转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 32 / 162 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002966 Chr01 NC_080387.1:48557827-48557841promoter 内 764-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48552879-48554604(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGATGGCTTTTCTGG
SmilChr05G000637 Chr05 NC_080391.1:4819682-4819696promoter 内 764-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4812746-4816459(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACTTGGCTTTTGCAG
SmilChr08G001262 Chr08 NC_080394.1:9994534-9994548promoter 内 742-756 bp + 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9997793-10001216(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCTGGCTTTTCGTC
SmilChr04G002738 Chr04 NC_080390.1:43057204-43057218promoter 内 732-746 bp - 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43053877-43053949(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CAGTGGCTTTTGAGC
SmilChr05G000059 Chr05 NC_080391.1:273679-273693promoter 内 705-719 bp + 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 276975-279943(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGGCGGCTTTTGGTG
SmilChr04G001812 Chr04 NC_080390.1:29615528-29615542promoter 内 628-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29611303-29612169(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTAAAAGGCCAAAT
SmilChr06G002618 Chr06 NC_080392.1:37653319-37653333promoter 内 628-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 37649103-37649960(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCTCAAAAGCCACTG
SmilChr05G000199 Chr05 NC_080391.1:1592346-1592360promoter 内 613-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1595734-1598962(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACCAAAAGCCGCCA
SmilChr02G000831 Chr02 NC_080388.1:14093627-14093641promoter 内 522-536 bp - 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14087237-14090162(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCATGGCTTTTGGTG
SmilChr02G001208 Chr02 NC_080388.1:22252817-22252831promoter 内 506-520 bp - 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 22245375-22249336(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGACGGCTTTTGCGG
SmilChr06G000572 Chr06 NC_080392.1:4887085-4887099promoter 内 486-500 bp + 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4881993-4883584(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCTCAAAAGCCACTG
SmilChr01G005275 Chr01 NC_080387.1:70181256-70181270promoter 内 428-442 bp - 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70176878-70177697(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGTCTTTTCGAA
SmilChr05G003424 Chr05 NC_080391.1:45477490-45477504promoter 内 402-416 bp + 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 45481089-45481161(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCATGGCTTTTCAGC
SmilChr08G000290 Chr08 NC_080394.1:1996371-1996385promoter 内 401-415 bp - 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1989591-1992785(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCGTTGGGA
SmilChr04G001290 Chr04 NC_080390.1:20564041-20564055promoter 内 385-399 bp + 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 20567657-20568346(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCTTGGCTTTTGAGT
SmilChr08G004963 Chr08 NC_080394.1:58437551-58437565promoter 内 346-360 bp + 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58441206-58443127(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CAGTGGCTTTTGAGC
SmilChr07G000662 Chr07 NC_080393.1:4472263-4472277promoter 内 331-345 bp + 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4466886-4468607(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCTCAAAAGCCACTG
SmilChr08G004279 Chr08 NC_080394.1:52366735-52366749promoter 内 296-310 bp - 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 52361831-52363044(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CAGTGGCTTTTGAGC
SmilChr03G002981 Chr03 NC_080389.1:46628756-46628770promoter 内 241-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 46632516-46636803(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACGAAAAGGCACCA
SmilChr02G004411 Chr02 NC_080388.1:66436210-66436224promoter 内 237-251 bp + 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 66439974-66447126(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGTCTTTTCGAA
SmilChr07G004561 Chr07 NC_080393.1:58437163-58437177promoter 内 195-209 bp + 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58432868-58433371(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACCAAAAGCCATGC
SmilChr05G003625 Chr05 NC_080391.1:48537564-48537578promoter 内 125-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48531636-48533702(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCTCAAAAGCCACTG
SmilChr03G004295 Chr03 NC_080389.1:61352142-61352156promoter 内 50-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 61356093-61361591(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTCAAAAGCCATTT
SmilChr04G002775 Chr04 NC_080390.1:43545598-43545612promoter 内 42-56 bp + 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43540338-43541653(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCTCAAAAGCCACTG
SmilChr01G005429 Chr01 NC_080387.1:71454689-71454703promoter 内 38-52 bp + 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71458652-71461641(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGATGGCTTTTCTGG
SmilChr04G001739 Chr04 NC_080390.1:28639176-28639190promoter 内 3355-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 28639822-28642278(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTCTTCCAT
SmilChr08G001075 Chr08 NC_080394.1:8273377-8273391promoter 内 3543-3557 bp - 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 8273835-8275136(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TATGAAAAGCCACTA
SmilChr08G000308 Chr08 NC_080394.1:2159282-2159296promoter 内 2618-2632 bp - 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 2156778-2157913(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGGTGACTTTTCGAC
SmilChr03G001766 Chr03 NC_080389.1:24098742-24098756promoter 内 2055-2069 bp + 1932 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 24094906-24096810(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATGAAAAGCCACCT
SmilChr02G001075 Chr02 NC_080388.1:19159059-19159073promoter 内 1956-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 19161104-19164105(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTGGAAAAGCCAACG
SmilChr01G005327 Chr01 NC_080387.1:70478213-70478227promoter 内 1948-1962 bp - 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 70480266-70483251(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTGCAAAAGCCAATA
SmilChr02G001268 Chr02 NC_080388.1:23231909-23231923promoter 内 1878-1892 bp + 2109 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 23234032-23246140(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTCGCCTTTTCGGC
SmilChr04G000455 Chr04 NC_080390.1:4819634-4819648promoter 内 1294-1308 bp + 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 4822341-4824826(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGCCTTTTCGTT
SmilChr07G001165 Chr07 NC_080393.1:8726929-8726943promoter 内 1187-1201 bp - 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 8719011-8724129(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CAGTGGCTTTTGGTA
SmilChr08G000171 Chr08 NC_080394.1:1181248-1181262promoter 内 211-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 1175493-1177472(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTCAAAAGCCACGT
SmilChr04G002977 Chr04 NC_080390.1:46161431-46161445promoter 内 175-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 46156568-46157619(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCCGAAAAGGCGAAG
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