靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021741-RA_Salv |
SmilChr01G004920 |
MYB_related | XP_057788125.1 |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 41 / 128 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G000900 |
Chr01 | NC_080387.1:19060148-19060156promoter 内 1142-1150 bp |
+ | 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 3 | 19063007-19063716(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr02G003807 |
Chr02 | NC_080388.1:59686776-59686784promoter 内 880-888 bp |
- | 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 3 | 59689897-59692100(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr01G004860 |
Chr01 | NC_080387.1:66747493-66747501promoter 内 710-718 bp |
+ | 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 3 | 66750784-66757976(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr01G001771 |
Chr01 | NC_080387.1:32623720-32623728promoter 内 582-590 bp |
- | 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 3 | 32627139-32630775(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr01G004858 |
Chr01 | NC_080387.1:66747493-66747501promoter 内 410-418 bp |
+ | 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 3 | 66740836-66743910(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr01G004649 |
Chr01 | NC_080387.1:64565740-64565748promoter 内 329-337 bp |
- | 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 3 | 64569412-64572379(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr01G000267 |
Chr01 | NC_080387.1:5139138-5139146promoter 内 150-158 bp |
- | 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 3 | 5142989-5143845(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr02G000095 |
Chr02 | NC_080388.1:1239826-1239834promoter 内 3989-3997 bp |
- | 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 1236911-1239822(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr02G000123 |
Chr02 | NC_080388.1:1689126-1689134promoter 内 3978-3986 bp |
+ | 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 1689149-1692030(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr01G004827 |
Chr01 | NC_080387.1:66429469-66429477promoter 内 3924-3932 bp |
- | 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 66429546-66432850(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr02G001414 |
Chr02 | NC_080388.1:26763915-26763923promoter 内 3912-3920 bp |
+ | 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 26763248-26763834(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr01G004422 |
Chr01 | NC_080387.1:62332686-62332694promoter 内 3755-3763 bp |
- | 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 62329403-62332448(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr01G001314 |
Chr01 | NC_080387.1:26135258-26135266promoter 内 3426-3434 bp |
- | 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 26133401-26134691(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr01G003150 |
Chr01 | NC_080387.1:50302619-50302627promoter 内 3338-3346 bp |
- | 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 50303282-50306067(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr01G000419 |
Chr01 | NC_080387.1:8456380-8456388promoter 内 3332-3340 bp |
+ | 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 8457049-8457720(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr01G002344 |
Chr01 | NC_080387.1:40591113-40591121promoter 内 2856-2864 bp |
- | 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 40586139-40589976(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr02G000134 |
Chr02 | NC_080388.1:1844437-1844445promoter 内 2832-2840 bp |
+ | 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 1840720-1843276(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr02G003570 |
Chr02 | NC_080388.1:56865409-56865417promoter 内 2695-2703 bp |
- | 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 56866715-56870048(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr01G006082 |
Chr01 | NC_080387.1:76277616-76277624promoter 内 2687-2695 bp |
+ | 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 76278930-76279670(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr02G001893 |
Chr02 | NC_080388.1:34234480-34234488promoter 内 2686-2694 bp |
- | 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 34235795-34239338(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr01G006136 |
Chr01 | NC_080387.1:76878924-76878932promoter 内 2679-2687 bp |
+ | 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 76873730-76877610(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr01G000012 |
Chr01 | NC_080387.1:275964-275972promoter 内 2628-2636 bp |
+ | 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 271082-274599(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr01G006088 |
Chr01 | NC_080387.1:76370842-76370850promoter 内 2610-2618 bp |
+ | 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 76372233-76373349(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr01G002886 |
Chr01 | NC_080387.1:47478224-47478232promoter 内 2512-2520 bp |
+ | 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 47479713-47482005(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr02G000637 |
Chr02 | NC_080388.1:9628036-9628044promoter 内 2475-2483 bp |
- | 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 9629562-9631322(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr02G000016 |
Chr02 | NC_080388.1:123034-123042promoter 内 2438-2446 bp |
- | 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 124597-127887(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr01G002559 |
Chr01 | NC_080387.1:43729853-43729861promoter 内 2427-2435 bp |
+ | 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 43731427-43738108(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr02G000135 |
Chr02 | NC_080388.1:1844437-1844445promoter 内 2366-2374 bp |
+ | 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 1846072-1849597(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr02G003051 |
Chr02 | NC_080388.1:51296550-51296558promoter 内 2277-2285 bp |
- | 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 51298274-51299990(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GGACCTAAA |
SmilChr01G004211 |
Chr01 | NC_080387.1:60547501-60547509promoter 内 2134-2142 bp |
- | 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 60544261-60545642(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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SmilChr01G003482 |
Chr01 | NC_080387.1:53371897-53371905promoter 内 2056-2064 bp |
+ | 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 53373842-53376928(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTCC |
SmilChr02G002636 |
Chr02 | NC_080388.1:45743835-45743843promoter 内 2028-2036 bp |
- | 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 45745808-45746275(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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Chr03 | NC_080389.1:521647-521655promoter 内 1896-1904 bp |
- | 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 517600-519550(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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Chr01 | NC_080387.1:27881139-27881147promoter 内 1891-1899 bp |
- | 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 27875044-27879037(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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Chr01 | NC_080387.1:59825093-59825101promoter 内 1865-1873 bp |
+ | 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 59822460-59822965(-) |
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+ | 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 776342-776414(-) |
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- | 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 2110440-2110512(+) |
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- | 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 58273167-58274122(-) |
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- | 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 62840830-62851514(-) |
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- | 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 61050395-61053342(-) |
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- | 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 70328542-70332854(-) |
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