转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012717-RA_Salv SmilChr01G004114 WRKY XP_057781125.1 MP00284 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6552 个候选靶基因 第 30 / 132 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002044 Chr01 NC_080387.1:36173897-36173907promoter 内 15-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 36177883-36180840(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAACA
SmilChr02G004266 Chr02 NC_080388.1:64873536-64873546promoter 内 3900-3910 bp - 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 64873637-64876958(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTTA
SmilChr01G005403 Chr01 NC_080387.1:71295666-71295676promoter 内 3819-3829 bp + 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 71295848-71297322(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAG
SmilChr02G004213 Chr02 NC_080388.1:64382542-64382552promoter 内 3801-3811 bp - 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 64380776-64382352(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAACA
SmilChr01G005839 Chr01 NC_080387.1:74394374-74394384promoter 内 3732-3742 bp - 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 74392759-74394115(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAG
SmilChr03G001691 Chr03 NC_080389.1:22428566-22428576promoter 内 3634-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 22428933-22429433(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTTA
SmilChr01G002313 Chr01 NC_080387.1:40122183-40122193promoter 内 3399-3409 bp - 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 40115931-40121591(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAACA
SmilChr03G001359 Chr03 NC_080389.1:15959376-15959386promoter 内 3340-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 15956471-15958725(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAACA
SmilChr01G001018 Chr01 NC_080387.1:21351247-21351257promoter 内 3264-3274 bp + 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 21345982-21350520(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTTA
SmilChr01G001089 Chr01 NC_080387.1:22339763-22339773promoter 内 2856-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 22340908-22346205(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTTA
SmilChr01G004693 Chr01 NC_080387.1:64981862-64981872promoter 内 2803-2813 bp - 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 64983060-64985774(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTTA
SmilChr02G002458 Chr02 NC_080388.1:42872636-42872646promoter 内 2677-2687 bp - 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 42869922-42871322(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAG
SmilChr02G000467 Chr02 NC_080388.1:6301554-6301564promoter 内 2676-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 6297501-6300239(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTTA
SmilChr02G002791 Chr02 NC_080388.1:47968270-47968280promoter 内 2650-2660 bp + 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 47962680-47966929(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTTA
SmilChr01G001818 Chr01 NC_080387.1:33101748-33101758promoter 内 2583-2593 bp - 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 33100189-33100340(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AGTAGTCAACG
SmilChr01G002035 Chr01 NC_080387.1:35985454-35985464promoter 内 2582-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 35982980-35984045(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTACT
SmilChr02G002678 Chr02 NC_080388.1:46347824-46347834promoter 内 2236-2246 bp - 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 46349589-46352170(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTTA
SmilChr01G004674 Chr01 NC_080387.1:64833792-64833802promoter 内 2111-2121 bp - 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 64835682-64837584(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTACT
SmilChr01G004692 Chr01 NC_080387.1:64981862-64981872promoter 内 1880-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 64979087-64979751(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAACA
SmilChr01G000338 Chr01 NC_080387.1:6928704-6928714promoter 内 1706-1716 bp + 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 6930999-6934624(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AAGGGTCAACG
SmilChr02G004769 Chr02 NC_080388.1:69860935-69860945promoter 内 1585-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 69863351-69865064(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AAGAGTCAACC
SmilChr01G006058 Chr01 NC_080387.1:76045157-76045167promoter 内 1474-1484 bp + 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 76039776-76042640(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTCTT
SmilChr02G004691 Chr02 NC_080388.1:69259274-69259284promoter 内 1380-1390 bp + 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 69261895-69268038(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAACA
SmilChr01G004166 Chr01 NC_080387.1:60164785-60164795promoter 内 1297-1307 bp - 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 60157280-60162091(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAG
SmilChr03G001325 Chr03 NC_080389.1:15514547-15514557promoter 内 1168-1178 bp - 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 15517380-15519261(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTTA
SmilChr03G001422 Chr03 NC_080389.1:16839176-16839186promoter 内 1152-1162 bp + 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 16834462-16836337(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTTA
SmilChr01G001393 Chr01 NC_080387.1:27426388-27426398promoter 内 1116-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 27429273-27430251(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTTA
SmilChr02G005281 Chr02 NC_080388.1:73859837-73859847promoter 内 1058-1068 bp + 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 73855582-73856904(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTACT
SmilChr03G001355 Chr03 NC_080389.1:15922646-15922656promoter 内 710-720 bp + 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 15917647-15919365(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTACT
SmilChr02G001084 Chr02 NC_080388.1:19425168-19425178promoter 内 276-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 19417826-19421453(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTCTT
SmilChr02G003205 Chr02 NC_080388.1:53184385-53184395promoter 内 3949-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 53184437-53187017(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTTA
SmilChr01G000254 Chr01 NC_080387.1:4819767-4819777promoter 内 3818-3828 bp - 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4819950-4827593(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTTA
SmilChr01G001043 Chr01 NC_080387.1:21678090-21678100promoter 内 3812-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 21673892-21677911(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTTA
SmilChr01G002334 Chr01 NC_080387.1:40500148-40500158promoter 内 3812-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 40495964-40499969(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTTA
SmilChr02G002091 Chr02 NC_080388.1:37539565-37539575promoter 内 3775-3785 bp - 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37538642-37539349(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AGTAGTCAACG
SmilChr02G005237 Chr02 NC_080388.1:73559790-73559800promoter 内 3721-3731 bp - 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 73555437-73559520(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAACA
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