转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004274; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001114-RA_Salv SmilChr03G004274 MIKC_MADS XP_057799397.1 MP00080 CCAAAAAAGGAAAA

可能结合的靶基因

9850 个结合位点 6766 个候选靶基因 第 41 / 136 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004589 Chr03 NC_080389.1:63738606-63738619promoter 内 1314-1327 bp - 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 63731539-63735932(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCGAAAGAGGAAAA
SmilChr01G003231 Chr01 NC_080387.1:51078444-51078457promoter 内 1240-1253 bp + 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 51081205-51081873(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAATGGAAAT
SmilChr01G002351 Chr01 NC_080387.1:40652431-40652444promoter 内 1053-1066 bp + 2935 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 40644255-40649496(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TCTTCTTTTTTTGG
SmilChr02G005573 Chr02 NC_080388.1:75610896-75610909promoter 内 971-984 bp + 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 75605921-75607879(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCCATTTTTGG
SmilChr03G003075 Chr03 NC_080389.1:47783020-47783033promoter 内 915-928 bp - 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 47777344-47779947(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAGA
SmilChr01G002109 Chr01 NC_080387.1:37154676-37154689promoter 内 746-759 bp + 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 37148586-37151434(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TCTTCTTTTTTTGG
SmilChr01G001554 Chr01 NC_080387.1:29548346-29548359promoter 内 491-504 bp - 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 29539497-29544849(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAATGGAAAT
SmilChr01G002939 Chr01 NC_080387.1:48176578-48176591promoter 内 410-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 48165428-48173000(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAGA
SmilChr01G006003 Chr01 NC_080387.1:75604755-75604768promoter 内 3891-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 75601814-75604658(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr02G005029 Chr02 NC_080388.1:72024763-72024776promoter 内 3901-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 72024863-72028030(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACGAAAAAGGAAAA
SmilChr04G000982 Chr04 NC_080390.1:13238554-13238567promoter 内 3574-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 13231266-13238140(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr01G003892 Chr01 NC_080387.1:57224385-57224398promoter 内 3135-3148 bp + 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 57216925-57223532(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr04G000827 Chr04 NC_080390.1:10408743-10408756promoter 内 2835-2848 bp - 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 10406469-10407590(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr01G002697 Chr01 NC_080387.1:45231564-45231577promoter 内 1649-1662 bp + 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 45233916-45235474(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr02G005194 Chr02 NC_080388.1:73212516-73212529promoter 内 639-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 73208114-73209167(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAGAAAAGGAAAA
SmilChr01G005344 Chr01 NC_080387.1:70656526-70656539promoter 内 183-196 bp + 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 70660344-70661647(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr01G002957 Chr01 NC_080387.1:48445690-48445703promoter 内 3919-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 48445772-48449250(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr02G000763 Chr02 NC_080388.1:12433811-12433824promoter 内 3901-3914 bp - 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 12431552-12433724(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACGAAAAAGGAAAA
SmilChr03G002344 Chr03 NC_080389.1:36978682-36978695promoter 内 3626-3639 bp - 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 36977173-36978320(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAGAAAAGGAAAA
SmilChr03G003988 Chr03 NC_080389.1:58908699-58908712promoter 内 3279-3292 bp - 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 58906885-58907990(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr03G003197 Chr03 NC_080389.1:49491060-49491073promoter 内 3151-3164 bp + 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 49480888-49490223(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr04G000096 Chr04 NC_080390.1:870376-870389promoter 内 2441-2454 bp - 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 871936-875416(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr01G004722 Chr01 NC_080387.1:65421299-65421312promoter 内 2418-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 65418099-65419729(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr02G000446 Chr02 NC_080388.1:5843920-5843933promoter 内 2296-2309 bp + 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 5841578-5842228(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCTGT
SmilChr03G002730 Chr03 NC_080389.1:43364742-43364755promoter 内 1972-1985 bp + 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 43366771-43368724(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr02G000378 Chr02 NC_080388.1:4761891-4761904promoter 内 1934-1947 bp - 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 4763958-4767482(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCTGT
SmilChr03G003363 Chr03 NC_080389.1:51974624-51974637promoter 内 1159-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 51977466-51980894(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr03G004560 Chr03 NC_080389.1:63551516-63551529promoter 内 504-517 bp + 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 63555013-63557126(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCAGAAGAGGAAAA
SmilChr01G004191 Chr01 NC_080387.1:60373959-60373972promoter 内 499-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 60368766-60370470(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTCGT
SmilChr01G004368 Chr01 NC_080387.1:61868261-61868274promoter 内 184-197 bp - 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 61862672-61864457(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGCAAA
SmilChr01G004632 Chr01 NC_080387.1:64354383-64354396promoter 内 3982-3995 bp + 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 64354402-64355717(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAGAAAAGGAAAA
SmilChr02G003717 Chr02 NC_080388.1:58785785-58785798promoter 内 3905-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 58785881-58789816(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr02G004847 Chr02 NC_080388.1:70609780-70609793promoter 内 3869-3882 bp + 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70609912-70613661(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACGAAAAAGGAAAA
SmilChr01G005469 Chr01 NC_080387.1:71678364-71678377promoter 内 3701-3714 bp - 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 71674685-71678077(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr02G004862 Chr02 NC_080388.1:70751312-70751325promoter 内 3647-3660 bp + 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70749785-70750971(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTCGT
SmilChr02G003299 Chr02 NC_080388.1:54278836-54278849promoter 内 3566-3579 bp + 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 54252125-54278414(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr03G001916 Chr03 NC_080389.1:26837717-26837730promoter 内 3524-3537 bp - 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 26838194-26840759(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr04G001097 Chr04 NC_080390.1:15703699-15703712promoter 内 3506-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 15702344-15703217(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCTGT
SmilChr03G000586 Chr03 NC_080389.1:6523754-6523767promoter 内 3499-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 6524256-6527552(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr01G001686 Chr01 NC_080387.1:31090068-31090081promoter 内 3489-3502 bp + 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 31086192-31089569(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr01G002832 Chr01 NC_080387.1:46933028-46933041promoter 内 3446-3459 bp - 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 46933583-46934074(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr01G001162 Chr01 NC_080387.1:23614199-23614212promoter 内 3425-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 23614775-23616980(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr03G001996 Chr03 NC_080389.1:29576453-29576466promoter 内 3422-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 29548334-29575887(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr03G001705 Chr03 NC_080389.1:22633807-22633820promoter 内 3284-3297 bp - 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 22634524-22635551(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCTGT
SmilChr03G001935 Chr03 NC_080389.1:27409807-27409820promoter 内 3238-3251 bp + 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 27410570-27411523(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACGAAAAAGGAAAA
SmilChr03G002944 Chr03 NC_080389.1:46174918-46174931promoter 内 3131-3144 bp - 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 46168929-46174061(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACGAAAAAGGAAAA
SmilChr01G004192 Chr01 NC_080387.1:60373959-60373972promoter 内 3128-3141 bp + 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 60374832-60379044(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACGAAAAAGGAAAA
SmilChr04G000263 Chr04 NC_080390.1:2390070-2390083promoter 内 3076-3089 bp + 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 2390995-2396724(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCGAAAAAGGAAAG
SmilChr04G001407 Chr04 NC_080390.1:22895023-22895036promoter 内 3056-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 22892157-22894091(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCTGT
SmilChr03G002764 Chr03 NC_080389.1:43942026-43942039promoter 内 3031-3044 bp + 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 43942996-43944440(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCACAAAAGGAAAG