转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 38 / 140 下载 TSV

上一页 38 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000925 Chr03 NC_080389.1:10591475-10591489promoter 内 3199-3213 bp - 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 10592277-10598534(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCCCACCTAAATCCT
SmilChr03G000142 Chr03 NC_080389.1:1611289-1611303promoter 内 3102-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 1547153-1610404(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCCCACCTAAATCCT
SmilChr02G003671 Chr02 NC_080388.1:58099051-58099065promoter 内 3062-3076 bp + 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 58099990-58102023(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGGTCAAG
SmilChr01G001074 Chr01 NC_080387.1:22160675-22160689promoter 内 2969-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 22157957-22159657(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTGTATTAGGTGACC
SmilChr03G003173 Chr03 NC_080389.1:49117955-49117969promoter 内 2786-2800 bp + 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 49111047-49116754(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTGACCTAATTAAT
SmilChr03G000038 Chr03 NC_080389.1:457699-457713promoter 内 2683-2697 bp - 1304 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 459017-461513(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGCACCTAACCATT
SmilChr02G002056 Chr02 NC_080388.1:37007467-37007481promoter 内 2587-2601 bp - 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 37004239-37006067(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CATAGTTAGGTGCCA
SmilChr03G003250 Chr03 NC_080389.1:50384926-50384940promoter 内 2397-2411 bp + 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 50386530-50391791(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAGAGTTAGGTGATG
SmilChr01G001061 Chr01 NC_080387.1:21923017-21923031promoter 内 2270-2284 bp - 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 21924748-21926213(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCTTACCTAATACTC
SmilChr01G001286 Chr01 NC_080387.1:25631459-25631473promoter 内 1898-1912 bp - 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 25633562-25634590(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATCTACCTAATTATA
SmilChr03G003641 Chr03 NC_080389.1:55084500-55084514promoter 内 1801-1815 bp + 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 55086700-55088321(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAATTAGGTCAAC
SmilChr03G000578 Chr03 NC_080389.1:6415521-6415535promoter 内 1607-1621 bp - 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 6412203-6413141(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTTATTAGGTGGAA
SmilChr02G003741 Chr02 NC_080388.1:59062035-59062049promoter 内 1595-1609 bp - 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 59064441-59066787(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTAACAAAA
SmilChr02G003982 Chr02 NC_080388.1:62066005-62066019promoter 内 1247-1261 bp + 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 62068759-62071888(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGAGTTAGGTGTAA
SmilChr01G005886 Chr01 NC_080387.1:74771254-74771268promoter 内 1238-1252 bp + 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 74774017-74848538(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGAATTAGGTAGTC
SmilChr02G000876 Chr02 NC_080388.1:15084155-15084169promoter 内 1210-1224 bp + 2777 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15080626-15081378(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCCACCTAAATATG
SmilChr03G001642 Chr03 NC_080389.1:21232345-21232359promoter 内 1196-1210 bp - 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 21235150-21239301(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTCACCTACTAATG
SmilChr03G003400 Chr03 NC_080389.1:52382534-52382548promoter 内 1158-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 52378405-52379705(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TATGAGTAGGTGAAG
SmilChr01G005439 Chr01 NC_080387.1:71511946-71511960promoter 内 1135-1149 bp - 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 71514812-71518585(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACATTGA
SmilChr02G001451 Chr02 NC_080388.1:27183752-27183766promoter 内 1128-1142 bp + 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 27186625-27188045(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAAAATTAGTTAAAC
SmilChr03G002191 Chr03 NC_080389.1:34395956-34395970promoter 内 1079-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 34398878-34408496(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGTATTAGGTAAGG
SmilChr02G001610 Chr02 NC_080388.1:29966506-29966520promoter 内 1072-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 29969435-29972595(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACGAATTAGGTCAGA
SmilChr01G004591 Chr01 NC_080387.1:63921047-63921061promoter 内 1048-1062 bp - 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 63914506-63918108(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATATTTAGGTGAAG
SmilChr01G001075 Chr01 NC_080387.1:22160675-22160689promoter 内 732-746 bp - 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 22163944-22168094(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGTCACCTAATACAG
SmilChr02G004157 Chr02 NC_080388.1:63896331-63896345promoter 内 730-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 63888779-63893074(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTACACCTAACATGA
SmilChr01G005121 Chr01 NC_080387.1:69014167-69014181promoter 内 550-564 bp + 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 69017618-69022027(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGAAATTAGGTTAAC
SmilChr03G000146 Chr03 NC_080389.1:1611289-1611303promoter 内 479-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 1602765-1607781(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCCCACCTAAATCCT
SmilChr01G005842 Chr01 NC_080387.1:74419173-74419187promoter 内 384-398 bp - 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 74411756-74415570(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGGTGTTTGGTGAAA
SmilChr01G004077 Chr01 NC_080387.1:59201106-59201120promoter 内 373-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 59204734-59207177(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTCACCTACCCCAT
SmilChr03G002313 Chr03 NC_080389.1:36389851-36389865promoter 内 324-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 36383127-36386188(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATAATTAGGTGGTA
SmilChr02G002030 Chr02 NC_080388.1:36533860-36533874promoter 内 256-270 bp + 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 36528752-36530129(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCCGACCTAATTTAA
SmilChr02G003152 Chr02 NC_080388.1:52549407-52549421promoter 内 247-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 52553161-52553772(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAATTTAGGTGGAT
SmilChr02G000036 Chr02 NC_080388.1:439178-439192promoter 内 213-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 430101-435404(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CATAGTTAGGTGCCA
SmilChr03G000813 Chr03 NC_080389.1:9301860-9301874promoter 内 151-165 bp - 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 9305710-9308869(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGCACCTAATTTAA
SmilChr03G000883 Chr03 NC_080389.1:10027691-10027705promoter 内 58-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 10022162-10023762(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGCACCTAATTAAT
SmilChr02G003210 Chr02 NC_080388.1:53280531-53280545promoter 内 3875-3889 bp + 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 6 53280657-53285286(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTGAGTAGGTGAGC
SmilChr02G005528 Chr02 NC_080388.1:75344337-75344351promoter 内 1322-1336 bp + 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 5 75347016-75350583(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAAGATTAGGTAACC
SmilChr02G005336 Chr02 NC_080388.1:74215679-74215693promoter 内 3878-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 74204023-74215570(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATCACCTACCTCTC
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SmilChr02G001764 Chr02 NC_080388.1:32372403-32372417promoter 内 698-712 bp + 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 32375706-32377534(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATTGGTAGGTGACT
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SmilChr03G002768 Chr03 NC_080389.1:44037036-44037050promoter 内 3933-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 44035273-44036982(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATCCACCTAACAAAT