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 46557291-46562971(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAGTGTCGGCGCGGA