转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 45 / 153 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004631 Chr01 NC_080387.1:64354703-64354713promoter 内 1172-1182 bp + 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 64349703-64351884(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACGCA
SmilChr05G000400 Chr05 NC_080391.1:3006035-3006045promoter 内 1128-1138 bp + 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3008908-3013875(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGTT
SmilChr03G002960 Chr03 NC_080389.1:46362992-46363002promoter 内 1105-1115 bp + 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 46357573-46360106(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCAA
SmilChr02G002864 Chr02 NC_080388.1:48805152-48805162promoter 内 1075-1085 bp + 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 48808078-48808711(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTGGTACGGAT
SmilChr05G002256 Chr05 NC_080391.1:24267546-24267556promoter 内 900-910 bp + 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 24270647-24276749(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTGGTACGGAT
SmilChr01G004994 Chr01 NC_080387.1:67985609-67985619promoter 内 853-863 bp - 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 67978779-67982471(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGGTG
SmilChr05G003553 Chr05 NC_080391.1:47432228-47432238promoter 内 823-833 bp + 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 47435406-47436224(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGTG
SmilChr01G004300 Chr01 NC_080387.1:61183006-61183016promoter 内 743-753 bp + 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 61176901-61179758(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACCGTACACT
SmilChr02G005032 Chr02 NC_080388.1:72045432-72045442promoter 内 729-739 bp - 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72038169-72042170(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGTG
SmilChr02G004177 Chr02 NC_080388.1:64065189-64065199promoter 内 718-728 bp + 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 64059365-64061916(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATT
SmilChr02G000116 Chr02 NC_080388.1:1467824-1467834promoter 内 702-712 bp + 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1471123-1473711(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGTT
SmilChr02G005418 Chr02 NC_080388.1:74643585-74643595promoter 内 555-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 74637606-74640149(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACCGTACACT
SmilChr04G001809 Chr04 NC_080390.1:29576894-29576904promoter 内 554-564 bp + 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 29569743-29573457(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACCGTACACT
SmilChr02G002599 Chr02 NC_080388.1:45134048-45134058promoter 内 524-534 bp + 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45122975-45130581(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACAAG
SmilChr05G000891 Chr05 NC_080391.1:7061693-7061703promoter 内 518-528 bp - 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 7058148-7058220(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGGTG
SmilChr03G004593 Chr03 NC_080389.1:63752661-63752671promoter 内 516-526 bp + 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 63756146-63757335(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGTT
SmilChr02G005092 Chr02 NC_080388.1:72512440-72512450promoter 内 486-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72507868-72508935(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACAAG
SmilChr02G002588 Chr02 NC_080388.1:45005967-45005977promoter 内 470-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45000641-45002446(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATT
SmilChr03G002701 Chr03 NC_080389.1:42969679-42969689promoter 内 460-470 bp + 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 42973220-42973996(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTGGTACGGAT
SmilChr01G005897 Chr01 NC_080387.1:74889270-74889280promoter 内 312-322 bp + 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 74881056-74885591(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACCGTACACT
SmilChr02G004081 Chr02 NC_080388.1:63088679-63088689promoter 内 308-318 bp - 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 63092372-63096688(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCAA
SmilChr04G003399 Chr04 NC_080390.1:50527971-50527981promoter 内 290-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 50518944-50524270(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCAA
SmilChr03G000726 Chr03 NC_080389.1:8189487-8189497promoter 内 283-293 bp - 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8193205-8194763(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TGCCGTACACC
SmilChr01G000831 Chr01 NC_080387.1:17917820-17917830promoter 内 238-248 bp + 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 17909803-17914067(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACCAA
SmilChr01G004301 Chr01 NC_080387.1:61183006-61183016promoter 内 207-217 bp + 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 61186800-61187971(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTGTACGGTG
SmilChr01G002188 Chr01 NC_080387.1:38002095-38002105promoter 内 191-201 bp - 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 37997566-37998295(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTGGTACGGAT
SmilChr05G001081 Chr05 NC_080391.1:8999001-8999011promoter 内 97-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8988963-8995107(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATT
SmilChr02G004118 Chr02 NC_080388.1:63467517-63467527promoter 内 88-98 bp + 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 63471430-63473427(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGTGTACGGCA
SmilChr05G000954 Chr05 NC_080391.1:7701765-7701775promoter 内 71-81 bp - 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 7697773-7697845(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGGTG
SmilChr05G001109 Chr05 NC_080391.1:9216316-9216326promoter 内 10-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 9206927-9212335(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACAAG
SmilChr02G004117 Chr02 NC_080388.1:63472346-63472356promoter 内 1-11 bp + 3990 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 63462544-63468356(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACAAG
SmilChr02G003924 Chr02 NC_080388.1:61316746-61316756promoter 内 2136-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 61318611-61324376(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACCGTACATT
SmilChr04G003720 Chr04 NC_080390.1:53550295-53550305promoter 内 1734-1744 bp + 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 53544759-53548038(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACCGTACATT
SmilChr02G000608 Chr02 NC_080388.1:8879658-8879668promoter 内 1113-1123 bp - 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 8871483-8876780(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGCT
SmilChr04G003388 Chr04 NC_080390.1:50439194-50439204promoter 内 1029-1039 bp - 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 50442166-50443160(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACCGTACAAG
SmilChr05G001908 Chr05 NC_080391.1:19338380-19338390promoter 内 600-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 19326899-19334989(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACCGTACATT
SmilChr05G002364 Chr05 NC_080391.1:25815784-25815794promoter 内 3052-3062 bp - 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 25816733-25818356(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACCAA
SmilChr02G002058 Chr02 NC_080388.1:37065565-37065575promoter 内 2636-2646 bp - 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 37062808-37064210(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AATGTACGGTA
SmilChr05G001977 Chr05 NC_080391.1:20433704-20433714promoter 内 2360-2370 bp + 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 20435345-20437510(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGTA
SmilChr03G003178 Chr03 NC_080389.1:49238307-49238317promoter 内 2299-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 49240009-49241631(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACCGTACAGC
SmilChr04G003604 Chr04 NC_080390.1:52498471-52498481promoter 内 2074-2084 bp + 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 52494122-52496554(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGCCGTACATT
SmilChr04G004023 Chr04 NC_080390.1:55480900-55480910promoter 内 1401-1411 bp + 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 55475331-55478310(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTCCGTACGAA
SmilChr03G003752 Chr03 NC_080389.1:56600829-56600839promoter 内 1139-1149 bp + 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 56595578-56597977(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACCGTACATT
SmilChr03G004731 Chr03 NC_080389.1:64474369-64474379promoter 内 1000-1010 bp - 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 64468803-64471378(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AATGTACGGTA
SmilChr05G000621 Chr05 NC_080391.1:4698836-4698846promoter 内 361-371 bp + 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 4702476-4703165(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TCGGTACGGAT
SmilChr05G003638 Chr05 NC_080391.1:48771873-48771883promoter 内 299-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 48767218-48768181(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AATGTACGGTA
SmilChr01G005065 Chr01 NC_080387.1:68550759-68550769promoter 内 278-288 bp - 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 68543297-68547046(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGCT
SmilChr02G002059 Chr02 NC_080388.1:37065565-37065575promoter 内 237-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 37069329-37072610(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACCGTACATT
SmilChr01G000854 Chr01 NC_080387.1:18412047-18412057promoter 内 132-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 18415916-18419064(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTGGTACGGAA
SmilChr05G000604 Chr05 NC_080391.1:4545701-4545711promoter 内 90-100 bp - 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 4549612-4554739(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACCGTACAAG