转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 48 / 138 下载 TSV

上一页 48 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003867 Chr03 NC_080389.1:57770393-57770405promoter 内 2139-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 57772255-57776059(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACATT
SmilChr01G004661 Chr01 NC_080387.1:64716754-64716766promoter 内 1814-1826 bp + 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 64718941-64721423(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAGGTTGACTGTT
SmilChr02G001163 Chr02 NC_080388.1:21223287-21223299promoter 内 1759-1771 bp - 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 21213127-21221057(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAGGTTGACTGGT
SmilChr01G000506 Chr01 NC_080387.1:10224044-10224056promoter 内 1596-1608 bp - 2393 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 10226449-10227917(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACAGTCAACACG
SmilChr01G003996 Chr01 NC_080387.1:58369617-58369629promoter 内 1386-1398 bp - 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 58372232-58373246(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACCTG
SmilChr01G004709 Chr01 NC_080387.1:65220662-65220674promoter 内 1368-1380 bp - 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 65223295-65227170(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACAGTCAACCTG
SmilChr01G001465 Chr01 NC_080387.1:28454920-28454932promoter 内 1272-1284 bp + 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 28450022-28452203(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCAGTCAACCTG
SmilChr02G003626 Chr02 NC_080388.1:57590816-57590828promoter 内 1175-1187 bp - 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 57593642-57595039(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTAGTCAAAGTA
SmilChr01G003994 Chr01 NC_080387.1:58369617-58369629promoter 内 1111-1123 bp - 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 58363258-58366739(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAGGTTGACTATT
SmilChr02G003263 Chr02 NC_080388.1:53923052-53923064promoter 内 1029-1041 bp + 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 53917226-53920092(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCAGTCAACCGC
SmilChr01G003863 Chr01 NC_080387.1:56898450-56898462promoter 内 945-957 bp + 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 56891702-56895406(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACAGTCAACATT
SmilChr01G001355 Chr01 NC_080387.1:26816256-26816268promoter 内 927-939 bp - 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 26811190-26813194(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGGTTGACTTGC
SmilChr03G002752 Chr03 NC_080389.1:43749737-43749749promoter 内 924-936 bp + 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 43741341-43746672(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAGAGTCAACACC
SmilChr01G001494 Chr01 NC_080387.1:28766941-28766953promoter 内 570-582 bp + 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 28770372-28774508(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTTTT
SmilChr02G000718 Chr02 NC_080388.1:11529801-11529813promoter 内 296-308 bp - 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 11533506-11537729(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAACCGA
SmilChr02G001816 Chr02 NC_080388.1:33027978-33027990promoter 内 253-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 33020235-33024242(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACTCCA
SmilChr03G002806 Chr03 NC_080389.1:44528914-44528926promoter 内 104-116 bp - 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 44519219-44525029(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGGTTGACTTAA
SmilChr01G002949 Chr01 NC_080387.1:48357432-48357444promoter 内 94-106 bp - 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 48361339-48364998(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATAAGTCAACCAT
SmilChr03G003866 Chr03 NC_080389.1:57770393-57770405promoter 内 91-103 bp - 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 57763343-57766495(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTTTT
SmilChr01G003262 Chr01 NC_080387.1:51315259-51315271promoter 内 73-85 bp + 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 51319187-51320931(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCGGTTGACTTCA
SmilChr01G003470 Chr01 NC_080387.1:53244883-53244895promoter 内 739-751 bp - 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 5 53248145-53250479(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACTGT
SmilChr02G004866 Chr02 NC_080388.1:70774895-70774907promoter 内 2983-2995 bp - 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 70767168-70773889(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACAGTTGACTTGG
SmilChr01G003526 Chr01 NC_080387.1:53891589-53891601promoter 内 2268-2280 bp - 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 53893322-53895242(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACTGT
SmilChr01G002542 Chr01 NC_080387.1:43470528-43470540promoter 内 1955-1967 bp - 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 43472574-43473839(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACAGTCAACTGT
SmilChr02G000168 Chr02 NC_080388.1:2170471-2170483promoter 内 789-801 bp + 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 2173683-2177646(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACAGTTGACTTGT
SmilChr03G003556 Chr03 NC_080389.1:54214213-54214225promoter 内 618-630 bp + 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 54208083-54210842(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGAGTCAACAGC
SmilChr03G003595 Chr03 NC_080389.1:54591615-54591627promoter 内 40-52 bp - 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 3 54584497-54587666(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TACTTTGACTATA
SmilChr03G000601 Chr03 NC_080389.1:6676360-6676372promoter 内 3531-3543 bp + 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 6676830-6678523(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGGTTGACTCGT
SmilChr03G000386 Chr03 NC_080389.1:4290951-4290963promoter 内 3487-3499 bp + 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 4291465-4292439(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGGTTGACTCGT
SmilChr02G001311 Chr02 NC_080388.1:24341030-24341042promoter 内 3453-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 24341578-24343361(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTAGTCAACATC
SmilChr01G001157 Chr01 NC_080387.1:23520584-23520596promoter 内 3259-3271 bp - 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 23515547-23519854(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTGTTGACTCTT
SmilChr02G005337 Chr02 NC_080388.1:74221188-74221200promoter 内 3200-3212 bp + 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 74216479-74220399(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACAGTCAACTGT
SmilChr02G004728 Chr02 NC_080388.1:69522790-69522802promoter 内 3180-3192 bp + 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 69518217-69521981(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACATC
SmilChr03G000956 Chr03 NC_080389.1:10808031-10808043promoter 内 2845-2857 bp + 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 10809187-10810392(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGGTTGACTCGT
SmilChr01G004969 Chr01 NC_080387.1:67795431-67795443promoter 内 2843-2855 bp + 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 67793183-67794285(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACATC
SmilChr02G003646 Chr02 NC_080388.1:57841939-57841951promoter 内 2644-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 57829536-57840594(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGGTTGACTATC
SmilChr03G000387 Chr03 NC_080389.1:4290951-4290963promoter 内 2626-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 4292326-4293199(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGGTTGACTCGT
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SmilChr03G003731 Chr03 NC_080389.1:56355329-56355341promoter 内 3629-3641 bp + 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 56344159-56354969(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATAGTCAAAGTA