转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 37 / 130 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004097 Chr02 NC_080388.1:63275142-63275154promoter 内 1323-1335 bp - 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 63277820-63278786(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGATATTCTGTA
SmilChr03G000500 Chr03 NC_080389.1:5368862-5368874promoter 内 1165-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 5365559-5366038(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCGTAT
SmilChr01G002891 Chr01 NC_080387.1:47602525-47602537promoter 内 1083-1095 bp + 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 47591308-47599619(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGTATATTCTGTA
SmilChr01G002393 Chr01 NC_080387.1:41224436-41224448promoter 内 1073-1085 bp - 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 41227364-41227790(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGATATTCTGTA
SmilChr03G000147 Chr03 NC_080389.1:1618362-1618374promoter 内 997-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1614522-1615370(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GATAGAATATACT
SmilChr02G004181 Chr02 NC_080388.1:64130884-64130896promoter 内 952-964 bp - 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 64119947-64127847(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CACAGAATATGCC
SmilChr02G003506 Chr02 NC_080388.1:56249333-56249345promoter 内 778-790 bp - 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56244107-56246122(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TACAGAATATCCT
SmilChr02G003558 Chr02 NC_080388.1:56752214-56752226promoter 内 737-749 bp - 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56746991-56748962(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TACAGAATATCCT
SmilChr03G001119 Chr03 NC_080389.1:12888097-12888109promoter 内 731-743 bp + 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12891367-12901719(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAGGGAATATTGC
SmilChr02G005248 Chr02 NC_080388.1:73630109-73630121promoter 内 726-738 bp + 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 73633384-73638666(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TACAGAATATCCT
SmilChr01G001805 Chr01 NC_080387.1:32973735-32973747promoter 内 681-693 bp + 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 32977055-32979274(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAGAGAATATTCA
SmilChr02G001556 Chr02 NC_080388.1:28859600-28859612promoter 内 631-643 bp - 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 28862970-28863392(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGTATATTCTGTA
SmilChr02G004502 Chr02 NC_080388.1:67543888-67543900promoter 内 546-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 67528523-67540445(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TACAGAATATCCT
SmilChr03G001460 Chr03 NC_080389.1:17448310-17448322promoter 内 432-444 bp + 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 17442779-17444753(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGATATTCTGTA
SmilChr03G000148 Chr03 NC_080389.1:1618362-1618374promoter 内 426-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1621937-1625847(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGTATATTCTATC
SmilChr01G005354 Chr01 NC_080387.1:70779652-70779664promoter 内 386-398 bp + 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 70772397-70776049(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTAATATTCGTTT
SmilChr01G004166 Chr01 NC_080387.1:60165731-60165743promoter 内 349-361 bp - 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60157280-60162091(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TACAGAATATCCT
SmilChr01G004130 Chr01 NC_080387.1:59820846-59820858promoter 内 211-223 bp + 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 59813110-59817068(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGATATTCTGTA
SmilChr02G005506 Chr02 NC_080388.1:75181809-75181821promoter 内 183-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75185627-75191607(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAAGAATATTTC
SmilChr01G001994 Chr01 NC_080387.1:35345330-35345342promoter 内 51-63 bp + 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 35339808-35341392(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGATATTCTGTA
SmilChr01G000024 Chr01 NC_080387.1:449048-449060promoter 内 2003-2015 bp - 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 4 451046-452337(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTTTT
SmilChr01G005206 Chr01 NC_080387.1:69719343-69719355promoter 内 1578-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 4 69721766-69722389(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAAGAATATCCT
SmilChr01G002533 Chr01 NC_080387.1:43330540-43330552promoter 内 3738-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 43330803-43332358(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTTT
SmilChr02G004164 Chr02 NC_080388.1:63960366-63960378promoter 内 3623-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 63960744-63963558(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTTT
SmilChr01G001672 Chr01 NC_080387.1:30848915-30848927promoter 内 3609-3621 bp - 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 30849307-30850327(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTTTT
SmilChr02G002939 Chr02 NC_080388.1:49889319-49889331promoter 内 3421-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 49889899-49891399(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGTATATTCTCCG
SmilChr02G004061 Chr02 NC_080388.1:62905716-62905728promoter 内 2101-2113 bp + 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 62907616-62911162(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTTT
SmilChr01G000574 Chr01 NC_080387.1:11914275-11914287promoter 内 1906-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 11916370-11919874(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTTT
SmilChr01G002686 Chr01 NC_080387.1:45065383-45065395promoter 内 451-463 bp + 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 45068933-45070075(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTTT
SmilChr03G001859 Chr03 NC_080389.1:25661699-25661711promoter 内 188-200 bp - 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 25665512-25673179(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCGTTG
SmilChr01G000878 Chr01 NC_080387.1:18660880-18660892promoter 内 3956-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 18659187-18660847(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTTT
SmilChr02G002116 Chr02 NC_080388.1:37914521-37914533promoter 内 3899-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 37914623-37951736(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCTCTA
SmilChr01G003544 Chr01 NC_080387.1:54032601-54032613promoter 内 3877-3889 bp + 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 54032725-54035627(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTTT
SmilChr02G002319 Chr02 NC_080388.1:40864346-40864358promoter 内 3808-3820 bp + 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 40864539-40866014(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGGAGAATATACG
SmilChr01G004812 Chr01 NC_080387.1:66319280-66319292promoter 内 3670-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 66315769-66318961(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTTT
SmilChr02G004979 Chr02 NC_080388.1:71666991-71667003promoter 内 3559-3571 bp + 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 71667433-71676247(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AACGGAATATTTT
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