转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 51 / 119 下载 TSV

上一页 51 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001542 Chr01 NC_080387.1:29438958-29438967promoter 内 3488-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29435888-29438454(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr01G005358 Chr01 NC_080387.1:70801219-70801228promoter 内 3412-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70801808-70804098(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G003908 Chr02 NC_080388.1:61139318-61139327promoter 内 3383-3392 bp + 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 61134789-61138709(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr01G002884 Chr01 NC_080387.1:47460246-47460255promoter 内 3344-3353 bp + 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47456887-47459598(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACTC
SmilChr01G003377 Chr01 NC_080387.1:52457762-52457771promoter 内 3323-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 52451698-52457093(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr01G000865 Chr01 NC_080387.1:18543483-18543492promoter 内 3280-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18544204-18546483(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G000867 Chr01 NC_080387.1:18547334-18547343promoter 内 3280-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18548055-18550334(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G005725 Chr01 NC_080387.1:73403043-73403052promoter 内 3266-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 73403778-73406849(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G001363 Chr01 NC_080387.1:26989907-26989916promoter 内 3262-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 26990646-26992428(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G001495 Chr02 NC_080388.1:27897158-27897167promoter 内 3207-3216 bp - 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 27892569-27896373(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G003369 Chr02 NC_080388.1:54819124-54819133promoter 内 3147-3156 bp + 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 54812407-54818279(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACTC
SmilChr02G003218 Chr02 NC_080388.1:53363017-53363026promoter 内 3106-3115 bp + 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53358199-53362131(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr01G000863 Chr01 NC_080387.1:18539662-18539671promoter 内 3082-3091 bp + 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18540581-18542632(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G003715 Chr01 NC_080387.1:55491555-55491564promoter 内 2988-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55486465-55490551(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr01G002516 Chr01 NC_080387.1:43112462-43112471promoter 内 2983-2992 bp + 1009 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43108249-43111453(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr01G004102 Chr01 NC_080387.1:59501988-59501997promoter 内 2969-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 59491484-59500965(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr01G004038 Chr01 NC_080387.1:58802119-58802128promoter 内 2964-2973 bp - 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58803156-58804120(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACTC
SmilChr02G000975 Chr02 NC_080388.1:17046326-17046335promoter 内 2935-2944 bp - 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 17041698-17045269(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G002144 Chr01 NC_080387.1:37429202-37429211promoter 内 2929-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 37430274-37436163(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACTC
SmilChr02G002026 Chr02 NC_080388.1:36503871-36503880promoter 内 2917-2926 bp + 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 36502182-36502796(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr02G002027 Chr02 NC_080388.1:36507727-36507736promoter 内 2917-2926 bp + 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 36506038-36506652(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr02G002775 Chr02 NC_080388.1:47813414-47813423promoter 内 2907-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47814508-47817471(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G004067 Chr02 NC_080388.1:62958140-62958149promoter 内 2903-2912 bp - 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 62950342-62957051(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G003892 Chr02 NC_080388.1:61014563-61014572promoter 内 2774-2783 bp + 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 61015790-61018966(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G004562 Chr01 NC_080387.1:63700609-63700618promoter 内 2722-2731 bp - 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 63701888-63703925(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACTC
SmilChr01G000836 Chr01 NC_080387.1:18057029-18057038promoter 内 2695-2704 bp + 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18058335-18060262(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G001423 Chr02 NC_080388.1:26828624-26828633promoter 内 2655-2664 bp + 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 26829970-26830536(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G000543 Chr02 NC_080388.1:7497634-7497643promoter 内 2590-2599 bp - 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 7493156-7496232(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G002326 Chr01 NC_080387.1:40352887-40352896promoter 内 2536-2545 bp + 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 40345066-40351431(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr01G002317 Chr01 NC_080387.1:40168527-40168536promoter 内 2519-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 40161020-40167054(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr01G001692 Chr01 NC_080387.1:31145483-31145492promoter 内 2489-2498 bp - 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 31142274-31143980(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G002908 Chr01 NC_080387.1:47799968-47799977promoter 内 2449-2458 bp - 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47797201-47798425(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G001492 Chr01 NC_080387.1:28730162-28730171promoter 内 2412-2421 bp - 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 28731751-28735693(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr01G003928 Chr01 NC_080387.1:57556230-57556239promoter 内 2332-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 57551499-57554570(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr01G002530 Chr01 NC_080387.1:43320512-43320521promoter 内 2283-2292 bp + 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43317510-43318803(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr02G000926 Chr02 NC_080388.1:16101418-16101427promoter 内 2123-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 16103296-16108705(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
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SmilChr01G000866 Chr01 NC_080387.1:18547334-18547343promoter 内 2063-2072 bp + 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18544550-18545405(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr02G001548 Chr02 NC_080388.1:28773124-28773133promoter 内 2032-2041 bp + 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 28775093-28778230(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
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SmilChr01G004812 Chr01 NC_080387.1:66321099-66321108promoter 内 1854-1863 bp - 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 66315769-66318961(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAGTGATTGG
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SmilChr01G002271 Chr01 NC_080387.1:39472904-39472913promoter 内 1396-1405 bp + 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 39475509-39476317(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAGTGATTGG
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SmilChr02G000544 Chr02 NC_080388.1:7497634-7497643promoter 内 1309-1318 bp - 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 7500326-7500844(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG