转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 48 / 133 下载 TSV

上一页 48 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003730 Chr02 NC_080388.1:58936532-58936546promoter 内 2353-2367 bp + 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 58929601-58934898(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAAACTTATCCTTA
SmilChr03G000545 Chr03 NC_080389.1:5915078-5915092promoter 内 1989-2003 bp + 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 5917090-5926185(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGGATAAGTTTAT
SmilChr01G001310 Chr01 NC_080387.1:26043328-26043342promoter 内 1834-1848 bp + 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 26045495-26046293(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGTGGATAAGGCATA
SmilChr02G005381 Chr02 NC_080388.1:74479706-74479720promoter 内 1511-1525 bp - 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74482196-74486036(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTTTCTTATCCCAA
SmilChr02G004679 Chr02 NC_080388.1:69135735-69135749promoter 内 1387-1401 bp + 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 69130958-69133135(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACAGCTTATCCATT
SmilChr02G005414 Chr02 NC_080388.1:74606446-74606460promoter 内 1262-1276 bp + 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74609185-74610719(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGCGGATAAGAAATT
SmilChr01G004945 Chr01 NC_080387.1:67557508-67557522promoter 内 956-970 bp + 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 67552464-67554477(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGAACCTTATCTGAA
SmilChr01G001256 Chr01 NC_080387.1:25205861-25205875promoter 内 788-802 bp - 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 25198578-25202662(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAATGTAGG
SmilChr03G000091 Chr03 NC_080389.1:1032479-1032493promoter 内 735-749 bp - 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 1027224-1029227(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGCAGATAAGGTGCT
SmilChr01G001416 Chr01 NC_080387.1:27752857-27752871promoter 内 694-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 27748842-27749564(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GATTTCTTATCCTTT
SmilChr02G005403 Chr02 NC_080388.1:74570254-74570268promoter 内 477-491 bp + 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74573778-74575362(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGCGGATAAGAAATT
SmilChr03G000552 Chr03 NC_080389.1:5971166-5971180promoter 内 344-358 bp + 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 5974823-5979533(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGGATAAGTTTAT
SmilChr01G005345 Chr01 NC_080387.1:70680857-70680871promoter 内 97-111 bp + 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 70672390-70676967(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAATCTTATCCGCC
SmilChr03G000555 Chr03 NC_080389.1:6010018-6010032promoter 内 3985-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6006474-6010016(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGAGCTA
SmilChr01G002373 Chr01 NC_080387.1:40952451-40952465promoter 内 3797-3811 bp - 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40952655-40959050(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAATGTTATCCATA
SmilChr02G004021 Chr02 NC_080388.1:62505318-62505332promoter 内 3478-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 62505841-62511511(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAATGTATT
SmilChr01G001212 Chr01 NC_080387.1:24345934-24345948promoter 内 3424-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24346511-24350237(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCACATTATCCACA
SmilChr01G000220 Chr01 NC_080387.1:3864738-3864752promoter 内 3341-3355 bp - 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 3860587-3864092(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGAGGATAAGATGAA
SmilChr03G001176 Chr03 NC_080389.1:13521285-13521299promoter 内 3289-3303 bp - 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 13521997-13523176(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTATCTTATCCATG
SmilChr01G005974 Chr01 NC_080387.1:75402864-75402878promoter 内 3158-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 75403707-75413345(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GATTTCTTATCCTTT
SmilChr03G000907 Chr03 NC_080389.1:10402984-10402998promoter 内 3091-3105 bp - 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10399492-10402088(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAGGATAAGACCTT
SmilChr02G004737 Chr02 NC_080388.1:69584419-69584433promoter 内 2764-2778 bp + 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 69585656-69585774(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGGATAAGGAACT
SmilChr01G002932 Chr01 NC_080387.1:48092700-48092714promoter 内 2751-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 48093950-48097012(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAACCCTTATCCATG
SmilChr01G004847 Chr01 NC_080387.1:66620297-66620311promoter 内 2748-2762 bp - 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 66621550-66625582(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAGCCCTTATCCCTT
SmilChr01G003693 Chr01 NC_080387.1:55296215-55296229promoter 内 2732-2746 bp - 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55297484-55299992(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCTCCTTATCTGCA
SmilChr01G000290 Chr01 NC_080387.1:5677314-5677328promoter 内 2718-2732 bp - 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5678597-5681222(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAATCCTTATCTCAA
SmilChr01G003029 Chr01 NC_080387.1:49344706-49344720promoter 内 2638-2652 bp + 1349 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 49346069-49350693(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAATATTTG
SmilChr01G004069 Chr01 NC_080387.1:59111522-59111536promoter 内 2578-2592 bp - 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 59110042-59110113(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGGGGATAAGCTAAT
SmilChr02G005525 Chr02 NC_080388.1:75323009-75323023promoter 内 2420-2434 bp - 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 75324590-75342843(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTATTCTTATCCACG
SmilChr01G005329 Chr01 NC_080387.1:70499438-70499452promoter 内 2221-2235 bp - 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 70493962-70497672(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAGGATAAGAAACT
SmilChr01G004134 Chr01 NC_080387.1:59855296-59855310promoter 内 2208-2222 bp + 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 59857089-59858572(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAAGATAAGGGTTC
SmilChr03G000235 Chr03 NC_080389.1:2805559-2805573promoter 内 2151-2165 bp - 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2800734-2803723(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAGGATAAGAGCAG
SmilChr02G000310 Chr02 NC_080388.1:3901799-3901813promoter 内 2139-2153 bp + 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 3903661-3915671(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAGGATAAGAGCAG
SmilChr03G001217 Chr03 NC_080389.1:13982418-13982432promoter 内 2105-2119 bp - 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 13977631-13980536(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAGGATAAGAGCAG
SmilChr02G004681 Chr02 NC_080388.1:69135735-69135749promoter 内 2046-2060 bp + 1941 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 69137690-69140701(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAAGCTGTT
SmilChr02G003064 Chr02 NC_080388.1:51476183-51476197promoter 内 2044-2058 bp - 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 51472108-51474240(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGGAGATAAGGAGTA
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