转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 5 / 139 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002658 Chr02 NC_080388.1:46013503-46013514promoter 内 3978-3989 bp + 12 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 46013526-46016442(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGTGGA
SmilChr04G000895 Chr04 NC_080390.1:11510059-11510070promoter 内 3913-3924 bp - 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 11509075-11509982(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGTGGA
SmilChr02G002657 Chr02 NC_080388.1:46013503-46013514promoter 内 3881-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 46011853-46013394(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCC
SmilChr01G002945 Chr01 NC_080387.1:48287901-48287912promoter 内 3662-3673 bp + 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 48288240-48296978(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGTGGA
SmilChr01G002739 Chr01 NC_080387.1:45706396-45706407promoter 内 3374-3385 bp - 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 45707023-45710536(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCC
SmilChr03G001757 Chr03 NC_080389.1:23925785-23925796promoter 内 3045-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 23926741-23926846(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCG
SmilChr01G000250 Chr01 NC_080387.1:4696987-4696998promoter 内 3000-3011 bp - 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 4697988-4698093(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCG
SmilChr04G001369 Chr04 NC_080390.1:22225917-22225928promoter 内 2895-2906 bp - 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 22227023-22232900(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCC
SmilChr02G004190 Chr02 NC_080388.1:64224911-64224922promoter 内 2860-2871 bp - 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 64220433-64223781(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGTGGT
SmilChr04G000894 Chr04 NC_080390.1:11510059-11510070promoter 内 2753-2764 bp - 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 11506315-11508822(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGTGGA
SmilChr01G000781 Chr01 NC_080387.1:17020033-17020044promoter 内 2655-2666 bp - 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 17015675-17018698(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGTGGA
SmilChr03G001759 Chr03 NC_080389.1:23946769-23946780promoter 内 2650-2661 bp - 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 23944449-23945429(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGTGGA
SmilChr05G000006 Chr05 NC_080391.1:23277-23288promoter 内 2606-2617 bp - 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 24672-28103(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGCT
SmilChr02G005466 Chr02 NC_080388.1:74948041-74948052promoter 内 2480-2491 bp + 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 74949562-74959898(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGTGGA
SmilChr01G001689 Chr01 NC_080387.1:31113678-31113689promoter 内 2372-2383 bp + 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 31115307-31115858(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTGGG
SmilChr02G003095 Chr02 NC_080388.1:51824872-51824883promoter 内 2169-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 51826704-51829362(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGTGGA
SmilChr01G003168 Chr01 NC_080387.1:50478754-50478765promoter 内 2165-2176 bp + 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 50470002-50476929(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGCT
SmilChr02G001402 Chr02 NC_080388.1:26608256-26608267promoter 内 1562-1573 bp + 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 26610695-26614264(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGTGGA
SmilChr04G002778 Chr04 NC_080390.1:43589625-43589636promoter 内 1128-1139 bp + 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 43585741-43586763(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCC
SmilChr04G000592 Chr04 NC_080390.1:6617753-6617764promoter 内 920-931 bp - 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 6612261-6614683(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGTGGA
SmilChr01G002226 Chr01 NC_080387.1:38734970-38734981promoter 内 665-676 bp - 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 38725825-38731645(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTGGG
SmilChr01G005348 Chr01 NC_080387.1:70721468-70721479promoter 内 515-526 bp - 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 70724954-70726316(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGCT
SmilChr04G002167 Chr04 NC_080390.1:34959478-34959489promoter 内 333-344 bp + 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 34950420-34955821(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCC
SmilChr04G002413 Chr04 NC_080390.1:38748983-38748994promoter 内 2486-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 38750498-38751793(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCCGACGTGGG
SmilChr02G001367 Chr02 NC_080388.1:25762373-25762384promoter 内 2200-2211 bp + 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 25759521-25760583(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCGGCC
SmilChr03G002934 Chr03 NC_080389.1:46076881-46076892promoter 内 3877-3888 bp + 113 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 46077005-46079177(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCCGACGTGGG
SmilChr03G004709 Chr03 NC_080389.1:64361880-64361891promoter 内 3125-3136 bp - 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 64356548-64361015(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCCGACGTGGG
SmilChr02G000026 Chr02 NC_080388.1:285043-285054promoter 内 3043-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 286001-288799(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCCGACGTGGG
SmilChr01G005773 Chr01 NC_080387.1:73809343-73809354promoter 内 2841-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 8 73803823-73808194(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGG
SmilChr02G000367 Chr02 NC_080388.1:4678328-4678339promoter 内 2707-2718 bp + 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 8 4679622-4684080(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGG
SmilChr02G002564 Chr02 NC_080388.1:44614673-44614684promoter 内 1572-1583 bp - 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 6 44610723-44612255(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGG
SmilChr02G002561 Chr02 NC_080388.1:44559458-44559469promoter 内 1483-1494 bp - 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 6 44555391-44556951(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGG
SmilChr01G004895 Chr01 NC_080387.1:67033879-67033890promoter 内 3791-3802 bp - 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 66999498-67033680(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGG
SmilChr01G004896 Chr01 NC_080387.1:67034543-67034554promoter 内 3777-3788 bp + 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 67034767-67037714(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGG
SmilChr01G004593 Chr01 NC_080387.1:63926674-63926685promoter 内 3410-3421 bp - 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 63923355-63926094(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGG
SmilChr04G000865 Chr04 NC_080390.1:10941490-10941501promoter 内 3392-3403 bp - 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 10937929-10940892(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGG
SmilChr01G004594 Chr01 NC_080387.1:63927600-63927611promoter 内 2439-2450 bp + 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 63929162-63930851(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGG
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SmilChr02G002157 Chr02 NC_080388.1:38797779-38797790promoter 内 3957-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 38797823-38799308(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCACCC
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SmilChr02G004850 Chr02 NC_080388.1:70648192-70648203promoter 内 2557-2568 bp + 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 70649636-70654261(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGG
SmilChr01G004269 Chr01 NC_080387.1:60938808-60938819promoter 内 2263-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 60940546-60943600(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCACCC
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SmilChr01G002431 Chr01 NC_080387.1:41850469-41850480promoter 内 839-850 bp + 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 41845480-41847318(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCACCC
SmilChr02G004694 Chr02 NC_080388.1:69284624-69284635promoter 内 816-827 bp - 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 69287809-69295931(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCACCC
SmilChr03G002693 Chr03 NC_080389.1:42894371-42894382promoter 内 181-192 bp - 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 42898191-42899268(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCACCC
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SmilChr02G001934 Chr02 NC_080388.1:34759315-34759326promoter 内 3381-3392 bp - 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 34757596-34758706(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGG