转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 39 / 138 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002460 Chr05 NC_080391.1:27123431-27123445promoter 内 2566-2580 bp - 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 27124866-27127639(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAACGAAAC
SmilChr01G000916 Chr01 NC_080387.1:19381826-19381840promoter 内 3920-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 19372169-19381759(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATTT
SmilChr02G003855 Chr02 NC_080388.1:60314594-60314608promoter 内 3869-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 60305438-60314476(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGCTACTGACCGTTG
SmilChr06G001456 Chr06 NC_080392.1:15405448-15405462promoter 内 3515-3529 bp + 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 15402060-15404976(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGATTAAA
SmilChr01G002695 Chr01 NC_080387.1:45210924-45210938promoter 内 3213-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 45211712-45216382(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTGATTAA
SmilChr05G004182 Chr05 NC_080391.1:55727077-55727091promoter 内 2982-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 55728096-55730345(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGGAATGG
SmilChr01G002237 Chr01 NC_080387.1:38915935-38915949promoter 内 2903-2917 bp - 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 38917033-38919220(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAATTTGTG
SmilChr01G004449 Chr01 NC_080387.1:62599431-62599445promoter 内 2865-2879 bp - 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 62597685-62598309(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TACAATTAACCGTTG
SmilChr02G003570 Chr02 NC_080388.1:56865521-56865535promoter 内 2807-2821 bp + 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 56866715-56870048(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACTACAACCGTTG
SmilChr04G001824 Chr04 NC_080390.1:29750344-29750358promoter 内 2749-2763 bp + 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 29751596-29755212(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACTACAACCGTTG
SmilChr02G001090 Chr02 NC_080388.1:19612816-19612830promoter 内 2427-2441 bp + 1560 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 19610036-19611256(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTTTTGG
SmilChr02G001710 Chr02 NC_080388.1:31499419-31499433promoter 内 2308-2322 bp + 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 31501112-31504383(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATATTTGACCGTTT
SmilChr03G000819 Chr03 NC_080389.1:9391468-9391482promoter 内 2188-2202 bp - 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 9386835-9389669(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACTACAACCGTTG
SmilChr08G001764 Chr08 NC_080394.1:14855624-14855638promoter 内 2016-2030 bp - 1971 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 14852364-14853653(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTTTTTACCGTTG
SmilChr04G001088 Chr04 NC_080390.1:15609127-15609141promoter 内 475-489 bp + 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 15601917-15605615(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAACGAAAC
SmilChr06G001457 Chr06 NC_080392.1:15405448-15405462promoter 内 466-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 15408983-15413680(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTAATCGACCGTTG
SmilChr01G005932 Chr01 NC_080387.1:75085421-75085435promoter 内 225-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 75089197-75093357(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGAATAGTACCGTTG
SmilChr01G000334 Chr01 NC_080387.1:6827167-6827181promoter 内 3886-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 6827282-6830085(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTAAGCGACCGTTA
SmilChr03G002506 Chr03 NC_080389.1:39909242-39909256promoter 内 3744-3758 bp - 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 39907835-39908999(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CACAAATTACCGTTG
SmilChr01G002094 Chr01 NC_080387.1:36950723-36950737promoter 内 3603-3617 bp + 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 36951121-36953344(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTTTGGAACCGTTG
SmilChr05G001670 Chr05 NC_080391.1:15844166-15844180promoter 内 3486-3500 bp - 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 15842794-15843665(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGCACATGACCGTTG
SmilChr01G005710 Chr01 NC_080387.1:73324671-73324685promoter 内 3293-3307 bp + 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 73325379-73329438(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCAAAGGTACCGTTG
SmilChr02G000047 Chr02 NC_080388.1:636813-636827promoter 内 3220-3234 bp - 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 637594-649458(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTACTTGCC
SmilChr08G000751 Chr08 NC_080394.1:5546327-5546341promoter 内 3220-3234 bp + 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 5542918-5545560(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCAACTCTG
SmilChr04G002192 Chr04 NC_080390.1:35458195-35458209promoter 内 3212-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 35458984-35459621(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAGAAAGAACCGTTG
SmilChr01G000584 Chr01 NC_080387.1:12602222-12602236promoter 内 3151-3165 bp + 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 12599471-12601386(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAGAAAAA
SmilChr02G004591 Chr02 NC_080388.1:68420206-68420220promoter 内 3141-3155 bp - 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 68405219-68419360(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATAACTGACCGTTT
SmilChr02G000402 Chr02 NC_080388.1:4977173-4977187promoter 内 3124-3138 bp - 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 4975079-4976310(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATAGGCAACCGTTG
SmilChr08G000752 Chr08 NC_080394.1:5546327-5546341promoter 内 3124-3138 bp + 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 5547204-5550878(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAGAGTTGACCGTTA
SmilChr08G000612 Chr08 NC_080394.1:4558006-4558020promoter 内 3120-3134 bp + 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 4555276-4557139(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTTAATG
SmilChr01G002980 Chr01 NC_080387.1:48740155-48740169promoter 内 3115-3129 bp - 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 48734833-48739283(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACGAACGGACCGTTG
SmilChr01G006187 Chr01 NC_080387.1:77415085-77415099promoter 内 3099-3113 bp - 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 77415987-77416394(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAATTTGTG
SmilChr01G003258 Chr01 NC_080387.1:51289928-51289942promoter 内 3076-3090 bp - 911 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 51287959-51289017(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAATCTCAACCGTTG
SmilChr08G001333 Chr08 NC_080394.1:10661055-10661069promoter 内 3057-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 10661999-10665861(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTAGATTC
SmilChr01G002701 Chr01 NC_080387.1:45296684-45296698promoter 内 3053-3067 bp - 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 45283580-45295750(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATTTTCTACCGTTG
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