转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 34 / 164 下载 TSV

上一页 34 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000315 Chr05 NC_080391.1:2366838-2366852promoter 内 2243-2257 bp + 1744 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2368596-2372204(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAGGTAGGTGTG
SmilChr01G003356 Chr01 NC_080387.1:52302073-52302087promoter 内 2232-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 52303842-52304849(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTGAAGTAGGTGGG
SmilChr07G004413 Chr07 NC_080393.1:56752222-56752236promoter 内 2078-2092 bp - 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 56748397-56750313(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAGGTAGGTGTG
SmilChr02G000702 Chr02 NC_080388.1:11219995-11220009promoter 内 1988-2002 bp + 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 11208006-11217996(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCAAGCC
SmilChr03G004093 Chr03 NC_080389.1:59802222-59802236promoter 内 1939-1953 bp - 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 59804284-59874437(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCAATCG
SmilChr01G003274 Chr01 NC_080387.1:51460841-51460855promoter 内 1772-1786 bp + 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 51453792-51458626(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTTTCT
SmilChr02G002749 Chr02 NC_080388.1:47525696-47525710promoter 内 1772-1786 bp - 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 47527925-47531991(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTAAAAA
SmilChr02G001281 Chr02 NC_080388.1:23638867-23638881promoter 内 1730-1744 bp + 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 23641138-23643741(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTAGGTAGGTTGG
SmilChr05G000316 Chr05 NC_080391.1:2379313-2379327promoter 内 1720-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2374217-2377046(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCTTATC
SmilChr01G005980 Chr01 NC_080387.1:75460498-75460512promoter 内 1657-1671 bp + 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 75453629-75458168(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTACCTACCTAAGT
SmilChr05G000317 Chr05 NC_080391.1:2374870-2374884promoter 内 1340-1354 bp - 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2377531-2379708(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCTTATC
SmilChr05G000344 Chr05 NC_080391.1:2559990-2560004promoter 内 1224-1238 bp - 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2554007-2557227(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAGGTAGGTGTG
SmilChr05G000339 Chr05 NC_080391.1:2535215-2535229promoter 内 1128-1142 bp - 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2531032-2532356(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAGGTAGGTGTG
SmilChr01G001491 Chr01 NC_080387.1:28717748-28717762promoter 内 710-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 28721039-28721521(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACCTACTA
SmilChr05G000046 Chr05 NC_080391.1:224661-224675promoter 内 710-724 bp + 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 220170-221384(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCTTATC
SmilChr01G002313 Chr01 NC_080387.1:40124882-40124896promoter 内 696-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 40115931-40121591(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTACCAT
SmilChr01G000668 Chr01 NC_080387.1:14818304-14818318promoter 内 565-579 bp - 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 14821740-14822909(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTACCTACCTCATC
SmilChr02G005598 Chr02 NC_080388.1:75713129-75713143promoter 内 503-517 bp - 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 75708951-75709645(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTAAA
SmilChr03G001059 Chr03 NC_080389.1:12285551-12285565promoter 内 403-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 12289149-12290155(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTACCTACCTCATC
SmilChr01G001594 Chr01 NC_080387.1:30005282-30005296promoter 内 316-330 bp + 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 30008967-30010165(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGAGAGTAGGTGGG
SmilChr02G000432 Chr02 NC_080388.1:5624520-5624534promoter 内 19-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 5617091-5620552(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCTAACA
SmilChr02G001226 Chr02 NC_080388.1:22547236-22547250promoter 内 11-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 22542391-22543260(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCTACTA
SmilChr01G003588 Chr01 NC_080387.1:54430648-54430662promoter 内 3735-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 54430914-54433917(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTAAGCA
SmilChr05G001775 Chr05 NC_080391.1:17466897-17466911promoter 内 2778-2792 bp + 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 17468120-17471720(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGGGGGTAGGTAAA
SmilChr04G000846 Chr04 NC_080390.1:10695187-10695201promoter 内 2730-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 10692251-10693930(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCCCTC
SmilChr02G003297 Chr02 NC_080388.1:54247192-54247206promoter 内 2161-2175 bp + 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 54243482-54245366(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCACACT
SmilChr06G001816 Chr06 NC_080392.1:21321345-21321359promoter 内 1440-1454 bp - 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 21323906-21326413(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGCACCTACCCAACA
SmilChr05G000774 Chr05 NC_080391.1:6038256-6038270promoter 内 1295-1309 bp - 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 6034367-6035564(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGGTGGTAGGTGAT
SmilChr01G001538 Chr01 NC_080387.1:29393680-29393694promoter 内 692-706 bp - 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 29396989-29398368(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCCCATG
SmilChr04G002769 Chr04 NC_080390.1:43485711-43485725promoter 内 611-625 bp - 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 43489101-43494377(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCTCCCA
SmilChr05G002111 Chr05 NC_080391.1:22123878-22123892promoter 内 3979-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 22120479-22123870(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCTCCA
SmilChr05G002110 Chr05 NC_080391.1:22114086-22114100promoter 内 3978-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 22110876-22114077(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCTCCA
SmilChr05G001501 Chr05 NC_080391.1:13769944-13769958promoter 内 3946-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 13769999-13773178(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCTCCA
SmilChr05G001502 Chr05 NC_080391.1:13779686-13779700promoter 内 3946-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 13779741-13782920(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCTCCA
SmilChr01G000247 Chr01 NC_080387.1:4650523-4650537promoter 内 3769-3783 bp + 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 4649148-4650305(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTACCTACCTCAAC
SmilChr08G001217 Chr08 NC_080394.1:9825151-9825165promoter 内 3596-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 9822022-9824760(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTACCTACCAAAAA
SmilChr08G001218 Chr08 NC_080394.1:9825151-9825165promoter 内 3577-3591 bp + 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 9825575-9826623(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTGGTAGGTAGA
SmilChr05G002909 Chr05 NC_080391.1:34953999-34954013promoter 内 3335-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 34952416-34953347(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATGGGGTAGGTGAA
SmilChr05G000800 Chr05 NC_080391.1:6269418-6269432promoter 内 3163-3177 bp - 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 6270256-6271073(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTACCTACCTATCT
SmilChr06G002255 Chr06 NC_080392.1:31982961-31982975promoter 内 3145-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 31983817-31985971(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCTCCA
SmilChr05G002688 Chr05 NC_080391.1:30555464-30555478promoter 内 3100-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 30556365-30557294(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTGGTAGGTAGA
SmilChr02G000922 Chr02 NC_080388.1:16021794-16021808promoter 内 2823-2837 bp - 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 16012908-16020630(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAT
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SmilChr06G003069 Chr06 NC_080392.1:43575582-43575596promoter 内 2183-2197 bp + 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 43577400-43578756(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATTGGTAGGTGGT
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SmilChr05G001185 Chr05 NC_080391.1:9945565-9945579promoter 内 1669-1683 bp + 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 9947897-9953939(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTGGGGTAGGTGGA
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SmilChr07G001208 Chr07 NC_080393.1:9233712-9233726promoter 内 1420-1434 bp - 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 9224097-9231145(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTTGGTAGTTGGG
SmilChr03G004130 Chr03 NC_080389.1:60141146-60141160promoter 内 1382-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 60132350-60138541(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGATAGGTAGGTAGA
SmilChr04G002105 Chr04 NC_080390.1:33995556-33995570promoter 内 1250-1264 bp + 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 33998307-34003165(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGTTGGTAGGTGTC