转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 4 / 138 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003439 Chr03 NC_080389.1:52785784-52785796promoter 内 3726-3738 bp + 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 52782533-52785521(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAAAGTCAACGCC
SmilChr03G003956 Chr03 NC_080389.1:58605376-58605388promoter 内 3362-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 58598636-58604749(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACCCTT
SmilChr03G001047 Chr03 NC_080389.1:12196301-12196313promoter 内 3312-3324 bp + 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 12196990-12199512(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGTTGACTTGG
SmilChr03G002999 Chr03 NC_080389.1:46812370-46812382promoter 内 3306-3318 bp + 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 46806557-46811687(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACGTC
SmilChr03G001925 Chr03 NC_080389.1:27014559-27014571promoter 内 2998-3010 bp - 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 27006361-27013568(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCGTTGACCTCG
SmilChr01G002187 Chr01 NC_080387.1:37992789-37992801promoter 内 2682-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 37994108-37997497(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCGGTCAACGGC
SmilChr03G003957 Chr03 NC_080389.1:58605376-58605388promoter 内 2527-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 58606850-58609894(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGGTCAACGGC
SmilChr01G002879 Chr01 NC_080387.1:47397898-47397910promoter 内 2287-2299 bp + 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 47394962-47396196(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACGTC
SmilChr02G002076 Chr02 NC_080388.1:37353175-37353187promoter 内 1939-1951 bp + 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 37348170-37351125(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGTGGTCAACGGC
SmilChr02G002705 Chr02 NC_080388.1:46907576-46907588promoter 内 1906-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 46898764-46905493(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACGTC
SmilChr01G000707 Chr01 NC_080387.1:15844907-15844919promoter 内 1621-1633 bp + 2368 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 15847287-15848716(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACTGTC
SmilChr01G000873 Chr01 NC_080387.1:18608311-18608323promoter 内 1418-1430 bp + 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 18604931-18605740(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACGTC
SmilChr01G000870 Chr01 NC_080387.1:18571964-18571976promoter 内 1356-1368 bp + 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 18567168-18569331(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACGTC
SmilChr01G002346 Chr01 NC_080387.1:40602015-40602027promoter 内 1051-1063 bp + 2938 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 40593257-40599077(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATGGTCAACGAT
SmilChr01G004383 Chr01 NC_080387.1:62007288-62007300promoter 内 661-673 bp + 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 62010628-62013104(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGTTGACTTGT
SmilChr01G004936 Chr01 NC_080387.1:67464304-67464316promoter 内 555-567 bp - 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 67459992-67460870(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACCGAC
SmilChr01G001805 Chr01 NC_080387.1:32973272-32973284promoter 内 218-230 bp + 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 32977055-32979274(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACTTTC
SmilChr01G001106 Chr01 NC_080387.1:22651625-22651637promoter 内 2423-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 22647103-22650059(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGGTCAACGGC
SmilChr02G000642 Chr02 NC_080388.1:9707432-9707444promoter 内 853-865 bp + 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 9710580-9716954(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGTTGACTTTT
SmilChr02G001749 Chr02 NC_080388.1:32106557-32106569promoter 内 1474-1486 bp + 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 32109084-32110010(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGTTGACTTTT
SmilChr03G003172 Chr03 NC_080389.1:49097464-49097476promoter 内 1100-1112 bp - 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 49092602-49094575(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCGTTGACTTTG
SmilChr01G001220 Chr01 NC_080387.1:24473682-24473694promoter 内 24-36 bp - 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 24477659-24478409(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACGCA
SmilChr03G002204 Chr03 NC_080389.1:34689043-34689055promoter 内 3938-3950 bp - 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 34689106-34692549(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTGGTCAACGCA
SmilChr03G002148 Chr03 NC_080389.1:33417332-33417344promoter 内 3880-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 33417453-33418998(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCGTTGACTGTG
SmilChr01G004809 Chr01 NC_080387.1:66295143-66295155promoter 内 3804-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 66295340-66297444(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAAGTCAACGGA
SmilChr03G002203 Chr03 NC_080389.1:34689043-34689055promoter 内 3254-3266 bp - 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 34685805-34688308(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCGTTGACCAAG
SmilChr01G002841 Chr01 NC_080387.1:46982527-46982539promoter 内 2945-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 46983583-46984509(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACGCA
SmilChr01G003638 Chr01 NC_080387.1:54870881-54870893promoter 内 2933-2945 bp - 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 54871949-54872876(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACGCA
SmilChr03G004348 Chr03 NC_080389.1:61751781-61751793promoter 内 2933-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 61749799-61750725(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACGCA
SmilChr03G002808 Chr03 NC_080389.1:44538007-44538019promoter 内 2793-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 44529863-44536811(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCGTTGACCATA
SmilChr02G004818 Chr02 NC_080388.1:70315572-70315584promoter 内 2119-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 70312072-70313702(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACGGTCAACGAT
SmilChr02G003899 Chr02 NC_080388.1:61074790-61074802promoter 内 1825-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 61076966-61079679(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCGTTGACTTTG
SmilChr01G005275 Chr01 NC_080387.1:70180281-70180293promoter 内 1405-1417 bp + 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 70176878-70177697(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGGTCAACGGC
SmilChr02G005033 Chr02 NC_080388.1:72048840-72048852promoter 内 1113-1125 bp - 2876 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 72043132-72045964(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACTTGG
SmilChr02G004820 Chr02 NC_080388.1:70315572-70315584promoter 内 892-904 bp + 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 70318681-70323365(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCGTTGACCGTG
SmilChr03G002169 Chr03 NC_080389.1:33739881-33739893promoter 内 3911-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 33738165-33739803(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACGCA
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