转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 31 / 152 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000775 Chr06 NC_080392.1:7265352-7265366promoter 内 1677-1691 bp - 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 7267676-7268628(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr08G002118 Chr08 NC_080394.1:19059288-19059302promoter 内 1672-1686 bp + 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 19052656-19056973(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACTTCGTCGGTGACG
SmilChr01G002520 Chr01 NC_080387.1:43153600-43153614promoter 内 1671-1685 bp - 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 43155930-43159761(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr03G000671 Chr03 NC_080389.1:7521402-7521416promoter 内 1652-1666 bp + 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 7517664-7519067(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr07G001628 Chr07 NC_080393.1:13641528-13641542promoter 内 1610-1624 bp - 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 13643919-13650662(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr04G001474 Chr04 NC_080390.1:24181519-24181533promoter 内 1509-1523 bp + 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 24184011-24185285(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGGATC
SmilChr06G002323 Chr06 NC_080392.1:33545627-33545641promoter 内 1488-1502 bp - 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 33548140-33551040(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr05G002462 Chr05 NC_080391.1:27142178-27142192promoter 内 1485-1499 bp + 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 27138411-27139676(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr03G002357 Chr03 NC_080389.1:37187448-37187462promoter 内 1481-1495 bp + 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37183503-37184942(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr01G003120 Chr01 NC_080387.1:50018512-50018526promoter 内 1452-1466 bp - 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 50021061-50021720(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr06G002633 Chr06 NC_080392.1:37895288-37895302promoter 内 1426-1440 bp - 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37891791-37892727(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGGATC
SmilChr02G000542 Chr02 NC_080388.1:7470800-7470814promoter 内 1388-1402 bp - 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 7473413-7474540(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGGTGTCGGTGTCG
SmilChr01G000580 Chr01 NC_080387.1:12147684-12147698promoter 内 1385-1399 bp + 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 12150300-12153417(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGGATC
SmilChr03G000854 Chr03 NC_080389.1:9766124-9766138promoter 内 1385-1399 bp + 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 9762111-9763522(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr07G001182 Chr07 NC_080393.1:8963028-8963042promoter 内 1379-1393 bp + 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 8957208-8960420(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr01G001706 Chr01 NC_080387.1:31490379-31490393promoter 内 1372-1386 bp - 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 31487645-31487764(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGGATC
SmilChr03G000210 Chr03 NC_080389.1:2429578-2429592promoter 内 1369-1383 bp - 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 2432210-2435614(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr07G001180 Chr07 NC_080393.1:8947500-8947514promoter 内 1364-1378 bp + 2623 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 8941677-8944877(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr03G003941 Chr03 NC_080389.1:58476592-58476606promoter 内 1363-1377 bp - 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 58479230-58479915(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr02G001405 Chr02 NC_080388.1:26650593-26650607promoter 内 1328-1342 bp + 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 26644737-26647934(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr03G003666 Chr03 NC_080389.1:55510682-55510696promoter 内 1324-1338 bp + 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 55502685-55508019(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr06G003136 Chr06 NC_080392.1:44266248-44266262promoter 内 1321-1335 bp + 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 44268928-44271557(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGGATC
SmilChr03G004208 Chr03 NC_080389.1:60683937-60683951promoter 内 1313-1327 bp + 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 60679633-60681263(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTTTTGTCGGTGCTG
SmilChr06G002502 Chr06 NC_080392.1:35912797-35912811promoter 内 1281-1295 bp - 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 35907881-35910091(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGGATC
SmilChr03G001283 Chr03 NC_080389.1:15011855-15011869promoter 内 1273-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 15014583-15017645(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACGTTGTCGGTAGAG
SmilChr04G000650 Chr04 NC_080390.1:7351509-7351523promoter 内 1271-1285 bp + 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 7348215-7348793(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr07G002890 Chr07 NC_080393.1:29221701-29221715promoter 内 1261-1275 bp + 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 29214952-29218975(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr03G002881 Chr03 NC_080389.1:45493036-45493050promoter 内 1245-1259 bp + 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 45487847-45490294(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr08G002232 Chr08 NC_080394.1:20405083-20405097promoter 内 1218-1232 bp - 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 20407866-20418641(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr08G001886 Chr08 NC_080394.1:16378458-16378472promoter 内 1206-1220 bp + 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 16374242-16375677(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACAATGTCGGTGAAG
SmilChr06G002699 Chr06 NC_080392.1:38944197-38944211promoter 内 1204-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 38946994-38947416(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr03G003750 Chr03 NC_080389.1:56560730-56560744promoter 内 1181-1195 bp + 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 56552003-56557924(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TAATTGTCGGCGGGA
SmilChr02G001708 Chr02 NC_080388.1:31432652-31432666promoter 内 1177-1191 bp + 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 31428694-31429842(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr08G003351 Chr08 NC_080394.1:34926262-34926276promoter 内 1173-1187 bp - 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 34929090-34931039(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
SmilChr04G001574 Chr04 NC_080390.1:26142751-26142765promoter 内 1156-1170 bp + 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 26130137-26139920(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATCCGTCGGTGGCT
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