转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 4 / 149 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000171 Chr01 NC_080387.1:2818440-2818450promoter 内 845-855 bp + 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 2814620-2815294(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCGGC
SmilChr02G001159 Chr02 NC_080388.1:21149426-21149436promoter 内 830-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 21152597-21153340(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCGGC
SmilChr02G001158 Chr02 NC_080388.1:21149426-21149436promoter 内 797-807 bp - 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 21145507-21146232(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCGGCTGTCA
SmilChr01G005265 Chr01 NC_080387.1:70111195-70111205promoter 内 750-760 bp + 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 70114446-70115342(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCGGCTGTCA
SmilChr06G001216 Chr06 NC_080392.1:12507697-12507707promoter 内 691-701 bp + 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 12511007-12517088(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCGGCTGTCA
SmilChr06G002671 Chr06 NC_080392.1:38622976-38622986promoter 内 579-589 bp - 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 38614350-38619564(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCGGCTGTCA
SmilChr05G000497 Chr05 NC_080391.1:3894682-3894692promoter 内 37-47 bp - 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 3888529-3890728(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCGGCTGTCA
SmilChr05G003885 Chr05 NC_080391.1:52597554-52597564promoter 内 595-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 52600960-52603911(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGCCAGCTGGC
SmilChr05G001987 Chr05 NC_080391.1:20564896-20564906promoter 内 3033-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 20560208-20563938(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCGGCTGTCA
SmilChr01G002855 Chr01 NC_080387.1:47133741-47133751promoter 内 2984-2994 bp + 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 47129976-47132734(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCGGG
SmilChr01G002856 Chr01 NC_080387.1:47133741-47133751promoter 内 2685-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 47135057-47139130(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCGGCTGTCA
SmilChr01G003035 Chr01 NC_080387.1:49368143-49368153promoter 内 534-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 49371610-49374044(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCGGCTGTCA
SmilChr02G000045 Chr02 NC_080388.1:614194-614204promoter 内 3852-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 611725-614055(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr07G001023 Chr07 NC_080393.1:7438527-7438537promoter 内 3801-3811 bp - 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 7436791-7438337(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGTCA
SmilChr03G003723 Chr03 NC_080389.1:56251614-56251624promoter 内 3272-3282 bp + 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 56248694-56250895(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr03G000717 Chr03 NC_080389.1:7958298-7958308promoter 内 2761-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 7959538-7962296(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGTCA
SmilChr03G004246 Chr03 NC_080389.1:60964965-60964975promoter 内 2578-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 60963097-60963552(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr04G001785 Chr04 NC_080390.1:29276115-29276125promoter 内 1310-1320 bp + 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 29264863-29273434(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr02G002526 Chr02 NC_080388.1:43950443-43950453promoter 内 639-649 bp + 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 43953805-43955960(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGTCA
SmilChr02G004101 Chr02 NC_080388.1:63332359-63332369promoter 内 561-571 bp + 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 63335799-63337026(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGTCA
SmilChr03G000716 Chr03 NC_080389.1:7958298-7958308promoter 内 309-319 bp + 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 7953867-7954616(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr02G002996 Chr02 NC_080388.1:50653184-50653194promoter 内 29-39 bp - 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 50648417-50649222(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGTCA
SmilChr03G004277 Chr03 NC_080389.1:61215349-61215359promoter 内 3906-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 61215444-61220864(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGGCG
SmilChr04G002256 Chr04 NC_080390.1:36521918-36521928promoter 内 3486-3496 bp + 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 36522433-36523368(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGTCA
SmilChr01G003187 Chr01 NC_080387.1:50621509-50621519promoter 内 3208-3218 bp + 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 50614422-50620726(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr02G005497 Chr02 NC_080388.1:75124815-75124825promoter 内 2543-2553 bp + 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 75126273-75130033(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGTCA
SmilChr05G002933 Chr05 NC_080391.1:35367673-35367683promoter 内 2537-2547 bp - 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 35369137-35371646(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr05G000482 Chr05 NC_080391.1:3776731-3776741promoter 内 2279-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 3771787-3775019(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr06G000133 Chr06 NC_080392.1:938144-938154promoter 内 2010-2020 bp - 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 935045-936163(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGTCA
SmilChr05G003022 Chr05 NC_080391.1:37757817-37757827promoter 内 1693-1703 bp + 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 37760125-37763087(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGTCA
SmilChr05G002524 Chr05 NC_080391.1:28083097-28083107promoter 内 1563-1573 bp - 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 28085535-28090191(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGCCAGCTGGG
SmilChr04G003050 Chr04 NC_080390.1:47041388-47041398promoter 内 1028-1038 bp - 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 47044361-47046574(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr06G003186 Chr06 NC_080392.1:44773637-44773647promoter 内 977-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 44755592-44770623(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGCCAGCTGGG
SmilChr04G003164 Chr04 NC_080390.1:48269841-48269851promoter 内 901-911 bp + 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 48264670-48266751(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr02G004357 Chr02 NC_080388.1:65862918-65862928promoter 内 856-866 bp + 3135 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 65866063-65868588(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGGCG
SmilChr03G000684 Chr03 NC_080389.1:7631874-7631884promoter 内 643-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 7635232-7652488(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr05G000571 Chr05 NC_080391.1:4301567-4301577promoter 内 398-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 4297118-4297974(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr03G002289 Chr03 NC_080389.1:36080454-36080464promoter 内 229-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 36072782-36076692(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGCCAGCTGGG
SmilChr01G005134 Chr01 NC_080387.1:69145200-69145210promoter 内 97-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 69141234-69141306(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTGGA
SmilChr04G004140 Chr04 NC_080390.1:56178952-56178962promoter 内 2311-2321 bp + 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 56180642-56181443(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCGGCTGTCA
SmilChr06G001768 Chr06 NC_080392.1:20652210-20652220promoter 内 1779-1789 bp - 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 20645950-20649998(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCGGCTGTCA
SmilChr04G003282 Chr04 NC_080390.1:49495917-49495927promoter 内 3760-3770 bp - 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 49496158-49498946(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCGGT
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SmilChr01G001583 Chr01 NC_080387.1:29848280-29848290promoter 内 3302-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 29846602-29847591(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCGGCTGTCA
SmilChr03G003501 Chr03 NC_080389.1:53635295-53635305promoter 内 2525-2535 bp - 1466 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 53636771-53643349(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCGGT
SmilChr04G000532 Chr04 NC_080390.1:5885192-5885202promoter 内 2188-2198 bp + 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 5880920-5883389(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCGGT
SmilChr04G004138 Chr04 NC_080390.1:56178952-56178962promoter 内 2029-2039 bp + 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 56174932-56176990(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCGGT
SmilChr02G002852 Chr02 NC_080388.1:48684757-48684767promoter 内 1726-1736 bp + 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 48687032-48691166(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCGGCTGTCA
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SmilChr02G004456 Chr02 NC_080388.1:66973169-66973179promoter 内 1110-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 66976060-66978911(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCGGCTGTCA