靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00004943-RA_Salv |
SmilChr07G002937 |
MIKC_MADS | XP_057777490.1 |
MP00096 |
CCAAAAATGGAA |
9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 52 / 161 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr07G000103 |
Chr07 | NC_080393.1:560199-560210promoter 内 190-201 bp |
+ | 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 550201-556399(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr01G004950 |
Chr01 | NC_080387.1:67588280-67588291promoter 内 188-199 bp |
+ | 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 67582362-67584478(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr05G000270 |
Chr05 | NC_080391.1:2078096-2078107promoter 内 180-191 bp |
+ | 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 2081917-2082791(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr05G001914 |
Chr05 | NC_080391.1:19418783-19418794promoter 内 177-188 bp |
+ | 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 19411569-19414970(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr07G004357 |
Chr07 | NC_080393.1:56139492-56139503promoter 内 176-187 bp |
- | 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 56134223-56135678(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr04G002629 |
Chr04 | NC_080390.1:41701217-41701228promoter 内 162-173 bp |
- | 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 41695722-41697389(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr01G003069 |
Chr01 | NC_080387.1:49536243-49536254promoter 内 160-171 bp |
+ | 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 49531191-49532413(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr07G000931 |
Chr07 | NC_080393.1:6642575-6642586promoter 内 158-169 bp |
+ | 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 6636604-6638743(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr04G004018 |
Chr04 | NC_080390.1:55439065-55439076promoter 内 138-149 bp |
- | 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 55434285-55435213(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr06G003258 |
Chr06 | NC_080392.1:45244730-45244741promoter 内 129-140 bp |
+ | 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 45238160-45240869(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr01G003046 |
Chr01 | NC_080387.1:49439426-49439437promoter 内 101-112 bp |
+ | 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 49443326-49448527(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr01G003581 |
Chr01 | NC_080387.1:54382561-54382572promoter 内 101-112 bp |
- | 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 54376761-54378672(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr01G004921 |
Chr01 | NC_080387.1:67290391-67290402promoter 内 96-107 bp |
- | 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 67294296-67303027(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr07G000937 |
Chr07 | NC_080393.1:6695200-6695211promoter 内 79-90 bp |
+ | 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 6687422-6691289(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr01G003233 |
Chr01 | NC_080387.1:51093709-51093720promoter 内 57-68 bp |
+ | 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 51097653-51101873(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr01G002032 |
Chr01 | NC_080387.1:35934437-35934448promoter 内 55-66 bp |
+ | 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 35927524-35930502(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr01G002044 |
Chr01 | NC_080387.1:36173922-36173933promoter 内 40-51 bp |
- | 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 36177883-36180840(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr05G001408 |
Chr05 | NC_080391.1:12692318-12692329promoter 内 29-40 bp |
+ | 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 12696290-12698729(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr07G004347 |
Chr07 | NC_080393.1:56016463-56016474promoter 内 29-40 bp |
- | 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 56008962-56012502(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr05G000129 |
Chr05 | NC_080391.1:1036337-1036348promoter 内 15-26 bp |
- | 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 1040323-1044183(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr05G001849 |
Chr05 | NC_080391.1:18528149-18528160promoter 内 14-25 bp |
+ | 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 18532136-18535671(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr07G003660 |
Chr07 | NC_080393.1:43698249-43698260promoter 内 964-975 bp |
+ | 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 4 | 43701286-43705416(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
SmilChr02G003144 |
Chr02 | NC_080388.1:52448318-52448329promoter 内 2975-2986 bp |
- | 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 3 | 52444223-52447303(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
SmilChr01G004095 |
Chr01 | NC_080387.1:59415692-59415703promoter 内 2461-2472 bp |
+ | 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 3 | 59411201-59414163(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCCTTTTTGG |
SmilChr03G000302 |
Chr03 | NC_080389.1:3452786-3452797promoter 内 2440-2451 bp |
- | 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 3 | 3449974-3451236(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
SmilChr04G002304 |
Chr04 | NC_080390.1:37317790-37317801promoter 内 1752-1763 bp |
- | 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 2 | 37309996-37315552(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
SmilChr05G002252 |
Chr05 | NC_080391.1:24198488-24198499promoter 内 977-988 bp |
+ | 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 2 | 24201512-24211106(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
SmilChr07G003452 |
Chr07 | NC_080393.1:38554700-38554711promoter 内 551-562 bp |
- | 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 2 | 38550287-38551261(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
SmilChr03G001885 |
Chr03 | NC_080389.1:26256015-26256026promoter 内 3339-3350 bp |
- | 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 26247151-26255364(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
SmilChr06G002847 |
Chr06 | NC_080392.1:41236590-41236601promoter 内 3216-3227 bp |
+ | 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 41237375-41240138(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
SmilChr03G002776 |
Chr03 | NC_080389.1:44174474-44174485promoter 内 3184-3195 bp |
- | 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 44165206-44173668(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
SmilChr01G002187 |
Chr01 | NC_080387.1:37992996-37993007promoter 内 2889-2900 bp |
- | 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 37994108-37997497(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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SmilChr07G002736 |
Chr07 | NC_080393.1:26850329-26850340promoter 内 2777-2788 bp |
- | 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 26848535-26849116(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
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Chr03 | NC_080389.1:54971592-54971603promoter 内 2755-2766 bp |
- | 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 54972838-54974617(+) |
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MP00096 |
TCCCCTTTTTGG |
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+ | 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 23199054-23200241(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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SmilChr04G000749 |
Chr04 | NC_080390.1:9178765-9178776promoter 内 2631-2642 bp |
+ | 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 9180135-9181345(+) |
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MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
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Chr04 | NC_080390.1:9189557-9189568promoter 内 2540-2551 bp |
+ | 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 9191018-9192135(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
SmilChr04G001047 |
Chr04 | NC_080390.1:14904265-14904276promoter 内 2366-2377 bp |
- | 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 14905900-14907100(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
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TCCCCTTTTTGG |
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Chr02 | NC_080388.1:54487124-54487135promoter 内 2355-2366 bp |
- | 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 54484798-54485489(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
SmilChr03G002025 |
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- | 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 30360554-30366297(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
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Chr02 | NC_080388.1:59288099-59288110promoter 内 2231-2242 bp |
- | 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 59289869-59293995(+) |
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MP00096 |
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+ | 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 30272237-30276717(-) |
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- | 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 25204447-25208084(+) |
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- | 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 39521694-39524580(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGGA |
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+ | 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 44449679-44454309(-) |
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+ | 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 37490730-37493195(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCCTTTTTGG |
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Chr05 | NC_080391.1:14247153-14247164promoter 内 1070-1081 bp |
+ | 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.8/ 100 | 1 | 14241996-14244233(-) |
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MP00096 |
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