转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 46 / 138 下载 TSV

上一页 46 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000666 Chr06 NC_080392.1:5852278-5852292promoter 内 1151-1165 bp - 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 5855128-5859600(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTAAATT
SmilChr02G004711 Chr02 NC_080388.1:69373038-69373052promoter 内 1145-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 69365952-69370196(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTAAATT
SmilChr07G004140 Chr07 NC_080393.1:53175284-53175298promoter 内 1141-1155 bp + 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 53178144-53180277(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr06G002749 Chr06 NC_080392.1:40002141-40002155promoter 内 1136-1150 bp - 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 39997884-39999290(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr07G004139 Chr07 NC_080393.1:53175284-53175298promoter 内 1120-1134 bp + 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 53172299-53172417(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTAAATT
SmilChr08G001581 Chr08 NC_080394.1:13050684-13050698promoter 内 1091-1105 bp - 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 13043982-13047788(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr05G001407 Chr05 NC_080391.1:12674979-12674993promoter 内 1051-1065 bp - 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 12677929-12678639(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTGAGAACT
SmilChr04G000197 Chr04 NC_080390.1:1767496-1767510promoter 内 1049-1063 bp + 2938 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1770448-1773316(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr05G002092 Chr05 NC_080391.1:21900024-21900038promoter 内 1012-1026 bp + 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 21894655-21897049(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTAAATT
SmilChr07G002108 Chr07 NC_080393.1:19204113-19204127promoter 内 985-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 19197946-19201111(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr04G000557 Chr04 NC_080390.1:6231513-6231527promoter 内 984-998 bp - 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 6225676-6228510(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr08G004882 Chr08 NC_080394.1:57905098-57905112promoter 内 982-996 bp + 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 57908117-57910710(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCTACCACGTGGCG
SmilChr08G002473 Chr08 NC_080394.1:23636852-23636866promoter 内 833-847 bp + 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 23631820-23633698(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTCTTCG
SmilChr06G000836 Chr06 NC_080392.1:7849101-7849115promoter 内 807-821 bp + 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 7852295-7853161(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGTTCTCACGTGGCC
SmilChr06G001617 Chr06 NC_080392.1:17984845-17984859promoter 内 806-820 bp - 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 17978972-17981664(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr02G002401 Chr02 NC_080388.1:41891184-41891198promoter 内 779-793 bp + 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 41894406-41895602(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr08G004860 Chr08 NC_080394.1:57769655-57769669promoter 内 777-791 bp - 3210 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 57772879-57785816(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTAAATT
SmilChr05G004347 Chr05 NC_080391.1:57099514-57099528promoter 内 736-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 57093444-57096263(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr05G003903 Chr05 NC_080391.1:52774695-52774709promoter 内 714-728 bp - 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 52777982-52778864(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTAAATT
SmilChr02G004575 Chr02 NC_080388.1:68247735-68247749promoter 内 699-713 bp + 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 68251037-68253803(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCGTGTGACGTGGCG
SmilChr01G004185 Chr01 NC_080387.1:60281143-60281157promoter 内 683-697 bp - 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 60284461-60287505(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTAAATT
SmilChr05G003415 Chr05 NC_080391.1:45361346-45361360promoter 内 678-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 45364669-45371631(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGAAATCA
SmilChr02G004276 Chr02 NC_080388.1:64959851-64959865promoter 内 577-591 bp - 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 64954210-64956441(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr01G002591 Chr01 NC_080387.1:44023283-44023297promoter 内 572-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 44026712-44031417(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTAAATT
SmilChr01G004183 Chr01 NC_080387.1:60278256-60278270promoter 内 572-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 60274033-60274841(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr08G000812 Chr08 NC_080394.1:5987564-5987578promoter 内 494-508 bp - 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 5982172-5984071(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr05G000571 Chr05 NC_080391.1:4301578-4301592promoter 内 383-397 bp - 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4297118-4297974(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TACTGACACGTGGCG
SmilChr08G000690 Chr08 NC_080394.1:5136710-5136724promoter 内 346-360 bp + 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 5128006-5133069(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTAAATT
SmilChr01G001201 Chr01 NC_080387.1:24210349-24210363promoter 内 219-233 bp - 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 24214131-24217214(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTCGCCA
SmilChr06G002810 Chr06 NC_080392.1:40800386-40800400promoter 内 211-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 40804176-40804733(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGACGAGACGTGGCA
SmilChr02G004114 Chr02 NC_080388.1:63436521-63436535promoter 内 177-191 bp + 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63440345-63441890(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr08G004845 Chr08 NC_080394.1:57693580-57693594promoter 内 107-121 bp + 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 57697474-57700463(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCTACCACGTGGCG
SmilChr03G003423 Chr03 NC_080389.1:52551905-52551919promoter 内 105-119 bp + 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 52555801-52557613(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCA
SmilChr06G001227 Chr06 NC_080392.1:12662601-12662615promoter 内 50-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 12666552-12667605(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCACCGCC
SmilChr06G000914 Chr06 NC_080392.1:8664231-8664245promoter 内 3396-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 8664836-8667006(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGGGGCCACGTGGCT
SmilChr01G002807 Chr01 NC_080387.1:46615044-46615058promoter 内 2514-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 46616531-46620668(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTAGGCTAA
SmilChr05G003669 Chr05 NC_080391.1:49645353-49645367promoter 内 926-940 bp + 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 49641705-49642292(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGCCCCA
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SmilChr04G001219 Chr04 NC_080390.1:19034282-19034296promoter 内 3908-3922 bp + 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 19034375-19069557(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTATTCCACGTGGCG
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