转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 36 / 149 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002314 Chr02 NC_080388.1:40764104-40764118promoter 内 3322-3336 bp + 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 40754457-40763439(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTACGGATAAGGAC
SmilChr04G003097 Chr04 NC_080390.1:47580495-47580509promoter 内 2623-2637 bp + 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 47577940-47579131(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAATCGGATAAGATC
SmilChr01G005698 Chr01 NC_080387.1:73242216-73242230promoter 内 1793-1807 bp + 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 73244424-73246790(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCATTATCCACACA
SmilChr04G001351 Chr04 NC_080390.1:21907225-21907239promoter 内 3899-3913 bp + 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 21907327-21907914(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATTATCCAATTC
SmilChr02G002472 Chr02 NC_080388.1:43114673-43114687promoter 内 3889-3903 bp - 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 43114489-43114575(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCTCTTATCCATATC
SmilChr04G001262 Chr04 NC_080390.1:19885503-19885517promoter 内 3843-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 19878916-19885359(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCCTATCCATTAA
SmilChr01G004365 Chr01 NC_080387.1:61839113-61839127promoter 内 3636-3650 bp + 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 61839478-61842573(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATCTTATCCTAATA
SmilChr03G003432 Chr03 NC_080389.1:52685609-52685623promoter 内 3491-3505 bp + 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 52686119-52686955(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCCTAAGA
SmilChr01G004393 Chr01 NC_080387.1:62102697-62102711promoter 内 3342-3356 bp - 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 62098704-62102052(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATTATCCACTAA
SmilChr04G002173 Chr04 NC_080390.1:35126174-35126188promoter 内 3285-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 35126890-35132312(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATGGATAATGAA
SmilChr03G003483 Chr03 NC_080389.1:53404975-53404989promoter 内 3191-3205 bp - 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 53402869-53404179(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCATTATCCATATT
SmilChr02G003909 Chr02 NC_080388.1:61145750-61145764promoter 内 3157-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 61141637-61144920(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTACGGATAAGGAC
SmilChr01G001017 Chr01 NC_080387.1:21336872-21336886promoter 内 3154-3168 bp - 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 21337719-21339873(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATAATGAG
SmilChr01G001090 Chr01 NC_080387.1:22355142-22355156promoter 内 3136-3150 bp + 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 22352657-22354291(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATAATGAG
SmilChr04G001352 Chr04 NC_080390.1:21907225-21907239promoter 内 2879-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 21908347-21909101(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATTATCCAATTC
SmilChr01G001139 Chr01 NC_080387.1:23187189-23187203promoter 内 2838-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 23188352-23191802(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTCTGGATAAGCTT
SmilChr02G005291 Chr02 NC_080388.1:73908926-73908940promoter 内 2738-2752 bp + 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 73906407-73907677(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGTGGATAATATT
SmilChr02G000500 Chr02 NC_080388.1:6885010-6885024promoter 内 2677-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 6882747-6883700(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGAGGATAAGGAA
SmilChr04G003361 Chr04 NC_080390.1:50204040-50204054promoter 内 2675-2689 bp + 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 50205366-50206919(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCAGATG
SmilChr01G002499 Chr01 NC_080387.1:42824105-42824119promoter 内 2477-2491 bp - 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 42825629-42827924(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTATTGGATAAGTTA
SmilChr01G000275 Chr01 NC_080387.1:5459948-5459962promoter 内 2275-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 5461674-5465796(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTGCTTATCCATTAC
SmilChr02G004146 Chr02 NC_080388.1:63777312-63777326promoter 内 2105-2119 bp - 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 63779208-63782520(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAGTGGATAAGGGA
SmilChr01G001281 Chr01 NC_080387.1:25594659-25594673promoter 内 1879-1893 bp - 2108 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 25596781-25598648(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGTAAGGATAAGATC
SmilChr03G004632 Chr03 NC_080389.1:63954471-63954485promoter 内 1750-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 63956722-63961101(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGTATGGATAATGTG
SmilChr01G004394 Chr01 NC_080387.1:62102697-62102711promoter 内 1635-1649 bp - 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 62105063-62109085(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGTGGATAATATT
SmilChr03G003864 Chr03 NC_080389.1:57709233-57709247promoter 内 1538-1552 bp - 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 57706714-57706784(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCTTTTAA
SmilChr04G000288 Chr04 NC_080390.1:2687562-2687576promoter 内 1536-1550 bp + 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 2685038-2685111(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAAAGGATAAGCTT
SmilChr04G000289 Chr04 NC_080390.1:2687562-2687576promoter 内 1316-1330 bp + 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 2690247-2693195(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAGCTTATCCTTTAA
SmilChr01G005626 Chr01 NC_080387.1:72724216-72724230promoter 内 1274-1288 bp + 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 72726943-72733229(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTCTTATCCGTAAA
SmilChr04G001126 Chr04 NC_080390.1:16319600-16319614promoter 内 1260-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 16314342-16316873(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTCTGGATAAGCTT
SmilChr02G004145 Chr02 NC_080388.1:63777312-63777326promoter 内 913-927 bp - 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 63770923-63774238(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCCCTTATCCACTTT
SmilChr04G001362 Chr04 NC_080390.1:22100757-22100771promoter 内 903-917 bp - 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 22103855-22107668(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAAGTTA
SmilChr03G004492 Chr03 NC_080389.1:63038181-63038195promoter 内 628-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 63034100-63034822(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAAGTTA
SmilChr01G002822 Chr01 NC_080387.1:46762082-46762096promoter 内 612-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 46765471-46765940(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTGGATAAGCTC
SmilChr01G000710 Chr01 NC_080387.1:15855636-15855650promoter 内 407-421 bp - 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 15859230-15860324(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTCTGGATAAGCTT
SmilChr01G004364 Chr01 NC_080387.1:61839113-61839127promoter 内 3712-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 61834267-61838838(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTAGGATAAGATC
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SmilChr02G000271 Chr02 NC_080388.1:3497869-3497883promoter 内 3665-3679 bp + 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 3494559-3497547(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGAGTGGATAATGTC
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SmilChr01G001448 Chr01 NC_080387.1:28182197-28182211promoter 内 3200-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28179537-28181410(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTAAGGATAAGATC
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