转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 34 / 120 下载 TSV

上一页 34 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005807 Chr01 NC_080387.1:74110930-74110948promoter 内 3849-3867 bp - 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 74109394-74110796(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTATGGAAAAA
SmilChr02G002322 Chr02 NC_080388.1:40884460-40884478promoter 内 3411-3429 bp + 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 40885050-40888334(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTATGGAAAAA
SmilChr08G001266 Chr08 NC_080394.1:10054579-10054597promoter 内 3369-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 10055211-10056123(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTACCTTATTTGGAAAGT
SmilChr07G000712 Chr07 NC_080393.1:4959102-4959120promoter 内 3296-3314 bp + 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 4959807-4962301(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTACCTTATTTGGAAAGT
SmilChr04G001987 Chr04 NC_080390.1:32177744-32177762promoter 内 2751-2769 bp + 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 32165455-32176512(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCAAATAAGGTAAT
SmilChr04G000476 Chr04 NC_080390.1:5077346-5077364promoter 内 2202-2220 bp + 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 5079145-5082259(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTTGGAATTC
SmilChr01G002957 Chr01 NC_080387.1:48443945-48443963promoter 内 2174-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 48445772-48449250(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTATGGAAAAA
SmilChr08G003237 Chr08 NC_080394.1:33281190-33281208promoter 内 1151-1169 bp - 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 33284040-33285220(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTTCCATAAAAGGAAAC
SmilChr02G002321 Chr02 NC_080388.1:40884460-40884478promoter 内 155-173 bp + 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 40878014-40880632(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTTCCATAAAAGGAAAC
SmilChr08G002114 Chr08 NC_080394.1:19006065-19006083promoter 内 3779-3797 bp - 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 19006287-19011588(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTTCCATAAAAGGAAAC
SmilChr04G002288 Chr04 NC_080390.1:37169558-37169576promoter 内 3623-3641 bp - 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 37169936-37171128(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TAATTCCAAAAAAGGAAAC
SmilChr08G000604 Chr08 NC_080394.1:4477187-4477205promoter 内 3548-3566 bp + 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4477640-4479389(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTATGGAAAAA
SmilChr06G001089 Chr06 NC_080392.1:10892064-10892082promoter 内 3356-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 10890333-10891437(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTATGGAAAAA
SmilChr02G004833 Chr02 NC_080388.1:70448067-70448085promoter 内 2810-2828 bp - 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 70444929-70446894(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTATGGAAAAA
SmilChr04G002289 Chr04 NC_080390.1:37169558-37169576promoter 内 2310-2328 bp - 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 37171249-37172985(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TAATTCCAAAAAAGGAAAC
SmilChr06G000380 Chr06 NC_080392.1:2999788-2999806promoter 内 2066-2084 bp - 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 2996580-2997871(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTATGGAAAAA
SmilChr06G000355 Chr06 NC_080392.1:2714322-2714340promoter 内 1962-1980 bp - 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 2711121-2712301(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTATGGAAAAA
SmilChr05G000374 Chr05 NC_080391.1:2807755-2807773promoter 内 1777-1795 bp - 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 2802627-2805549(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTATGGAAAAA
SmilChr01G005806 Chr01 NC_080387.1:74110930-74110948promoter 内 1770-1788 bp - 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 74108120-74108717(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTATGGAAAAA
SmilChr05G002030 Chr05 NC_080391.1:21095666-21095684promoter 内 1388-1406 bp + 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 21087317-21093071(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGTTTCCAAAATTGGAAAA
SmilChr08G002789 Chr08 NC_080394.1:27589130-27589148promoter 内 1323-1341 bp + 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 27591808-27593213(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTACTTTTGGAAAGT
SmilChr05G002688 Chr05 NC_080391.1:30553388-30553406promoter 内 1024-1042 bp - 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 30556365-30557294(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTTCCATAAAAGGAAAC
SmilChr08G000605 Chr08 NC_080394.1:4477187-4477205promoter 内 683-701 bp + 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4480505-4485556(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTATGGAAAAA
SmilChr08G001776 Chr08 NC_080394.1:14983403-14983421promoter 内 428-446 bp - 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 14978293-14979848(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGCATGT
SmilChr05G001651 Chr05 NC_080391.1:15562521-15562539promoter 内 292-310 bp + 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 4 15556863-15558830(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACGTACCAAAAAAGGAAAG
SmilChr02G003306 Chr02 NC_080388.1:54329596-54329614promoter 内 3662-3680 bp - 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 54325880-54329275(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCCTTTTTGGTAATC
SmilChr08G001718 Chr08 NC_080394.1:14418182-14418200promoter 内 3951-3969 bp - 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 14418232-14419036(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTTCCTAAAAAGGAAAT
SmilChr02G001156 Chr02 NC_080388.1:21110206-21110224promoter 内 3271-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 21105216-21109494(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TGTTTCCAAAAGTAGAAAC
SmilChr08G002723 Chr08 NC_080394.1:26848839-26848857promoter 内 2624-2642 bp - 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 26850216-26867237(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTTCCTAAAAAGGAAAT
SmilChr02G001157 Chr02 NC_080388.1:21110206-21110224promoter 内 1835-1853 bp + 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 21112372-21115555(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCTACTTTTGGAAACA
SmilChr03G001074 Chr03 NC_080389.1:12437847-12437865promoter 内 3684-3702 bp + 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 12438164-12443107(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTAGGCAATA
SmilChr04G003955 Chr04 NC_080390.1:55100962-55100980promoter 内 3216-3234 bp - 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 55101747-55102630(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTGCCCAAAAAGGAAAA
SmilChr02G005258 Chr02 NC_080388.1:73676009-73676027promoter 内 3147-3165 bp - 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 73676863-73676958(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GATTGCCTAAAAAGGAAAC
SmilChr06G002586 Chr06 NC_080392.1:37072667-37072685promoter 内 2527-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 37065944-37071211(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTAGGCAATG
SmilChr03G002807 Chr03 NC_080389.1:44531443-44531461promoter 内 2236-2254 bp - 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 44527081-44529696(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTATTTTGGAAACG
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