转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 38 / 130 下载 TSV

上一页 38 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003836 Chr01 NC_080387.1:56713286-56713294promoter 内 3183-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 56708052-56712476(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr02G002504 Chr02 NC_080388.1:43533022-43533030promoter 内 3181-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 43533842-43537575(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr01G003826 Chr01 NC_080387.1:56593168-56593176promoter 内 3179-3187 bp - 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 56593990-56598392(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr01G002989 Chr01 NC_080387.1:48824107-48824115promoter 内 3136-3144 bp + 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 48818132-48823250(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr02G004614 Chr02 NC_080388.1:68661051-68661059promoter 内 3103-3111 bp - 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 68658631-68660161(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr01G005251 Chr01 NC_080387.1:70032241-70032249promoter 内 3101-3109 bp + 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 70029323-70031349(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr02G002406 Chr02 NC_080388.1:41972705-41972713promoter 内 3092-3100 bp - 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 41973614-42011446(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr01G005530 Chr01 NC_080387.1:72161587-72161595promoter 内 3085-3093 bp - 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 72157631-72160679(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr01G005401 Chr01 NC_080387.1:71259964-71259972promoter 内 3067-3075 bp + 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 71260898-71273264(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr01G004061 Chr01 NC_080387.1:59034388-59034396promoter 内 3060-3068 bp - 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 59033060-59033455(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr01G000412 Chr01 NC_080387.1:8364319-8364327promoter 内 3056-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 8365264-8368444(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr01G002391 Chr01 NC_080387.1:41175219-41175227promoter 内 3050-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 41176170-41179598(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTTACTTAA
SmilChr02G004147 Chr02 NC_080388.1:63791196-63791204promoter 内 3047-3055 bp - 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 63789223-63790250(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr02G004831 Chr02 NC_080388.1:70426971-70426979promoter 内 3027-3035 bp + 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 70416876-70426005(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr02G003885 Chr02 NC_080388.1:60916495-60916503promoter 内 3023-3031 bp + 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 60917473-60924780(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr01G005042 Chr01 NC_080387.1:68351679-68351687promoter 内 3009-3017 bp + 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 68343649-68350695(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr01G002062 Chr01 NC_080387.1:36455791-36455799promoter 内 3001-3009 bp + 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 36456791-36460998(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr02G004567 Chr02 NC_080388.1:68186840-68186848promoter 内 2987-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 68187854-68194128(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr02G000646 Chr02 NC_080388.1:9762662-9762670promoter 内 2979-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 9763684-9767184(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr01G003780 Chr01 NC_080387.1:56191128-56191136promoter 内 2959-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 56192170-56195736(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr02G004486 Chr02 NC_080388.1:67372337-67372345promoter 内 2955-2963 bp - 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 67367725-67371299(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr02G002564 Chr02 NC_080388.1:44613299-44613307promoter 内 2949-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 44610723-44612255(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr02G004564 Chr02 NC_080388.1:68157533-68157541promoter 内 2943-2951 bp + 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 68151567-68156483(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr01G005690 Chr01 NC_080387.1:73186689-73186697promoter 内 2938-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 73184226-73185634(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr01G003985 Chr01 NC_080387.1:58286516-58286524promoter 内 2936-2944 bp - 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 58287581-58288554(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr02G000802 Chr02 NC_080388.1:13394268-13394276promoter 内 2935-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 13395334-13396059(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr02G000900 Chr02 NC_080388.1:15463368-15463376promoter 内 2925-2933 bp + 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 15464444-15466622(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr01G001199 Chr01 NC_080387.1:24128854-24128862promoter 内 2920-2928 bp + 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 24129935-24142594(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr02G000091 Chr02 NC_080388.1:1179919-1179927promoter 内 2911-2919 bp + 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 1177467-1178837(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr01G002486 Chr01 NC_080387.1:42581944-42581952promoter 内 2900-2908 bp + 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 42576465-42580851(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTTACTTAA
SmilChr02G002561 Chr02 NC_080388.1:44558068-44558076promoter 内 2876-2884 bp - 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 44555391-44556951(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr01G000275 Chr01 NC_080387.1:5460548-5460556promoter 内 2875-2883 bp - 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 5461674-5465796(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTTACTTAA
SmilChr01G005144 Chr01 NC_080387.1:69250317-69250325promoter 内 2870-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 69234499-69249194(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr02G003134 Chr02 NC_080388.1:52361018-52361026promoter 内 2865-2873 bp + 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 52357494-52359890(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr01G002917 Chr01 NC_080387.1:47890563-47890571promoter 内 2851-2859 bp + 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 47891713-47901820(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr01G000638 Chr01 NC_080387.1:14359910-14359918promoter 内 2847-2855 bp + 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 14361064-14363497(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
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