转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 44 / 147 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005390 Chr02 NC_080388.1:74523131-74523140promoter 内 572-581 bp + 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 74526560-74528656(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAGC
SmilChr04G000660 Chr04 NC_080390.1:7469363-7469372promoter 内 565-574 bp + 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 7464990-7465936(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAT
SmilChr03G003205 Chr03 NC_080389.1:49595370-49595379promoter 内 558-567 bp - 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 49589777-49591936(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGGCGACAAA
SmilChr03G000244 Chr03 NC_080389.1:2907824-2907833promoter 内 551-560 bp - 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 2901348-2904383(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAAC
SmilChr01G000146 Chr01 NC_080387.1:2491443-2491452promoter 内 509-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 2494935-2498868(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAA
SmilChr02G001233 Chr02 NC_080388.1:22637416-22637425promoter 内 500-509 bp - 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 22633016-22633924(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AGCCGACAAT
SmilChr03G000904 Chr03 NC_080389.1:10340193-10340202promoter 内 464-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 10343730-10354110(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACAAC
SmilChr02G002395 Chr02 NC_080388.1:41848190-41848199promoter 内 452-461 bp - 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 41851739-41855872(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CCTGTCGGAC
SmilChr03G001239 Chr03 NC_080389.1:14280784-14280793promoter 内 409-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 14284376-14286377(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGCT
SmilChr03G000806 Chr03 NC_080389.1:9230217-9230226promoter 内 408-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 9218835-9226633(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGGCGACAAA
SmilChr01G004821 Chr01 NC_080387.1:66392578-66392587promoter 内 397-406 bp - 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 66396182-66396252(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
SmilChr02G001674 Chr02 NC_080388.1:31001774-31001783promoter 内 363-372 bp - 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 30995524-30998145(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAG
SmilChr02G000392 Chr02 NC_080388.1:4867635-4867644promoter 内 345-354 bp - 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 4860053-4863988(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAAC
SmilChr01G000078 Chr01 NC_080387.1:1355113-1355122promoter 内 342-351 bp + 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 1349393-1351463(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGAA
SmilChr02G003623 Chr02 NC_080388.1:57527186-57527195promoter 内 244-253 bp - 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 57530943-57535126(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAG
SmilChr03G001904 Chr03 NC_080389.1:26603888-26603897promoter 内 236-245 bp + 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 26595830-26600132(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAT
SmilChr01G000488 Chr01 NC_080387.1:9955753-9955762promoter 内 230-239 bp - 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 9950355-9951991(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr03G003928 Chr03 NC_080389.1:58370058-58370067promoter 内 228-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 58365116-58366294(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
SmilChr03G001972 Chr03 NC_080389.1:28412168-28412177promoter 内 214-223 bp + 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 28415955-28416551(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAGC
SmilChr01G002870 Chr01 NC_080387.1:47304994-47305003promoter 内 180-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 47308815-47312567(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AGCCGACAAT
SmilChr01G005987 Chr01 NC_080387.1:75501025-75501034promoter 内 175-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 75494137-75497208(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAAC
SmilChr01G002850 Chr01 NC_080387.1:47079395-47079404promoter 内 170-179 bp - 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 47072622-47075573(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr01G003066 Chr01 NC_080387.1:49510984-49510993promoter 内 150-159 bp - 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 49505497-49507142(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr03G001855 Chr03 NC_080389.1:25574199-25574208promoter 内 122-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 25578078-25588940(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCCA
SmilChr02G000732 Chr02 NC_080388.1:11892927-11892936promoter 内 91-100 bp - 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 11896837-11898215(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAT
SmilChr03G003292 Chr03 NC_080389.1:51033121-51033130promoter 内 73-82 bp - 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 51037049-51038148(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAG
SmilChr01G003039 Chr01 NC_080387.1:49386943-49386952promoter 内 72-81 bp + 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 49382181-49383023(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTT
SmilChr02G003040 Chr02 NC_080388.1:51142437-51142446promoter 内 65-74 bp + 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 51146373-51148060(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAAC
SmilChr02G001916 Chr02 NC_080388.1:34495620-34495629promoter 内 55-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 34487721-34491683(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAAC
SmilChr04G001208 Chr04 NC_080390.1:18710579-18710588promoter 内 45-54 bp + 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 18714535-18721749(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAG
SmilChr01G000763 Chr01 NC_080387.1:16727336-16727345promoter 内 29-38 bp - 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 16722822-16723373(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAA
SmilChr02G004164 Chr02 NC_080388.1:63956757-63956766promoter 内 14-23 bp + 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 63960744-63963558(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACAAC
SmilChr03G004373 Chr03 NC_080389.1:61931289-61931298promoter 内 11-20 bp - 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 61935279-61939607(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGCT
SmilChr02G005417 Chr02 NC_080388.1:74632047-74632056promoter 内 3984-3993 bp - 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 74626092-74632039(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr03G000181 Chr03 NC_080389.1:1944243-1944252promoter 内 3979-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 1938732-1944230(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATCCGACAAC
SmilChr04G000158 Chr04 NC_080390.1:1382009-1382018promoter 内 3968-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 1379306-1381985(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
SmilChr01G005056 Chr01 NC_080387.1:68489339-68489348promoter 内 3952-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 68486364-68489299(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAA
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