转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 46 / 133 下载 TSV

上一页 46 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001201 Chr01 NC_080387.1:24210350-24210358promoter 内 220-228 bp + 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 24214131-24217214(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr02G000632 Chr02 NC_080388.1:9508627-9508635promoter 内 210-218 bp - 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 9512418-9513257(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr02G001813 Chr02 NC_080388.1:32967182-32967190promoter 内 208-216 bp + 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 32970975-32982329(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr02G003224 Chr02 NC_080388.1:53489787-53489795promoter 内 205-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 53480965-53485999(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18504099-18504107promoter 内 201-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 18507899-18512555(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr02G004114 Chr02 NC_080388.1:63436526-63436534promoter 内 182-190 bp - 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 63440345-63441890(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr02G003073 Chr02 NC_080388.1:51588296-51588304promoter 内 177-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 51579520-51584480(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr02G000375 Chr02 NC_080388.1:4752700-4752708promoter 内 154-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 4745987-4748861(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr02G004184 Chr02 NC_080388.1:64167575-64167583promoter 内 152-160 bp - 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 64157960-64163734(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr02G000089 Chr02 NC_080388.1:1156493-1156501promoter 内 138-146 bp - 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 1160356-1161657(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr04G000599 Chr04 NC_080390.1:6775452-6775460promoter 内 131-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6768654-6771590(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr01G002035 Chr01 NC_080387.1:35987920-35987928promoter 内 118-126 bp - 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 35982980-35984045(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr01G004666 Chr01 NC_080387.1:64785258-64785266promoter 内 110-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 64779154-64781375(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr04G001681 Chr04 NC_080390.1:27826995-27827003promoter 内 102-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 27830894-27831947(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr02G001542 Chr02 NC_080388.1:28673016-28673024promoter 内 90-98 bp + 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 28676927-28682190(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr03G003656 Chr03 NC_080389.1:55405695-55405703promoter 内 39-47 bp - 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 55398768-55401741(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGT
SmilChr02G001689 Chr02 NC_080388.1:31141973-31141981promoter 内 34-42 bp + 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 31133228-31138014(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr01G004144 Chr01 NC_080387.1:59943702-59943710promoter 内 28-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 59934933-59939737(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr03G004665 Chr03 NC_080389.1:64109368-64109376promoter 内 15-23 bp - 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 64113354-64115424(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGC
SmilChr04G002305 Chr04 NC_080390.1:37326372-37326380promoter 内 3788-3796 bp - 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 5 37326585-37327405(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr01G000117 Chr01 NC_080387.1:2035612-2035620promoter 内 447-455 bp + 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 5 2031059-2032066(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr01G001243 Chr01 NC_080387.1:24937999-24938007promoter 内 295-303 bp + 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 5 24933517-24934301(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr04G002220 Chr04 NC_080390.1:35888751-35888759promoter 内 2188-2196 bp + 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 35884281-35886946(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr01G002495 Chr01 NC_080387.1:42714793-42714801promoter 内 1589-1597 bp + 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 42711485-42712389(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr04G002250 Chr04 NC_080390.1:36438954-36438962promoter 内 88-96 bp - 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 36442867-36444456(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr01G002112 Chr01 NC_080387.1:37166023-37166031promoter 内 3941-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 37163586-37165971(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr03G001777 Chr03 NC_080389.1:24228338-24228346promoter 内 3854-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 24220761-24228199(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr03G003634 Chr03 NC_080389.1:55024646-55024654promoter 内 3594-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 55022605-55024247(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGA
SmilChr04G002946 Chr04 NC_080390.1:45795295-45795303promoter 内 3515-3523 bp - 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 45793024-45794817(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGC
SmilChr01G005440 Chr01 NC_080387.1:71521948-71521956promoter 内 3490-3498 bp + 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 71519011-71521445(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr01G003018 Chr01 NC_080387.1:49207830-49207838promoter 内 3286-3294 bp + 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 49203621-49207123(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr03G002288 Chr03 NC_080389.1:36070547-36070555promoter 内 3175-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 36071373-36071968(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr04G002903 Chr04 NC_080390.1:45298174-45298182promoter 内 3046-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 45299129-45302584(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACCACGTGG
SmilChr03G001326 Chr03 NC_080389.1:15522299-15522307promoter 内 2826-2834 bp + 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 15519601-15521132(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
SmilChr02G002451 Chr02 NC_080388.1:42758617-42758625promoter 内 2616-2624 bp + 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 42760002-42761349(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGC
SmilChr04G002902 Chr04 NC_080390.1:45298174-45298182promoter 内 2561-2569 bp + 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 45295783-45296742(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGT
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