转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G001094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021820-RA_Salv SmilChr04G001094 WRKY XP_057804404.1 MP00408 AGCGTTGACTTTT

可能结合的靶基因

9902 个结合位点 8149 个候选靶基因 第 30 / 163 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002680 Chr03 NC_080389.1:42588798-42588810promoter 内 621-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 42592178-42593079(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACTTT
SmilChr04G001144 Chr04 NC_080390.1:16857560-16857572promoter 内 596-608 bp + 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 16860965-16865244(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGAGTTGACTTTA
SmilChr03G001096 Chr03 NC_080389.1:12643961-12643973promoter 内 165-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 12647797-12648573(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACCGTTGACCTGG
SmilChr03G002269 Chr03 NC_080389.1:35821221-35821233promoter 内 3985-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 35819285-35821217(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCAGGTCAACGGC
SmilChr07G003059 Chr07 NC_080393.1:31977559-31977571promoter 内 3798-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31977762-31979188(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCAGTTGACTTTC
SmilChr03G001367 Chr03 NC_080389.1:16019762-16019774promoter 内 3701-3713 bp + 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 16020062-16023039(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACTGTTGACTTTT
SmilChr06G000059 Chr06 NC_080392.1:491973-491985promoter 内 3493-3505 bp - 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 486730-491477(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAGTTGACTTTT
SmilChr06G000416 Chr06 NC_080392.1:3454950-3454962promoter 内 3433-3445 bp + 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 3446329-3454394(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAGAGTCAACGAG
SmilChr08G002413 Chr08 NC_080394.1:22918868-22918880promoter 内 3415-3427 bp + 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 22917547-22918294(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACAGT
SmilChr01G002263 Chr01 NC_080387.1:39434451-39434463promoter 内 3394-3406 bp - 595 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39435058-39436642(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TATAGTCAACGAC
SmilChr08G002358 Chr08 NC_080394.1:22332328-22332340promoter 内 3385-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 22332944-22334278(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGAAGTCAACTCC
SmilChr08G003111 Chr08 NC_080394.1:31358795-31358807promoter 内 3361-3373 bp + 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31354632-31358167(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAACTTT
SmilChr08G000164 Chr08 NC_080394.1:1105494-1105506promoter 内 3284-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 1106211-1113960(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACCGTTGACCTGG
SmilChr05G004365 Chr05 NC_080391.1:57195515-57195527promoter 内 3282-3294 bp + 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 57196234-57199669(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGCGTTGACTAAT
SmilChr08G001366 Chr08 NC_080394.1:10896730-10896742promoter 内 3220-3232 bp - 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 10897511-10898461(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATTAGTCAACGCT
SmilChr02G004226 Chr02 NC_080388.1:64477538-64477550promoter 内 3174-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 64478365-64486743(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGAGTTGACTTCT
SmilChr01G002262 Chr01 NC_080387.1:39434451-39434463promoter 内 3139-3151 bp - 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39429772-39433601(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GTCGTTGACTATA
SmilChr05G002994 Chr05 NC_080391.1:36759241-36759253promoter 内 3077-3089 bp - 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 36760165-36762168(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CGAGGTCAACGCG
SmilChr07G003857 Chr07 NC_080393.1:47921405-47921417promoter 内 3077-3089 bp + 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 47922329-47923935(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TTCGTTGACTATG
SmilChr05G002666 Chr05 NC_080391.1:30158858-30158870promoter 内 2953-2965 bp - 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 30154774-30157822(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TCCGTTGACCTAT
SmilChr07G000329 Chr07 NC_080393.1:2238733-2238745promoter 内 2689-2701 bp - 1300 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2240045-2244494(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAAGTCAACTGG
SmilChr08G001171 Chr08 NC_080394.1:9372820-9372832promoter 内 2624-2636 bp - 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 9367538-9371455(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAGTTGACTTTT
SmilChr01G004018 Chr01 NC_080387.1:58569118-58569130promoter 内 2568-2580 bp + 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 58570551-58571947(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TTCGTTGACCTTC
SmilChr04G004170 Chr04 NC_080390.1:56341698-56341710promoter 内 2568-2580 bp - 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56343131-56349827(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAGGTCAACGAA
SmilChr08G001072 Chr08 NC_080394.1:8252867-8252879promoter 内 2529-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 8254339-8256845(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGAGTTGACTTCT
SmilChr01G003345 Chr01 NC_080387.1:52223826-52223838promoter 内 2274-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 52220336-52222111(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGAAGTCAACTCC
SmilChr05G000648 Chr05 NC_080391.1:4901343-4901355promoter 内 2242-2254 bp + 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4903102-4904866(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAGTTGACTTTT
SmilChr05G001035 Chr05 NC_080391.1:8493870-8493882promoter 内 1969-1981 bp + 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 8495902-8497432(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGAGTTGACTTCT
SmilChr08G001071 Chr08 NC_080394.1:8252867-8252879promoter 内 1933-1945 bp + 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 8245545-8250811(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGAAGTCAACTCC
SmilChr06G002880 Chr06 NC_080392.1:41613116-41613128promoter 内 1885-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 41615232-41620507(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AACAGTCAACGAC
SmilChr02G003574 Chr02 NC_080388.1:56902702-56902714promoter 内 1853-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56898632-56900566(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGAAGTCAACTCC
SmilChr04G003342 Chr04 NC_080390.1:50085102-50085114promoter 内 1805-1817 bp + 2184 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 50087298-50089271(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGAGTTGACTTCT
SmilChr03G001561 Chr03 NC_080389.1:19676362-19676374promoter 内 1666-1678 bp - 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19678697-19679625(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CAGAGTCAACGTT
SmilChr01G000554 Chr01 NC_080387.1:11522276-11522288promoter 内 1601-1613 bp + 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 11517300-11519888(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGAAGTCAACTCC
SmilChr08G002997 Chr08 NC_080394.1:30068785-30068797promoter 内 1598-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 30071188-30077870(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAGTTGACTTTT
SmilChr07G000059 Chr07 NC_080393.1:265328-265340promoter 内 1515-1527 bp + 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 267814-270133(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGAGTTGACTTCT
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