转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 39 / 149 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002687 Chr05 NC_080391.1:30511852-30511859promoter 内 2927-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 30509403-30510785(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G004196 Chr01 NC_080387.1:60416415-60416422promoter 内 2913-2920 bp - 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 60417503-60433614(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G001264 Chr05 NC_080391.1:10773312-10773319promoter 内 2907-2914 bp + 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 10774406-10778654(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr06G001869 Chr06 NC_080392.1:22096439-22096446promoter 内 2906-2913 bp + 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 22097534-22098529(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G002761 Chr07 NC_080393.1:27457686-27457693promoter 内 2899-2906 bp + 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 27455068-27456591(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G005084 Chr02 NC_080388.1:72465940-72465947promoter 内 2890-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 72467051-72468400(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G000186 Chr01 NC_080387.1:3184080-3184087promoter 内 2873-2880 bp - 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 3181788-3182959(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr03G002505 Chr03 NC_080389.1:39903782-39903789promoter 内 2872-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 39900186-39902660(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G000633 Chr01 NC_080387.1:14217596-14217603promoter 内 2867-2874 bp + 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 14213891-14216469(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G004311 Chr01 NC_080387.1:61292679-61292686promoter 内 2861-2868 bp + 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 61289693-61291546(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G000386 Chr02 NC_080388.1:4807309-4807316promoter 内 2860-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 4804307-4806175(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G000283 Chr05 NC_080391.1:2193434-2193441promoter 内 2858-2865 bp - 1136 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 2188993-2192298(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G004904 Chr01 NC_080387.1:67104202-67104209promoter 内 2855-2862 bp + 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 67101257-67103063(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G002572 Chr02 NC_080388.1:44727985-44727992promoter 内 2851-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 44729135-44729890(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G000832 Chr03 NC_080389.1:9556740-9556747promoter 内 2850-2857 bp + 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 9548359-9555596(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G000104 Chr08 NC_080394.1:636785-636792promoter 内 2825-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 637961-640411(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G003060 Chr02 NC_080388.1:51411437-51411444promoter 内 2820-2827 bp - 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 51388125-51410263(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr05G003797 Chr05 NC_080391.1:51294437-51294444promoter 内 2818-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 51295620-51298508(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G003946 Chr01 NC_080387.1:57818498-57818505promoter 内 2807-2814 bp + 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 57815244-57817311(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G002459 Chr01 NC_080387.1:42229457-42229464promoter 内 2799-2806 bp - 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 42230659-42233117(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G002898 Chr07 NC_080393.1:29378886-29378893promoter 内 2797-2804 bp - 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 29380090-29381457(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G000421 Chr05 NC_080391.1:3191271-3191278promoter 内 2785-2792 bp + 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 3189057-3190062(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G002430 Chr06 NC_080392.1:35071547-35071554promoter 内 2778-2785 bp - 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 35068295-35070331(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G004180 Chr01 NC_080387.1:60253945-60253952promoter 内 2777-2784 bp + 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 60242014-60252728(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G002529 Chr06 NC_080392.1:36296987-36296994promoter 内 2776-2783 bp + 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 36298212-36299611(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G004006 Chr07 NC_080393.1:51116322-51116329promoter 内 2776-2783 bp + 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 51114430-51115104(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G003586 Chr07 NC_080393.1:41890889-41890896promoter 内 2772-2779 bp + 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 41879818-41889667(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G003603 Chr02 NC_080388.1:57278222-57278229promoter 内 2768-2775 bp - 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 57275427-57276996(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G002293 Chr04 NC_080390.1:37215727-37215734promoter 内 2768-2775 bp + 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 37213446-37214501(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G005553 Chr01 NC_080387.1:72364310-72364317promoter 内 2765-2772 bp + 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 72359681-72363081(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G003016 Chr01 NC_080387.1:49187057-49187064promoter 内 2763-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 49188295-49190988(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G003696 Chr01 NC_080387.1:55332752-55332759promoter 内 2762-2769 bp - 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 55333991-55336720(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G002039 Chr03 NC_080389.1:30778183-30778190promoter 内 2755-2762 bp - 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 30779429-30780497(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G001926 Chr05 NC_080391.1:19527635-19527642promoter 内 2755-2762 bp - 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 19528881-19537029(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G001723 Chr08 NC_080394.1:14484843-14484850promoter 内 2744-2751 bp - 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 14477633-14483593(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G001998 Chr01 NC_080387.1:35477712-35477719promoter 内 2743-2750 bp + 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 35470632-35476461(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
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