转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 33 / 137 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002556 Chr08 NC_080394.1:24871608-24871622promoter 内 793-807 bp + 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24866849-24868414(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAGCTGACGTGGAG
SmilChr05G004280 Chr05 NC_080391.1:56597481-56597495promoter 内 570-584 bp - 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 56600912-56605655(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAGGCTACGTGGCA
SmilChr05G002189 Chr05 NC_080391.1:23377509-23377523promoter 内 483-497 bp - 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 23381027-23383550(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAGGACACGTGGCG
SmilChr01G001969 Chr01 NC_080387.1:35076200-35076214promoter 内 353-367 bp + 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 35079848-35080779(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCATATAT
SmilChr05G002524 Chr05 NC_080391.1:28081601-28081615promoter 内 67-81 bp - 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 28085535-28090191(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAGCTGACGTGGAG
SmilChr08G002769 Chr08 NC_080394.1:27334218-27334232promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 6 27335236-27339332(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGACAC
SmilChr03G001052 Chr03 NC_080389.1:12241141-12241155promoter 内 3753-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 12241389-12243025(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTCTGACGTGGCT
SmilChr04G000291 Chr04 NC_080390.1:2719309-2719323promoter 内 3468-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 2716039-2718790(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCGCCTCC
SmilChr05G001344 Chr05 NC_080391.1:11872488-11872502promoter 内 2765-2779 bp - 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 11873724-11877614(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTATTTGACGTGGCA
SmilChr02G002030 Chr02 NC_080388.1:36531576-36531590promoter 内 2540-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 36528752-36530129(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAAAAAT
SmilChr03G001053 Chr03 NC_080389.1:12241141-12241155promoter 内 419-433 bp - 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 12244723-12246166(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTCTGACGTGGCT
SmilChr05G000289 Chr05 NC_080391.1:2219740-2219754promoter 内 3981-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 2219760-2223757(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAATGACACGTGGCA
SmilChr08G000939 Chr08 NC_080394.1:6978296-6978310promoter 内 3781-3795 bp + 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 6978516-6979631(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCAAGT
SmilChr07G001401 Chr07 NC_080393.1:10892705-10892719promoter 内 3411-3425 bp - 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 10893295-10896148(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGCCGACGTGGAG
SmilChr08G002565 Chr08 NC_080394.1:24995239-24995253promoter 内 2973-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 24991426-24994225(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGGATGACGTGGCT
SmilChr05G001102 Chr05 NC_080391.1:9165276-9165290promoter 内 2949-2963 bp - 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 9166328-9170099(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATTGTGACGTGTCA
SmilChr08G002549 Chr08 NC_080394.1:24783052-24783066promoter 内 2848-2862 bp + 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 24784205-24788507(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCATCCTT
SmilChr03G000018 Chr03 NC_080389.1:201558-201572promoter 内 2411-2425 bp - 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 197738-199982(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCATTT
SmilChr03G001343 Chr03 NC_080389.1:15692170-15692184promoter 内 2374-2388 bp + 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 15693797-15694388(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGACTCA
SmilChr03G002242 Chr03 NC_080389.1:35368137-35368151promoter 内 2315-2329 bp + 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 35369823-35369894(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAAGAATA
SmilChr07G004362 Chr07 NC_080393.1:56164169-56164183promoter 内 2263-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 56165907-56168631(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAAAAAT
SmilChr02G003788 Chr02 NC_080388.1:59525168-59525182promoter 内 2137-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 59527032-59529805(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACGTGCGACGTGGCG
SmilChr03G002554 Chr03 NC_080389.1:40722407-40722421promoter 内 1888-1902 bp - 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 40717137-40720308(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCATTC
SmilChr08G003655 Chr08 NC_080394.1:40205843-40205857promoter 内 1815-1829 bp - 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 40189579-40203671(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGACTCA
SmilChr08G004095 Chr08 NC_080394.1:49634067-49634081promoter 内 1347-1361 bp - 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 49628288-49631427(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGCTTG
