转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 35 / 136 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000452 Chr02 NC_080388.1:6012024-6012034promoter 内 2887-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 6013138-6021092(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCACG
SmilChr02G001045 Chr02 NC_080388.1:18510100-18510110promoter 内 2863-2873 bp - 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 18507736-18508972(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTTCAGCGCG
SmilChr04G003871 Chr04 NC_080390.1:54602442-54602452promoter 内 2704-2714 bp + 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 54603739-54615388(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTTCAGCGCG
SmilChr06G001877 Chr06 NC_080392.1:22298271-22298281promoter 内 2637-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 22294058-22296917(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGTC
SmilChr02G001399 Chr02 NC_080388.1:26574071-26574081promoter 内 2525-2535 bp - 1466 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 26575547-26585582(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCC
SmilChr03G000161 Chr03 NC_080389.1:1772181-1772191promoter 内 2425-2435 bp - 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 1773757-1777973(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCC
SmilChr05G003098 Chr05 NC_080391.1:39388414-39388424promoter 内 2108-2118 bp + 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 39390307-39394146(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTTCAGCGCG
SmilChr08G002794 Chr08 NC_080394.1:27659542-27659552promoter 内 1943-1953 bp + 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 27648616-27657494(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTGCTGAGCC
SmilChr07G000755 Chr07 NC_080393.1:5323520-5323530promoter 内 1928-1938 bp + 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 5318159-5321457(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTGCTGAGCC
SmilChr08G004344 Chr08 NC_080394.1:53112955-53112965promoter 内 1894-1904 bp - 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 53115062-53117881(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGCC
SmilChr04G001851 Chr04 NC_080390.1:30173481-30173491promoter 内 1842-1852 bp - 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 30175640-30177631(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTGCTGAGCC
SmilChr04G001938 Chr04 NC_080390.1:31502583-31502593promoter 内 1628-1638 bp + 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 31498037-31500220(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTGCTGAGCC
SmilChr03G000342 Chr03 NC_080389.1:3882773-3882783promoter 内 1563-1573 bp + 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 3872530-3880345(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCC
SmilChr03G000215 Chr03 NC_080389.1:2503747-2503757promoter 内 1559-1569 bp - 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 2506189-2515083(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCC
SmilChr04G000764 Chr04 NC_080390.1:9315650-9315660promoter 内 1310-1320 bp - 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 9312431-9312969(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTTCAGCGCG
SmilChr02G001941 Chr02 NC_080388.1:34970296-34970306promoter 内 1167-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 34973130-34974185(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGCA
SmilChr01G000579 Chr01 NC_080387.1:12151400-12151410promoter 内 913-923 bp - 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 12147216-12148322(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCACG
SmilChr02G000737 Chr02 NC_080388.1:11952730-11952740promoter 内 650-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 11948946-11949389(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCAGCGCA
SmilChr02G001044 Chr02 NC_080388.1:18510100-18510110promoter 内 309-319 bp - 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 18501069-18506418(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTTCAGCGCG
SmilChr03G000214 Chr03 NC_080389.1:2503747-2503757promoter 内 270-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 2496980-2500026(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCCC
SmilChr01G003324 Chr01 NC_080387.1:51933144-51933154promoter 内 3937-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 51933208-51936060(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACTCAGCGTG
SmilChr07G004667 Chr07 NC_080393.1:59580205-59580215promoter 内 3932-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 59580274-59586853(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCGG
SmilChr05G001627 Chr05 NC_080391.1:15206769-15206779promoter 内 3902-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 15206868-15211319(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGACCC
SmilChr02G004215 Chr02 NC_080388.1:64391786-64391796promoter 内 3832-3842 bp + 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64388940-64391627(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTGCTGAGCC
SmilChr08G002461 Chr08 NC_080394.1:23440117-23440127promoter 内 3641-3651 bp - 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 23440477-23442727(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGTC
SmilChr06G002742 Chr06 NC_080392.1:39768183-39768193promoter 内 3482-3492 bp - 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 39768702-39774464(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGGA
SmilChr01G005646 Chr01 NC_080387.1:72865282-72865292promoter 内 3382-3392 bp - 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 72865901-72867240(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGCC
SmilChr01G001349 Chr01 NC_080387.1:26766213-26766223promoter 内 3320-3330 bp - 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 26756632-26765542(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGGA
SmilChr04G001470 Chr04 NC_080390.1:24139599-24139609promoter 内 3286-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 24140314-24145373(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGTC
SmilChr06G001221 Chr06 NC_080392.1:12592694-12592704promoter 内 3265-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 12593430-12598286(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCAGCGCA
SmilChr07G002308 Chr07 NC_080393.1:21344014-21344024promoter 内 3264-3274 bp - 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 21344751-21345334(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTGCTGAGCC
SmilChr07G003457 Chr07 NC_080393.1:38624793-38624803promoter 内 3254-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 38623097-38624056(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGGA
SmilChr07G003459 Chr07 NC_080393.1:38630350-38630360promoter 内 3254-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 38628654-38629613(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGGA
SmilChr04G001696 Chr04 NC_080390.1:28070006-28070016promoter 内 3222-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 28066110-28069237(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTGCTGAGCC
SmilChr02G003827 Chr02 NC_080388.1:59933287-59933297promoter 内 3182-3192 bp - 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 59934106-59935911(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTGCTGAGCC
SmilChr01G000343 Chr01 NC_080387.1:7003920-7003930promoter 内 3177-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 7004744-7008154(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCCC
SmilChr06G000597 Chr06 NC_080392.1:5133327-5133337promoter 内 3154-3164 bp - 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5134174-5136842(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCC
SmilChr02G001778 Chr02 NC_080388.1:32560162-32560172promoter 内 3153-3163 bp - 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 32561010-32566063(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCC
SmilChr01G001852 Chr01 NC_080387.1:33441713-33441723promoter 内 3130-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 33438179-33440852(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGTC
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SmilChr08G004197 Chr08 NC_080394.1:51367126-51367136promoter 内 3018-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 51368109-51370035(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCGG
SmilChr02G004199 Chr02 NC_080388.1:64312886-64312896promoter 内 3016-3026 bp + 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64309938-64311911(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCC
SmilChr06G002608 Chr06 NC_080392.1:37501545-37501555promoter 内 2993-3003 bp + 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 37498005-37500547(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGTC
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SmilChr04G004053 Chr04 NC_080390.1:55707961-55707971promoter 内 2819-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 55702812-55706789(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCCC
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