靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00007048-RA_Salv |
SmilChr02G004600 |
ARF | XP_057791481.1 |
MP00574 |
ATCCGACAAA |
9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 44 / 147 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G005390 |
Chr02 | NC_080388.1:74523131-74523140promoter 内 572-581 bp |
+ | 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 74526560-74528656(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATCCGACAGC |
SmilChr04G000660 |
Chr04 | NC_080390.1:7469363-7469372promoter 内 565-574 bp |
+ | 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 7464990-7465936(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAT |
SmilChr03G003205 |
Chr03 | NC_080389.1:49595370-49595379promoter 内 558-567 bp |
- | 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 49589777-49591936(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TGGCGACAAA |
SmilChr03G000244 |
Chr03 | NC_080389.1:2907824-2907833promoter 内 551-560 bp |
- | 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 2901348-2904383(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATCCGACAAC |
SmilChr01G000146 |
Chr01 | NC_080387.1:2491443-2491452promoter 内 509-518 bp |
+ | 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 2494935-2498868(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACAAA |
SmilChr02G001233 |
Chr02 | NC_080388.1:22637416-22637425promoter 内 500-509 bp |
- | 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 22633016-22633924(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AGCCGACAAT |
SmilChr03G000904 |
Chr03 | NC_080389.1:10340193-10340202promoter 内 464-473 bp |
+ | 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 10343730-10354110(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CTCCGACAAC |
SmilChr02G002395 |
Chr02 | NC_080388.1:41848190-41848199promoter 内 452-461 bp |
- | 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 41851739-41855872(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CCTGTCGGAC |
SmilChr03G001239 |
Chr03 | NC_080389.1:14280784-14280793promoter 内 409-418 bp |
- | 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 14284376-14286377(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATTGTCGGCT |
SmilChr03G000806 |
Chr03 | NC_080389.1:9230217-9230226promoter 内 408-417 bp |
- | 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 9218835-9226633(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TGGCGACAAA |
SmilChr01G004821 |
Chr01 | NC_080387.1:66392578-66392587promoter 内 397-406 bp |
- | 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 66396182-66396252(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGTT |
SmilChr02G001674 |
Chr02 | NC_080388.1:31001774-31001783promoter 内 363-372 bp |
- | 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 30995524-30998145(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTCCGACAAG |
SmilChr02G000392 |
Chr02 | NC_080388.1:4867635-4867644promoter 内 345-354 bp |
- | 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 4860053-4863988(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATCCGACAAC |
SmilChr01G000078 |
Chr01 | NC_080387.1:1355113-1355122promoter 内 342-351 bp |
+ | 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 1349393-1351463(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGAA |
SmilChr02G003623 |
Chr02 | NC_080388.1:57527186-57527195promoter 内 244-253 bp |
- | 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 57530943-57535126(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAG |
SmilChr03G001904 |
Chr03 | NC_080389.1:26603888-26603897promoter 内 236-245 bp |
+ | 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 26595830-26600132(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GCTGTCGGAT |
SmilChr01G000488 |
Chr01 | NC_080387.1:9955753-9955762promoter 内 230-239 bp |
- | 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 9950355-9951991(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AACCGACAAA |
SmilChr03G003928 |
Chr03 | NC_080389.1:58370058-58370067promoter 内 228-237 bp |
+ | 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 58365116-58366294(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGTT |
SmilChr03G001972 |
Chr03 | NC_080389.1:28412168-28412177promoter 内 214-223 bp |
+ | 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 28415955-28416551(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATCCGACAGC |
SmilChr01G002870 |
Chr01 | NC_080387.1:47304994-47305003promoter 内 180-189 bp |
+ | 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 47308815-47312567(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AGCCGACAAT |
SmilChr01G005987 |
Chr01 | NC_080387.1:75501025-75501034promoter 内 175-184 bp |
- | 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 75494137-75497208(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATCCGACAAC |
SmilChr01G002850 |
Chr01 | NC_080387.1:47079395-47079404promoter 内 170-179 bp |
- | 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 47072622-47075573(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AACCGACAAA |
SmilChr01G003066 |
Chr01 | NC_080387.1:49510984-49510993promoter 内 150-159 bp |
- | 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 49505497-49507142(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AACCGACAAA |
SmilChr03G001855 |
Chr03 | NC_080389.1:25574199-25574208promoter 内 122-131 bp |
- | 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 25578078-25588940(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGCCA |
SmilChr02G000732 |
Chr02 | NC_080388.1:11892927-11892936promoter 内 91-100 bp |
- | 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 11896837-11898215(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GCTGTCGGAT |
SmilChr03G003292 |
Chr03 | NC_080389.1:51033121-51033130promoter 内 73-82 bp |
- | 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 51037049-51038148(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAG |
SmilChr01G003039 |
Chr01 | NC_080387.1:49386943-49386952promoter 内 72-81 bp |
+ | 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 49382181-49383023(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGTT |
SmilChr02G003040 |
Chr02 | NC_080388.1:51142437-51142446promoter 内 65-74 bp |
+ | 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 51146373-51148060(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATCCGACAAC |
SmilChr02G001916 |
Chr02 | NC_080388.1:34495620-34495629promoter 内 55-64 bp |
- | 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 34487721-34491683(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATCCGACAAC |
SmilChr04G001208 |
Chr04 | NC_080390.1:18710579-18710588promoter 内 45-54 bp |
+ | 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 18714535-18721749(+) |
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MP00574 |
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SmilChr01G000763 |
Chr01 | NC_080387.1:16727336-16727345promoter 内 29-38 bp |
- | 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 16722822-16723373(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
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Chr02 | NC_080388.1:63956757-63956766promoter 内 14-23 bp |
+ | 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 63960744-63963558(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
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- | 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 2 | 61935279-61939607(+) |
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+ | 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 8760405-8773494(-) |
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MP00574 |
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SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
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+ | 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 7530657-7533489(+) |
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MP00574 |
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MP00574 |
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MP00574 |
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MP00574 |
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- | 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.4/ 100 | 1 | 56652733-56654733(-) |
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