转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 39 / 139 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003955 Chr02 NC_080388.1:61709934-61709945promoter 内 3925-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 61704822-61709869(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGGC
SmilChr02G003197 Chr02 NC_080388.1:53134676-53134687promoter 内 3924-3935 bp - 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53134753-53138329(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGACG
SmilChr04G003163 Chr04 NC_080390.1:48260145-48260156promoter 内 3924-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 48260222-48264857(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CAATGACGTGGC
SmilChr01G001649 Chr01 NC_080387.1:30551452-30551463promoter 内 3837-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 30549545-30551299(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACTT
SmilChr01G002367 Chr01 NC_080387.1:40843429-40843440promoter 内 3835-3846 bp - 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 40843595-40850842(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCATGT
SmilChr04G001209 Chr04 NC_080390.1:18726844-18726855promoter 内 3805-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 18725288-18726659(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTTTGACGTGGC
SmilChr04G001847 Chr04 NC_080390.1:30134738-30134749promoter 内 3761-3772 bp - 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 30134126-30134509(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATGTGACGTGGC
SmilChr01G002513 Chr01 NC_080387.1:43054080-43054091promoter 内 3709-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 43054372-43064125(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACAT
SmilChr03G002300 Chr03 NC_080389.1:36218120-36218131promoter 内 3651-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 36218470-36218878(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATGTGACGTGGC
SmilChr01G005437 Chr01 NC_080387.1:71503944-71503955promoter 内 3626-3637 bp + 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71504319-71509382(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTTTGACGTGGC
SmilChr04G004175 Chr04 NC_080390.1:56363156-56363167promoter 内 3609-3620 bp - 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56360741-56362775(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGAAGACGTGGC
SmilChr03G001503 Chr03 NC_080389.1:18387729-18387740promoter 内 3577-3588 bp - 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 18383325-18387316(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGGC
SmilChr03G002133 Chr03 NC_080389.1:33217637-33217648promoter 内 3568-3579 bp - 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 33216882-33217215(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGGC
SmilChr02G004737 Chr02 NC_080388.1:69585218-69585229promoter 内 3563-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 69585656-69585774(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGAAGACGTGGC
SmilChr02G004890 Chr02 NC_080388.1:70957683-70957694promoter 内 3292-3303 bp - 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 70954559-70956985(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTTTGACGTGGC
SmilChr01G001581 Chr01 NC_080387.1:29824719-29824730promoter 内 3289-3300 bp + 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 29825431-29831603(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGGC
SmilChr02G000420 Chr02 NC_080388.1:5324289-5324300promoter 内 3281-3292 bp + 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5325009-5328111(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGAAGACGTGGC
SmilChr04G001206 Chr04 NC_080390.1:18659728-18659739promoter 内 3196-3207 bp - 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 18660533-18661421(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACAT
SmilChr01G002684 Chr01 NC_080387.1:45057699-45057710promoter 内 3178-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 45045665-45056887(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGACG
SmilChr01G002679 Chr01 NC_080387.1:44997090-44997101promoter 内 3175-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 44995205-44996275(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGACG
SmilChr03G003285 Chr03 NC_080389.1:50901594-50901605promoter 内 3155-3166 bp + 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 50899609-50900759(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAATC
SmilChr03G001071 Chr03 NC_080389.1:12422743-12422754promoter 内 3112-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 12423632-12425057(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGAAGACGTGGC
SmilChr01G006021 Chr01 NC_080387.1:75793117-75793128promoter 内 2976-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75794142-75800189(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CAATGACGTGGC
SmilChr02G002178 Chr02 NC_080388.1:39007573-39007584promoter 内 2860-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 39003123-39006443(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACTT
SmilChr02G003459 Chr02 NC_080388.1:55892497-55892508promoter 内 2860-2871 bp - 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 55893638-55894763(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAATG
SmilChr02G004034 Chr02 NC_080388.1:62634329-62634340promoter 内 2845-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 62630314-62633184(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCACGA
SmilChr01G004972 Chr01 NC_080387.1:67819588-67819599promoter 内 2829-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 67816486-67818427(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCACAA
SmilChr02G001157 Chr02 NC_080388.1:21111146-21111157promoter 内 2775-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 21112372-21115555(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCATAG
SmilChr04G000468 Chr04 NC_080390.1:5004264-5004275promoter 内 2733-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5005532-5006849(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACATGACGTGGC
SmilChr03G002640 Chr03 NC_080389.1:41973260-41973271promoter 内 2650-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41969327-41971920(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCATGT
SmilChr04G001470 Chr04 NC_080390.1:24138783-24138794promoter 内 2470-2481 bp + 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 24140314-24145373(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATGTGACGTGGC
SmilChr02G004911 Chr02 NC_080388.1:71118321-71118332promoter 内 2422-2433 bp + 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71115284-71116753(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACAT
SmilChr02G001156 Chr02 NC_080388.1:21111146-21111157promoter 内 2338-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 21105216-21109494(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTATGACGTGGC
SmilChr03G003006 Chr03 NC_080389.1:46894345-46894356promoter 内 2322-2333 bp + 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 46896024-46896674(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GATTGACGTGGC
SmilChr03G001889 Chr03 NC_080389.1:26350856-26350867promoter 内 2267-2278 bp + 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 26352590-26353492(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GATTGACGTGGC
SmilChr01G004527 Chr01 NC_080387.1:63462624-63462635promoter 内 2259-2270 bp - 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 63464366-63467673(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCATAC
SmilChr03G000282 Chr03 NC_080389.1:3238867-3238878promoter 内 2160-2171 bp - 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3207949-3237037(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGAAGACGTGGC
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