SmilChr01G001005 Chr01 NC_080387.1:21172951-21172965promoter 内 1086-1100 bp + 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 21175866-21178442(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGGGCTAA
SmilChr08G001976 Chr08 NC_080394.1:17452307-17452321promoter 内 690-704 bp + 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 17443871-17449010(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTGTTGACGTGGCC
SmilChr07G001811 Chr07 NC_080393.1:15523293-15523307promoter 内 682-696 bp + 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 15519135-15519988(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTTTTGACGTGGCA
SmilChr08G002566 Chr08 NC_080394.1:24995239-24995253promoter 内 643-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 24998597-25000654(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCATCCTT
SmilChr03G002564 Chr03 NC_080389.1:40833456-40833470promoter 内 641-655 bp + 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 40836816-40839710(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGCGATC
SmilChr08G000489 Chr08 NC_080394.1:3532020-3532034promoter 内 550-564 bp + 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 3526022-3528583(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGGGCTACGTGGCG
SmilChr05G004181 Chr05 NC_080391.1:55725628-55725642promoter 内 426-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 55717150-55722067(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGATGACGTGGAA
SmilChr02G003073 Chr02 NC_080388.1:51588295-51588309promoter 内 172-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 51579520-51584480(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGATGACACGTGGCA
SmilChr02G002326 Chr02 NC_080388.1:40942317-40942331promoter 内 3983-3997 bp - 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 40939951-40942313(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGTCTTC
SmilChr06G001909 Chr06 NC_080392.1:23084279-23084293promoter 内 3942-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 23080958-23084234(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCTGGTGACGTGTCG
SmilChr05G000288 Chr05 NC_080391.1:2219740-2219754promoter 内 3888-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2214518-2219641(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCATTC
SmilChr07G004225 Chr07 NC_080393.1:54488471-54488485promoter 内 3885-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54488587-54489278(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCTGTCCACGTGGCA
SmilChr03G001974 Chr03 NC_080389.1:28489937-28489951promoter 内 3876-3890 bp - 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 28487679-28489826(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGCTCG
SmilChr07G004224 Chr07 NC_080393.1:54488471-54488485promoter 内 3863-3877 bp - 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54485663-54488347(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGACAGA
SmilChr02G002342 Chr02 NC_080388.1:41151581-41151595promoter 内 3854-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 41147564-41151448(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGCTCG
SmilChr02G002343 Chr02 NC_080388.1:41164678-41164692promoter 内 3853-3867 bp - 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 41160657-41164544(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGCTCG
SmilChr07G004144 Chr07 NC_080393.1:53258284-53258298promoter 内 3846-3860 bp + 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53258439-53268046(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGCTCG
SmilChr02G005572 Chr02 NC_080388.1:75603439-75603453promoter 内 3819-3833 bp + 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 75603621-75605872(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCAGAAAA
SmilChr03G002325 Chr03 NC_080389.1:36602607-36602621promoter 内 3755-3769 bp + 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 36602853-36603350(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGCTCG
SmilChr02G003875 Chr02 NC_080388.1:60804056-60804070promoter 内 3721-3735 bp + 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 60804336-60805807(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGTCAGC
SmilChr07G003903 Chr07 NC_080393.1:49134283-49134297promoter 内 3694-3708 bp - 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 49132595-49133990(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGCTTG
SmilChr08G004491 Chr08 NC_080394.1:54537828-54537842promoter 内 3693-3707 bp + 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54538136-54540667(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGACTCA
SmilChr08G002340 Chr08 NC_080394.1:22086492-22086506promoter 内 3661-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 22086832-22089718(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTTCTGACGTGTCA
SmilChr04G000780 Chr04 NC_080390.1:9554558-9554572promoter 内 3657-3671 bp + 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 9554902-9556651(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGCTCG
SmilChr07G002088 Chr07 NC_080393.1:19010427-19010441promoter 内 3653-3667 bp - 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19007955-19010093(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCACAATT