转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 31 / 144 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005379 Chr02 NC_080388.1:74468173-74468187promoter 内 3819-3833 bp + 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 74461454-74468005(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr03G001152 Chr03 NC_080389.1:13307704-13307718promoter 内 3744-3758 bp - 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 13305279-13307461(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr02G005054 Chr02 NC_080388.1:72251314-72251328promoter 内 3721-3735 bp + 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 72251594-72258458(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr04G002342 Chr04 NC_080390.1:37772353-37772367promoter 内 3684-3698 bp + 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 37770578-37772050(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr02G001879 Chr02 NC_080388.1:34102727-34102741promoter 内 3661-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 34103067-34110484(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr03G003833 Chr03 NC_080389.1:57476362-57476376promoter 内 3574-3588 bp - 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 57472549-57475949(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr03G002094 Chr03 NC_080389.1:32358465-32358479promoter 内 3538-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 32358928-32362842(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr04G000140 Chr04 NC_080390.1:1195510-1195524promoter 内 3534-3548 bp - 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 1195977-1204618(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr01G002346 Chr01 NC_080387.1:40599552-40599566promoter 内 3512-3526 bp - 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 40593257-40599077(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr03G000699 Chr03 NC_080389.1:7817119-7817133promoter 内 3507-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 7810854-7816639(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr05G000895 Chr05 NC_080391.1:7086740-7086754promoter 内 3477-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 7084837-7086230(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr01G004471 Chr01 NC_080387.1:62805294-62805308promoter 内 3469-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 62801628-62804776(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr02G001589 Chr02 NC_080388.1:29623968-29623982promoter 内 3357-3371 bp - 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 29620102-29623338(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr03G003828 Chr03 NC_080389.1:57390421-57390435promoter 内 3340-3354 bp + 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 57386801-57389774(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr01G005109 Chr01 NC_080387.1:68888836-68888850promoter 内 3326-3340 bp - 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 68889511-68891477(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr01G002756 Chr01 NC_080387.1:45898498-45898512promoter 内 3285-3299 bp + 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 45889575-45897796(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr04G000533 Chr04 NC_080390.1:5907142-5907156promoter 内 3232-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 5907911-5921541(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr02G001252 Chr02 NC_080388.1:23019765-23019779promoter 内 3228-3242 bp + 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 23020538-23023699(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr01G004501 Chr01 NC_080387.1:63118071-63118085promoter 内 3213-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 63118859-63119747(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr04G003880 Chr04 NC_080390.1:54656193-54656207promoter 内 3130-3144 bp - 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 54657064-54660847(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr04G000419 Chr04 NC_080390.1:4420368-4420382promoter 内 3107-3121 bp + 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 4421262-4424889(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr04G001498 Chr04 NC_080390.1:24521372-24521386promoter 内 3098-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 24519500-24520483(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr03G004426 Chr03 NC_080389.1:62412696-62412710promoter 内 3002-3016 bp + 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 62407789-62411711(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr04G004099 Chr04 NC_080390.1:55963516-55963530promoter 内 2993-3007 bp + 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 55964524-55966188(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr01G003286 Chr01 NC_080387.1:51548336-51548350promoter 内 2939-2953 bp - 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 51549398-51550352(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr01G004012 Chr01 NC_080387.1:58543205-58543219promoter 内 2923-2937 bp - 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 58537138-58542141(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr05G001207 Chr05 NC_080391.1:10149707-10149721promoter 内 2779-2793 bp + 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 10150929-10152754(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr02G002159 Chr02 NC_080388.1:38820919-38820933promoter 内 2670-2684 bp - 1317 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 38816497-38819602(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTTTTCCTTTTTGGG
SmilChr05G000800 Chr05 NC_080391.1:6268912-6268926promoter 内 2657-2671 bp - 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 6270256-6271073(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr02G004895 Chr02 NC_080388.1:70970106-70970120promoter 内 2615-2629 bp - 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 70971492-70973380(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr01G003511 Chr01 NC_080387.1:53705567-53705581promoter 内 2452-2466 bp + 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 53703131-53704032(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr02G001465 Chr02 NC_080388.1:27385381-27385395promoter 内 2431-2445 bp + 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 27386951-27390400(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr02G002919 Chr02 NC_080388.1:49488930-49488944promoter 内 2284-2298 bp - 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 49490647-49497851(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr01G004771 Chr01 NC_080387.1:65890336-65890350promoter 内 2270-2284 bp - 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 65882451-65888619(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
SmilChr05G000173 Chr05 NC_080391.1:1369648-1369662promoter 内 2212-2226 bp + 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 1365143-1367873(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAACA
SmilChr04G000476 Chr04 NC_080390.1:5077345-5077359promoter 内 2201-2215 bp + 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 5079145-5082259(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTTGG
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