转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 4 / 148 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003644 Chr07 NC_080393.1:43192352-43192365promoter 内 1356-1369 bp - 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 43185987-43189720(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCGCGCCACGTGG
SmilChr05G002465 Chr05 NC_080391.1:27165996-27166009promoter 内 1177-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 27168820-27171929(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr01G000806 Chr01 NC_080387.1:17437746-17437759promoter 内 1011-1024 bp - 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 17431542-17434769(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCGCGCCACGTGG
SmilChr03G001590 Chr03 NC_080389.1:20161419-20161432promoter 内 819-832 bp + 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 20164601-20166011(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCGCGCCACGTGG
SmilChr01G001730 Chr01 NC_080387.1:31852635-31852648promoter 内 710-723 bp - 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 31855926-31860250(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr01G000443 Chr01 NC_080387.1:9003296-9003309promoter 内 703-716 bp + 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 8995181-9000011(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr03G001342 Chr03 NC_080389.1:15680585-15680598promoter 内 641-654 bp + 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 15674776-15677238(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr05G003707 Chr05 NC_080391.1:50153071-50153084promoter 内 615-628 bp + 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 50141306-50149698(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr04G001111 Chr04 NC_080390.1:15948597-15948610promoter 内 610-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 15944272-15945219(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCTGCT
SmilChr02G000661 Chr02 NC_080388.1:10132106-10132119promoter 内 269-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 10115954-10128387(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCGCGCCACGTGG
SmilChr02G001411 Chr02 NC_080388.1:26745376-26745389promoter 内 222-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 26749155-26752912(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCGCA
SmilChr02G004133 Chr02 NC_080388.1:63596498-63596511promoter 内 3255-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 63594719-63595765(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCCTGCT
SmilChr06G001305 Chr06 NC_080392.1:13572612-13572625promoter 内 1217-1230 bp + 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 13568963-13569841(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAGGCGCC
SmilChr05G003342 Chr05 NC_080391.1:43957069-43957082promoter 内 795-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 43951847-43953876(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGAAGGTCACGTGG
SmilChr01G000055 Chr01 NC_080387.1:860481-860494promoter 内 3040-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 861442-864013(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGGAGGACACGTGG
SmilChr03G002474 Chr03 NC_080389.1:39201094-39201107promoter 内 3780-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 39195515-39200886(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCCTCA
SmilChr08G000669 Chr08 NC_080394.1:4964296-4964309promoter 内 3462-3475 bp - 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 4960000-4963770(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGATGCCACGTGG
SmilChr01G003778 Chr01 NC_080387.1:56178250-56178263promoter 内 3851-3864 bp - 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 56177508-56178113(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTGAGGACACGTGG
SmilChr02G000028 Chr02 NC_080388.1:301456-301469promoter 内 3111-3124 bp + 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 297956-300579(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACCCACC
SmilChr02G000781 Chr02 NC_080388.1:12838039-12838052promoter 内 2878-2891 bp - 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 12835022-12836929(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACGGGACACGTGG
SmilChr07G000950 Chr07 NC_080393.1:6807930-6807943promoter 内 2300-2313 bp + 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 6809631-6814777(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCGGCACACGTGG
SmilChr02G000782 Chr02 NC_080388.1:12838039-12838052promoter 内 2104-2117 bp - 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 12839936-12842759(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCCGTC
SmilChr01G001282 Chr01 NC_080387.1:25604336-25604349promoter 内 2094-2107 bp - 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 25600152-25602442(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGCCGTCACGTGG
SmilChr03G001437 Chr03 NC_080389.1:17057572-17057585promoter 内 990-1003 bp + 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 17050990-17054574(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCTCCG
SmilChr06G000385 Chr06 NC_080392.1:3045861-3045874promoter 内 603-616 bp + 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 3049259-3054046(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCGGCACACGTGG
SmilChr06G001076 Chr06 NC_080392.1:10661681-10661694promoter 内 3395-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 5 10659329-10661088(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACCCCAT
SmilChr01G002634 Chr01 NC_080387.1:44627497-44627510promoter 内 2985-2998 bp - 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 5 44621596-44626494(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCAAGCCACGTGG
SmilChr02G002668 Chr02 NC_080388.1:46183849-46183862promoter 内 925-938 bp - 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 5 46186925-46187875(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCC
SmilChr01G002480 Chr01 NC_080387.1:42536292-42536305promoter 内 3028-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 42534282-42535332(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCC
SmilChr07G004281 Chr07 NC_080393.1:55350275-55350288promoter 内 2815-2828 bp + 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 55345649-55349102(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGTGCT
SmilChr02G003099 Chr02 NC_080388.1:51887948-51887961promoter 内 2710-2723 bp - 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 51889239-51889311(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCC
SmilChr06G001488 Chr06 NC_080392.1:15884811-15884824promoter 内 2189-2202 bp - 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 15878155-15883012(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCAAGCCACGTGG
SmilChr05G002048 Chr05 NC_080391.1:21302270-21302283promoter 内 291-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 21294971-21298573(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCAAGCCACGTGG
SmilChr03G002714 Chr03 NC_080389.1:43100059-43100072promoter 内 3692-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 43097783-43099763(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCC
SmilChr03G002729 Chr03 NC_080389.1:43353754-43353767promoter 内 3013-3026 bp + 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 43351839-43352779(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCC
SmilChr07G002349 Chr07 NC_080393.1:21815701-21815714promoter 内 2949-2962 bp - 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 21813473-21814662(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCAAGCCACGTGG
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SmilChr07G001601 Chr07 NC_080393.1:13365988-13366001promoter 内 765-778 bp + 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 13369224-13370279(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGCGTGACACGTGG
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SmilChr07G001289 Chr07 NC_080393.1:9920165-9920178promoter 内 34-47 bp - 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 9924132-9926203(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCC
SmilChr02G004853 Chr02 NC_080388.1:70681303-70681316promoter 内 3778-3791 bp - 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 70681526-70683890(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCC
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SmilChr07G003311 Chr07 NC_080393.1:35146036-35146049promoter 内 3592-3605 bp - 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 35146445-35153528(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCC