转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 32 / 144 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000780 Chr03 NC_080389.1:8882450-8882462promoter 内 419-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8886032-8889879(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAAGAC
SmilChr03G000924 Chr03 NC_080389.1:10572750-10572762promoter 内 371-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 10576380-10579464(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATAAGTCAACTCT
SmilChr01G003844 Chr01 NC_080387.1:56762628-56762640promoter 内 172-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 56766457-56768587(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTCTTTGACTTTT
SmilChr03G001785 Chr03 NC_080389.1:24424058-24424070promoter 内 146-158 bp + 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 24417664-24420215(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCCGTTGACCGTC
SmilChr04G002939 Chr04 NC_080390.1:45625814-45625826promoter 内 77-89 bp + 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 45618362-45621902(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTCTTTGACTTTT
SmilChr03G002809 Chr03 NC_080389.1:44554408-44554420promoter 内 64-76 bp + 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 44543472-44550483(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTCTTTGACTTTT
SmilChr02G003817 Chr02 NC_080388.1:59800557-59800569promoter 内 33-45 bp + 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 59787754-59796601(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CACGTTGACTGTG
SmilChr04G001450 Chr04 NC_080390.1:23827141-23827153promoter 内 2319-2331 bp - 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 9 23828823-23830991(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGCTTTGACTTTG
SmilChr02G003158 Chr02 NC_080388.1:52619320-52619332promoter 内 2514-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 52616406-52617845(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TACGTTGACTTCA
SmilChr02G000702 Chr02 NC_080388.1:11219494-11219506promoter 内 2491-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 11208006-11217996(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATAGTCAACACC
SmilChr04G002447 Chr04 NC_080390.1:39189454-39189466promoter 内 1924-1936 bp + 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 39180055-39187389(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTTGTTGACTTTT
SmilChr03G000464 Chr03 NC_080389.1:4969817-4969829promoter 内 1923-1935 bp + 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 4966111-4967751(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGTGTTGACTTCG
SmilChr01G004790 Chr01 NC_080387.1:66118358-66118370promoter 内 1860-1872 bp - 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 66120499-66122980(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTTTC
SmilChr03G003665 Chr03 NC_080389.1:55496073-55496085promoter 内 3828-3840 bp - 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 55493349-55495912(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACAAA
SmilChr01G005602 Chr01 NC_080387.1:72597370-72597382promoter 内 3573-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 72596794-72596954(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTCTTTGACTTTG
SmilChr01G005004 Chr01 NC_080387.1:68096560-68096572promoter 内 3189-3201 bp - 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 68092459-68095760(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAGAC
SmilChr04G000723 Chr04 NC_080390.1:8499561-8499573promoter 内 3039-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 8497533-8498611(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAGCG
SmilChr01G000800 Chr01 NC_080387.1:17280090-17280102promoter 内 2716-2728 bp + 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 17281375-17287044(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACAAA
SmilChr01G000754 Chr01 NC_080387.1:16624459-16624471promoter 内 2710-2722 bp - 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 16616861-16623180(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACAAA
SmilChr01G005601 Chr01 NC_080387.1:72597370-72597382promoter 内 2633-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 72595894-72596014(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTCTTTGACTTTG
SmilChr02G002151 Chr02 NC_080388.1:38725104-38725116promoter 内 2579-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 38726526-38737738(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTTTC
SmilChr02G005131 Chr02 NC_080388.1:72773251-72773263promoter 内 2358-2370 bp + 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 72770229-72771620(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTTGTTGACTTTT
SmilChr01G005613 Chr01 NC_080387.1:72661610-72661622promoter 内 2260-2272 bp - 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 72657981-72659881(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATAGTCAACTGT
SmilChr02G005132 Chr02 NC_080388.1:72773251-72773263promoter 内 2200-2212 bp + 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 72775052-72778639(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACAAA
SmilChr04G000516 Chr04 NC_080390.1:5675168-5675180promoter 内 2154-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 5670757-5673333(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTTGTTGACTTTT
SmilChr03G000124 Chr03 NC_080389.1:1364204-1364216promoter 内 1995-2007 bp + 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 1360438-1362210(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGTGTTGACTTCG
SmilChr03G000374 Chr03 NC_080389.1:4185723-4185735promoter 内 1986-1998 bp + 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 4181939-4183720(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGTGTTGACTTCG
SmilChr03G002742 Chr03 NC_080389.1:43588142-43588154promoter 内 1550-1562 bp + 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 43580843-43585703(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTCTTTGACTTTG
SmilChr01G000527 Chr01 NC_080387.1:10750499-10750511promoter 内 1488-1500 bp + 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 10744899-10747998(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTAGTTGACTTCT
SmilChr03G001195 Chr03 NC_080389.1:13776709-13776721promoter 内 1474-1486 bp - 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 13773730-13774194(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGAAGTCAACTAC
SmilChr01G005290 Chr01 NC_080387.1:70228077-70228089promoter 内 1451-1463 bp - 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 70230627-70231738(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGCGTTGACCGTG
SmilChr01G003118 Chr01 NC_080387.1:49987601-49987613promoter 内 1410-1422 bp - 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 49990192-49990330(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTTGTTGACTTTT
SmilChr03G000133 Chr03 NC_080389.1:1460268-1460280promoter 内 1365-1377 bp - 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 1456332-1457644(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACAAA
SmilChr03G001350 Chr03 NC_080389.1:15736226-15736238promoter 内 1261-1273 bp + 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 15738966-15739708(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAACAAA
SmilChr02G001585 Chr02 NC_080388.1:29600753-29600765promoter 内 1058-1070 bp + 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 29603696-29605036(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAGAC
SmilChr01G003470 Chr01 NC_080387.1:53244883-53244895promoter 内 739-751 bp + 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 53248145-53250479(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATAGTCAACTGT
SmilChr04G000724 Chr04 NC_080390.1:8499561-8499573promoter 内 493-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 8503069-8506110(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGCTTTGACTTTG
SmilChr01G001302 Chr01 NC_080387.1:25937068-25937080promoter 内 486-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 25929596-25933565(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAGAC
SmilChr02G004941 Chr02 NC_080388.1:72353320-72353332promoter 内 284-296 bp + 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 71365587-72349615(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTCGTTGACCTAT
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SmilChr02G001771 Chr02 NC_080388.1:32481139-32481151promoter 内 154-166 bp - 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 32472307-32477304(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAAGTCAACCAC
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