转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 45 / 130 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003878 Chr01 NC_080387.1:57108877-57108885promoter 内 3942-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 57107397-57108826(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTTACTTAA
SmilChr01G004260 Chr01 NC_080387.1:60859424-60859432promoter 内 3942-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 60859483-60860828(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr02G002064 Chr02 NC_080388.1:37201902-37201910promoter 内 3941-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37199198-37201850(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr01G002936 Chr01 NC_080387.1:48113221-48113229promoter 内 3924-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 48113298-48119428(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr02G002625 Chr02 NC_080388.1:45596033-45596041promoter 内 3924-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 45591927-45595964(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr01G002260 Chr01 NC_080387.1:39396468-39396476promoter 内 3912-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39392484-39396387(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr01G000593 Chr01 NC_080387.1:12921930-12921938promoter 内 3906-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12914528-12921843(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr01G005854 Chr01 NC_080387.1:74487070-74487078promoter 内 3905-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 74487166-74489373(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTTACTTAA
SmilChr02G003723 Chr02 NC_080388.1:58843468-58843476promoter 内 3904-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 58841428-58843379(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr02G004480 Chr02 NC_080388.1:67265280-67265288promoter 内 3899-3907 bp - 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 67265382-67267034(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTTACTTAA
SmilChr02G002315 Chr02 NC_080388.1:40774042-40774050promoter 内 3897-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 40774146-40776510(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr02G005342 Chr02 NC_080388.1:74251397-74251405promoter 内 3896-3904 bp + 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 74251502-74251948(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr01G000533 Chr01 NC_080387.1:10861295-10861303promoter 内 3890-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10857613-10861192(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr02G005020 Chr02 NC_080388.1:71966374-71966382promoter 内 3885-3893 bp + 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71966490-71968279(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr01G003165 Chr01 NC_080387.1:50458883-50458891promoter 内 3878-3886 bp - 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50455202-50458768(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr02G004489 Chr02 NC_080388.1:67399952-67399960promoter 内 3878-3886 bp + 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 67400075-67403466(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr02G001976 Chr02 NC_080388.1:35723413-35723421promoter 内 3876-3884 bp - 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 35723538-35723879(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr02G004962 Chr02 NC_080388.1:71546588-71546596promoter 内 3875-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71542073-71546470(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr02G000809 Chr02 NC_080388.1:13559319-13559327promoter 内 3873-3881 bp - 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13556601-13559199(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr01G002422 Chr01 NC_080387.1:41699113-41699121promoter 内 3870-3878 bp - 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 41698472-41698990(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr01G005191 Chr01 NC_080387.1:69605934-69605942promoter 内 3863-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69604796-69605804(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr01G005192 Chr01 NC_080387.1:69615246-69615254promoter 内 3863-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69614113-69615116(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr01G000827 Chr01 NC_080387.1:17803548-17803556promoter 内 3861-3869 bp + 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 17803688-17804493(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr02G003005 Chr02 NC_080388.1:50693673-50693681promoter 内 3860-3868 bp + 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50690724-50693540(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr01G002799 Chr01 NC_080387.1:46479180-46479188promoter 内 3854-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 46479327-46490497(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr02G001449 Chr02 NC_080388.1:27181867-27181875promoter 内 3854-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 27179273-27181728(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr01G002950 Chr01 NC_080387.1:48376605-48376613promoter 内 3843-3851 bp + 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 48373487-48376455(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr01G006068 Chr01 NC_080387.1:76087096-76087104promoter 内 3842-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 76087255-76090162(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr01G003433 Chr01 NC_080387.1:52957906-52957914promoter 内 3828-3836 bp - 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52954056-52957741(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr02G003975 Chr02 NC_080388.1:62020606-62020614promoter 内 3816-3824 bp + 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 62018383-62020429(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr01G003039 Chr01 NC_080387.1:49383202-49383210promoter 内 3814-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49382181-49383023(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr01G000218 Chr01 NC_080387.1:3794290-3794298promoter 内 3780-3788 bp - 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3794511-3799399(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr03G000353 Chr03 NC_080389.1:3956755-3956763promoter 内 3777-3785 bp - 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3953502-3956539(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr01G005712 Chr01 NC_080387.1:73337273-73337281promoter 内 3774-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 73337500-73338856(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr03G000163 Chr03 NC_080389.1:1796543-1796551promoter 内 3771-3779 bp - 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1796773-1808516(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTTACTTAA
SmilChr02G000334 Chr02 NC_080388.1:4217685-4217693promoter 内 3766-3774 bp - 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4215622-4217458(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
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