转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 41 / 128 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000900 Chr01 NC_080387.1:19060148-19060156promoter 内 1142-1150 bp + 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 19063007-19063716(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr02G003807 Chr02 NC_080388.1:59686776-59686784promoter 内 880-888 bp - 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 59689897-59692100(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr01G004860 Chr01 NC_080387.1:66747493-66747501promoter 内 710-718 bp + 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 66750784-66757976(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr01G001771 Chr01 NC_080387.1:32623720-32623728promoter 内 582-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 32627139-32630775(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr01G004858 Chr01 NC_080387.1:66747493-66747501promoter 内 410-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 66740836-66743910(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr01G004649 Chr01 NC_080387.1:64565740-64565748promoter 内 329-337 bp - 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 64569412-64572379(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr01G000267 Chr01 NC_080387.1:5139138-5139146promoter 内 150-158 bp - 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 5142989-5143845(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr02G000095 Chr02 NC_080388.1:1239826-1239834promoter 内 3989-3997 bp - 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 1236911-1239822(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr02G000123 Chr02 NC_080388.1:1689126-1689134promoter 内 3978-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 1689149-1692030(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr01G004827 Chr01 NC_080387.1:66429469-66429477promoter 内 3924-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 66429546-66432850(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr02G001414 Chr02 NC_080388.1:26763915-26763923promoter 内 3912-3920 bp + 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 26763248-26763834(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr01G004422 Chr01 NC_080387.1:62332686-62332694promoter 内 3755-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 62329403-62332448(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr01G001314 Chr01 NC_080387.1:26135258-26135266promoter 内 3426-3434 bp - 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 26133401-26134691(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr01G003150 Chr01 NC_080387.1:50302619-50302627promoter 内 3338-3346 bp - 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 50303282-50306067(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr01G000419 Chr01 NC_080387.1:8456380-8456388promoter 内 3332-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 8457049-8457720(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr01G002344 Chr01 NC_080387.1:40591113-40591121promoter 内 2856-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 40586139-40589976(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr02G000134 Chr02 NC_080388.1:1844437-1844445promoter 内 2832-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 1840720-1843276(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr02G003570 Chr02 NC_080388.1:56865409-56865417promoter 内 2695-2703 bp - 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 56866715-56870048(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr01G006082 Chr01 NC_080387.1:76277616-76277624promoter 内 2687-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 76278930-76279670(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr02G001893 Chr02 NC_080388.1:34234480-34234488promoter 内 2686-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 34235795-34239338(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr01G006136 Chr01 NC_080387.1:76878924-76878932promoter 内 2679-2687 bp + 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 76873730-76877610(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr01G000012 Chr01 NC_080387.1:275964-275972promoter 内 2628-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 271082-274599(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr01G006088 Chr01 NC_080387.1:76370842-76370850promoter 内 2610-2618 bp + 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 76372233-76373349(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr01G002886 Chr01 NC_080387.1:47478224-47478232promoter 内 2512-2520 bp + 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 47479713-47482005(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr02G000637 Chr02 NC_080388.1:9628036-9628044promoter 内 2475-2483 bp - 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 9629562-9631322(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr02G000016 Chr02 NC_080388.1:123034-123042promoter 内 2438-2446 bp - 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 124597-127887(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr01G002559 Chr01 NC_080387.1:43729853-43729861promoter 内 2427-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 43731427-43738108(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr02G000135 Chr02 NC_080388.1:1844437-1844445promoter 内 2366-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 1846072-1849597(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr02G003051 Chr02 NC_080388.1:51296550-51296558promoter 内 2277-2285 bp - 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 51298274-51299990(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr01G004211 Chr01 NC_080387.1:60547501-60547509promoter 内 2134-2142 bp - 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 60544261-60545642(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr01G003482 Chr01 NC_080387.1:53371897-53371905promoter 内 2056-2064 bp + 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 53373842-53376928(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr02G002636 Chr02 NC_080388.1:45743835-45743843promoter 内 2028-2036 bp - 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 45745808-45746275(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr03G000052 Chr03 NC_080389.1:521647-521655promoter 内 1896-1904 bp - 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 517600-519550(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr01G001425 Chr01 NC_080387.1:27881139-27881147promoter 内 1891-1899 bp - 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 27875044-27879037(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTCC
SmilChr01G004131 Chr01 NC_080387.1:59825093-59825101promoter 内 1865-1873 bp + 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 59822460-59822965(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr02G000061 Chr02 NC_080388.1:778554-778562promoter 内 1853-1861 bp + 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 776342-776414(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
SmilChr02G000162 Chr02 NC_080388.1:2108280-2108288promoter 内 1841-1849 bp - 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 2110440-2110512(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GGACCTAAA
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