转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 29 / 149 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000485 Chr07 NC_080393.1:3397141-3397148promoter 内 3348-3355 bp - 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 3391334-3396495(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G001125 Chr07 NC_080393.1:8435467-8435474promoter 内 3341-3348 bp + 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 8436127-8437492(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G001005 Chr01 NC_080387.1:21175177-21175184promoter 内 3312-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 21175866-21178442(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G002710 Chr01 NC_080387.1:45357825-45357832promoter 内 3263-3270 bp - 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 45353277-45357094(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr06G000092 Chr06 NC_080392.1:660133-660140promoter 内 3255-3262 bp + 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 657941-659394(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G002731 Chr06 NC_080392.1:39455968-39455975promoter 内 3246-3253 bp - 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 39442646-39455220(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr03G000604 Chr03 NC_080389.1:6689818-6689825promoter 内 3236-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 6687924-6689060(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G004746 Chr02 NC_080388.1:69673259-69673266promoter 内 3221-3228 bp - 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 69666491-69672486(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr06G001947 Chr06 NC_080392.1:24038788-24038795promoter 内 3220-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 24039569-24042985(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G003852 Chr03 NC_080389.1:57640420-57640427promoter 内 3195-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 57637603-57639621(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G002001 Chr04 NC_080390.1:32414138-32414145promoter 内 3177-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 32409244-32413321(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr06G001856 Chr06 NC_080392.1:21922892-21922899promoter 内 3155-3162 bp + 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 21923738-21934985(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G002883 Chr04 NC_080390.1:45050710-45050717promoter 内 3138-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 45048692-45049854(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G004275 Chr07 NC_080393.1:55227607-55227614promoter 内 3135-3142 bp - 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 55228473-55229388(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G002675 Chr08 NC_080394.1:26257679-26257686promoter 内 3128-3135 bp + 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 26258552-26270736(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G000162 Chr04 NC_080390.1:1438253-1438260promoter 内 3094-3101 bp - 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 1439160-1441180(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G000339 Chr03 NC_080389.1:3857737-3857744promoter 内 3076-3083 bp + 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 3846142-3856819(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G003111 Chr03 NC_080389.1:48240176-48240183promoter 内 3050-3057 bp - 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 48241127-48242517(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G001095 Chr02 NC_080388.1:19746885-19746892promoter 内 3033-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 19747853-19752356(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G002245 Chr02 NC_080388.1:39868039-39868046promoter 内 3011-3018 bp - 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 39864346-39867056(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G002877 Chr02 NC_080388.1:49037694-49037701promoter 内 3007-3014 bp + 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 49038688-49045424(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr06G001860 Chr06 NC_080392.1:22030983-22030990promoter 内 3002-3009 bp + 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 22031982-22033319(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G000923 Chr01 NC_080387.1:19570193-19570200promoter 内 3000-3007 bp - 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 19564842-19569199(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr06G001855 Chr06 NC_080392.1:21917022-21917029promoter 内 2989-2996 bp + 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 21918034-21920525(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr08G000663 Chr08 NC_080394.1:4908546-4908553promoter 内 2988-2995 bp - 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 4909559-4912654(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G001854 Chr06 NC_080392.1:21914083-21914090promoter 内 2986-2993 bp + 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 21915098-21917589(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr06G001865 Chr06 NC_080392.1:22065360-22065367promoter 内 2981-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 22066380-22067914(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G004227 Chr02 NC_080388.1:64489717-64489724promoter 内 2975-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 64488626-64488698(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G002223 Chr07 NC_080393.1:20465744-20465751promoter 内 2946-2953 bp + 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 20462199-20464696(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G002106 Chr02 NC_080388.1:37758918-37758925promoter 内 2936-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 37759983-37770656(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G004274 Chr07 NC_080393.1:55227607-55227614promoter 内 2926-2933 bp - 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 55223924-55226539(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr03G003216 Chr03 NC_080389.1:49797273-49797280promoter 内 2903-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 49798371-49799583(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G001118 Chr01 NC_080387.1:22813337-22813344promoter 内 2901-2908 bp + 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 22811251-22812244(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G002747 Chr02 NC_080388.1:47461122-47461129promoter 内 2900-2907 bp + 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 47462223-47464468(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G001976 Chr02 NC_080388.1:35722396-35722403promoter 内 2859-2866 bp + 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 35723538-35723879(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G000800 Chr07 NC_080393.1:5642532-5642539promoter 内 2854-2861 bp - 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 5639963-5641392(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
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