转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 35 / 119 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002319 Chr01 NC_080387.1:40218977-40218986promoter 内 2227-2236 bp - 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 40220751-40228519(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTC
SmilChr01G004420 Chr01 NC_080387.1:62322254-62322263promoter 内 2151-2160 bp - 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 62324104-62326616(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTC
SmilChr01G000671 Chr01 NC_080387.1:14848842-14848851promoter 内 2057-2066 bp + 1935 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 14850786-14865235(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr01G001776 Chr01 NC_080387.1:32662416-32662425promoter 内 2054-2063 bp - 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 32659813-32660478(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr02G003753 Chr02 NC_080388.1:59172806-59172815promoter 内 1916-1925 bp - 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 59167246-59170730(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr02G003483 Chr02 NC_080388.1:56106831-56106840promoter 内 1908-1917 bp - 2084 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56096161-56104747(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr02G003988 Chr02 NC_080388.1:62131677-62131686promoter 内 1805-1814 bp + 2187 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 62133873-62135651(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr01G005698 Chr01 NC_080387.1:73242194-73242203promoter 内 1771-1780 bp + 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 73244424-73246790(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGG
SmilChr02G003993 Chr02 NC_080388.1:62235891-62235900promoter 内 1750-1759 bp + 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 62230799-62233649(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTC
SmilChr01G005276 Chr01 NC_080387.1:70177994-70178003promoter 内 1717-1726 bp - 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 70180278-70183704(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTC
SmilChr01G000433 Chr01 NC_080387.1:8663961-8663970promoter 内 1679-1688 bp - 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 8658607-8661648(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr02G002168 Chr02 NC_080388.1:38906540-38906549promoter 内 1674-1683 bp + 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 38908867-38910207(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGG
SmilChr02G000077 Chr02 NC_080388.1:973368-973377promoter 内 1583-1592 bp + 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 975786-976583(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGG
SmilChr01G002247 Chr01 NC_080387.1:39075000-39075009promoter 内 1535-1544 bp + 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 39077466-39078636(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGG
SmilChr01G004254 Chr01 NC_080387.1:60824960-60824969promoter 内 1523-1532 bp - 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 60827438-60828265(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTC
SmilChr02G000894 Chr02 NC_080388.1:15386445-15386454promoter 内 1416-1425 bp - 2576 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 15389030-15392007(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTC
SmilChr02G004116 Chr02 NC_080388.1:63454777-63454786promoter 内 1368-1377 bp - 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63457410-63457976(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTC
SmilChr02G001278 Chr02 NC_080388.1:23474487-23474496promoter 内 1356-1365 bp + 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 23471456-23471851(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAC
SmilChr02G001275 Chr02 NC_080388.1:23394110-23394119promoter 内 1326-1335 bp - 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 23396785-23397816(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTC
SmilChr01G002227 Chr01 NC_080387.1:38739478-38739487promoter 内 1319-1328 bp + 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 38742160-38743032(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr02G002106 Chr02 NC_080388.1:37757281-37757290promoter 内 1299-1308 bp - 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 37759983-37770656(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTC
SmilChr01G006177 Chr01 NC_080387.1:77309561-77309570promoter 内 1263-1272 bp + 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 77301681-77306832(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAC
SmilChr01G002350 Chr01 NC_080387.1:40639774-40639783promoter 内 1254-1263 bp + 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 40642521-40642628(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGG
SmilChr02G000190 Chr02 NC_080388.1:2371151-2371160promoter 内 1127-1136 bp + 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 2366670-2368286(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTC
SmilChr01G003590 Chr01 NC_080387.1:54442106-54442115promoter 内 1106-1115 bp - 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 54437545-54439220(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr01G003593 Chr01 NC_080387.1:54470604-54470613promoter 内 1106-1115 bp - 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 54466042-54467718(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr01G000885 Chr01 NC_080387.1:18897543-18897552promoter 内 1099-1108 bp - 2893 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 18882476-18894650(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr01G001433 Chr01 NC_080387.1:27999925-27999934promoter 内 1099-1108 bp - 2893 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 28002827-28004657(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAC
SmilChr02G002382 Chr02 NC_080388.1:41729157-41729166promoter 内 1033-1042 bp - 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 41720892-41726198(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GTATGATTGG
SmilChr01G001615 Chr01 NC_080387.1:30273071-30273080promoter 内 962-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 30276110-30278142(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTC
SmilChr02G003589 Chr02 NC_080388.1:57098510-57098519promoter 内 935-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 57101576-57107456(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTC
SmilChr01G002777 Chr01 NC_080387.1:46212842-46212851promoter 内 814-823 bp - 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 46205267-46209664(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr02G001912 Chr02 NC_080388.1:34424548-34424557promoter 内 754-763 bp - 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 34419529-34421310(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr01G002899 Chr01 NC_080387.1:47663644-47663653promoter 内 733-742 bp + 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 47666912-47668792(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
SmilChr01G000613 Chr01 NC_080387.1:13549278-13549287promoter 内 673-682 bp - 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 13552606-13552949(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAC
SmilChr01G002887 Chr01 NC_080387.1:47492435-47492444promoter 内 659-668 bp - 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 47482471-47489102(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTGA
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SmilChr02G004128 Chr02 NC_080388.1:63519196-63519205promoter 内 602-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63522595-63526785(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAC
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