转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 34 / 149 下载 TSV

上一页 34 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003140 Chr04 NC_080390.1:47981189-47981198promoter 内 392-401 bp + 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 47984798-47985687(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGCCGACCAT
SmilChr01G004509 Chr01 NC_080387.1:63175337-63175346promoter 内 296-305 bp + 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 63179042-63182578(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGCCGACCAT
SmilChr01G000868 Chr01 NC_080387.1:18553015-18553024promoter 内 233-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 18548401-18549256(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGCCGACCAT
SmilChr01G004366 Chr01 NC_080387.1:61849133-61849142promoter 内 153-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 61844665-61845294(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGCCGACCAT
SmilChr02G005252 Chr02 NC_080388.1:73659436-73659445promoter 内 149-158 bp - 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 73654315-73655593(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGCCGACCAT
SmilChr02G002608 Chr02 NC_080388.1:45243698-45243707promoter 内 95-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 45237515-45239801(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGCCGACCAT
SmilChr05G004114 Chr05 NC_080391.1:54993667-54993676promoter 内 3439-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 54994229-54996134(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr05G000995 Chr05 NC_080391.1:8078512-8078521promoter 内 3252-3261 bp + 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 8066534-8077772(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
SmilChr01G001175 Chr01 NC_080387.1:23809783-23809792promoter 内 156-165 bp + 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 23813628-23815370(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr04G001045 Chr04 NC_080390.1:14873396-14873405promoter 内 3119-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 14874278-14875512(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
SmilChr03G001342 Chr03 NC_080389.1:15678130-15678139promoter 内 3100-3109 bp - 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 15674776-15677238(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr05G001079 Chr05 NC_080391.1:8976345-8976354promoter 内 3082-3091 bp - 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 8974888-8975435(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr04G002312 Chr04 NC_080390.1:37435559-37435568promoter 内 2763-2772 bp + 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 37433374-37434330(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
SmilChr04G000276 Chr04 NC_080390.1:2533547-2533556promoter 内 2519-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 2535029-2539124(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr05G003707 Chr05 NC_080391.1:50151186-50151195promoter 内 2504-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 50141306-50149698(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr04G004179 Chr04 NC_080390.1:56375274-56375283promoter 内 2334-2343 bp - 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 56376941-56383053(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
SmilChr04G003707 Chr04 NC_080390.1:53393100-53393109promoter 内 2003-2012 bp - 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 53395098-53397421(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
SmilChr01G002342 Chr01 NC_080387.1:40579822-40579831promoter 内 1500-1509 bp + 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 40574844-40577330(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
SmilChr01G002341 Chr01 NC_080387.1:40579822-40579831promoter 内 1191-1200 bp + 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 40574844-40577021(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
SmilChr04G000630 Chr04 NC_080390.1:7149434-7149443promoter 内 933-942 bp - 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 7152502-7153007(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
SmilChr01G002073 Chr01 NC_080387.1:36636737-36636746promoter 内 897-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 36630279-36633642(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr02G000387 Chr02 NC_080388.1:4804928-4804937promoter 内 829-838 bp - 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 4808100-4810743(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
SmilChr04G002313 Chr04 NC_080390.1:37435559-37435568promoter 内 647-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 37438913-37443356(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr01G003459 Chr01 NC_080387.1:53163945-53163954promoter 内 599-608 bp - 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 53157546-53160552(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr03G003810 Chr03 NC_080389.1:57150391-57150400promoter 内 458-467 bp + 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 57153934-57154326(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr04G002303 Chr04 NC_080390.1:37293417-37293426promoter 内 436-445 bp - 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 37296982-37302644(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
SmilChr02G003363 Chr02 NC_080388.1:54755508-54755517promoter 内 3958-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54753719-54755474(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr05G001101 Chr05 NC_080391.1:9163275-9163284promoter 内 3866-3875 bp + 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 9163410-9165049(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr01G001821 Chr01 NC_080387.1:33149601-33149610promoter 内 3861-3870 bp + 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33147058-33149470(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
SmilChr01G003940 Chr01 NC_080387.1:57742601-57742610promoter 内 3796-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 57740197-57742405(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
SmilChr03G000343 Chr03 NC_080389.1:3885703-3885712promoter 内 3753-3762 bp - 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3883590-3885464(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr01G001067 Chr01 NC_080387.1:22019262-22019271promoter 内 3722-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 22019541-22023684(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr03G003167 Chr03 NC_080389.1:49033606-49033615promoter 内 3429-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 49027296-49033043(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr06G000638 Chr06 NC_080392.1:5646599-5646608promoter 内 3415-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5647185-5648867(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr01G005424 Chr01 NC_080387.1:71424803-71424812promoter 内 3381-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 71419189-71424192(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAG
SmilChr05G003660 Chr05 NC_080391.1:49328418-49328427promoter 内 3153-3162 bp + 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 49314170-49327579(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTTGTCGGTG
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