转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G001094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021820-RA_Salv SmilChr04G001094 WRKY XP_057804404.1 MP00408 AGCGTTGACTTTT

可能结合的靶基因

9902 个结合位点 8149 个候选靶基因 第 48 / 163 下载 TSV

上一页 48 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000291 Chr04 NC_080390.1:2719021-2719033promoter 内 3758-3770 bp + 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2716039-2718790(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAAGTCAACTTC
SmilChr05G002696 Chr05 NC_080391.1:30829431-30829443promoter 内 3739-3751 bp - 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 30829693-30831826(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GATGGTCAACGGT
SmilChr05G002887 Chr05 NC_080391.1:34594768-34594780promoter 内 3697-3709 bp + 292 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34595072-34603169(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GACGTTGACCATG
SmilChr03G004137 Chr03 NC_080389.1:60223924-60223936promoter 内 3471-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60220415-60223406(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAGGTCAACGTT
SmilChr04G000194 Chr04 NC_080390.1:1722388-1722400promoter 内 3465-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1717276-1721864(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAGTTGACTTTA
SmilChr04G000292 Chr04 NC_080390.1:2719021-2719033promoter 内 3263-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2719759-2720911(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAGTTGACTTTA
SmilChr04G002489 Chr04 NC_080390.1:39757998-39758010promoter 内 3242-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 39758757-39762666(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCCGTTGACTCAC
SmilChr04G002514 Chr04 NC_080390.1:40155130-40155142promoter 内 3219-3231 bp + 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 40155912-40157755(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCCGTTGACTCAC
SmilChr04G003894 Chr04 NC_080390.1:54747795-54747807promoter 内 3202-3214 bp - 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54748594-54749679(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAAGTCAACTAT
SmilChr08G002586 Chr08 NC_080394.1:25189226-25189238promoter 内 3180-3192 bp - 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 25187684-25188417(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAGTTGACTTTA
SmilChr01G000342 Chr01 NC_080387.1:6989201-6989213promoter 内 3024-3036 bp - 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 6981145-6988236(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGCGTTGACTGAT
SmilChr08G001649 Chr08 NC_080394.1:13707011-13707023promoter 内 2773-2785 bp + 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 13704497-13705795(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TTAAGTCAACGTA
SmilChr05G002566 Chr05 NC_080391.1:28835343-28835355promoter 内 2753-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28836591-28841454(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCTAGTCAACGCA
SmilChr08G000140 Chr08 NC_080394.1:892246-892258promoter 内 2646-2658 bp - 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 893601-907715(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CAACGTCAACGGC
SmilChr04G000703 Chr04 NC_080390.1:8177103-8177115promoter 内 2636-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8178468-8181148(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAGTTGACTTTC
SmilChr05G000984 Chr05 NC_080391.1:7968824-7968836promoter 内 2589-2601 bp + 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 7970236-7973048(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACCGTTGACCTCA
SmilChr05G001081 Chr05 NC_080391.1:8996518-8996530promoter 内 2578-2590 bp - 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8988963-8995107(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAGTTGACTTTC
SmilChr03G001040 Chr03 NC_080389.1:12129589-12129601promoter 内 2535-2547 bp + 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 12127188-12128135(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CAACGTCAACGGC
SmilChr02G004332 Chr02 NC_080388.1:65589309-65589321promoter 内 2521-2533 bp - 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 65590789-65592409(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAAGTCAACCGA
SmilChr01G003892 Chr01 NC_080387.1:57225152-57225164promoter 内 2369-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 57216925-57223532(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGTAGTCAACGGT
SmilChr04G000237 Chr04 NC_080390.1:2112874-2112886promoter 内 2114-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2114761-2116312(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAAGTCAACTTC
SmilChr04G003807 Chr04 NC_080390.1:54250175-54250187promoter 内 1995-2007 bp - 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54243606-54248181(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAGTTGACTTTC
SmilChr03G002797 Chr03 NC_080389.1:44460994-44461006promoter 内 1963-1975 bp + 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 44463032-44463935(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGAGTTGACTTGT
SmilChr03G001657 Chr03 NC_080389.1:21527375-21527387promoter 内 1864-1876 bp + 2125 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 21529512-21531719(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCCATTGACTTTG
SmilChr04G000542 Chr04 NC_080390.1:6045907-6045919promoter 内 1727-1739 bp - 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 6039265-6043645(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CAGGTTGACTTTG
SmilChr04G000243 Chr04 NC_080390.1:2210108-2210120promoter 内 1711-1723 bp - 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2204094-2207830(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCAGTTGACTATG
SmilChr05G001147 Chr05 NC_080391.1:9606939-9606951promoter 内 1710-1722 bp + 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9600850-9604660(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGTAGTCAACGGT
SmilChr08G002730 Chr08 NC_080394.1:26938688-26938700promoter 内 1623-1635 bp + 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 26935693-26936322(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAAGTCAACTTC
SmilChr04G001313 Chr04 NC_080390.1:20981928-20981940promoter 内 1615-1627 bp + 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 20984314-20991633(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CGCGTTGACCTGC
SmilChr07G004587 Chr07 NC_080393.1:58684690-58684702promoter 内 1563-1575 bp + 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 58682158-58682264(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GCAGGTCAACGCG
SmilChr08G002348 Chr08 NC_080394.1:22184647-22184659promoter 内 1518-1530 bp + 2471 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 22187130-22188841(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACCGTTGACCATC
SmilChr08G002346 Chr08 NC_080394.1:22184647-22184659promoter 内 1480-1492 bp + 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 22178249-22182138(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GATGGTCAACGGT
SmilChr08G001650 Chr08 NC_080394.1:13707011-13707023promoter 内 1395-1407 bp + 2594 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 13709617-13710488(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TACGTTGACTTAA
SmilChr02G001266 Chr02 NC_080388.1:23223997-23224009promoter 内 1321-1333 bp + 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 23218539-23221329(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CAAAGTCAACAAC
SmilChr08G003137 Chr08 NC_080394.1:31759400-31759412promoter 内 1302-1314 bp + 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 31762099-31766121(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CACGTTGACTTGA
SmilChr04G003809 Chr04 NC_080390.1:54250175-54250187promoter 内 1243-1255 bp - 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54252933-54255552(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAAGTCAACTAT
SmilChr08G001895 Chr08 NC_080394.1:16418513-16418525promoter 内 1119-1131 bp - 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 16421395-16423291(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAAGTCAACCGA
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SmilChr08G001893 Chr08 NC_080394.1:16418513-16418525promoter 内 711-723 bp - 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 16409799-16415235(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TCGGTTGACTTTA
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SmilChr04G000813 Chr04 NC_080390.1:10206231-10206243promoter 内 407-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 10194500-10202649(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACAAGTCAACTCT
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SmilChr04G000610 Chr04 NC_080390.1:6900130-6900142promoter 内 226-238 bp + 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 6895458-6896367(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CATAGTCAACTGC