转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 52 / 161 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000103 Chr07 NC_080393.1:560199-560210promoter 内 190-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 550201-556399(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr01G004950 Chr01 NC_080387.1:67588280-67588291promoter 内 188-199 bp + 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 67582362-67584478(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr05G000270 Chr05 NC_080391.1:2078096-2078107promoter 内 180-191 bp + 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 2081917-2082791(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr05G001914 Chr05 NC_080391.1:19418783-19418794promoter 内 177-188 bp + 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 19411569-19414970(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr07G004357 Chr07 NC_080393.1:56139492-56139503promoter 内 176-187 bp - 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 56134223-56135678(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr04G002629 Chr04 NC_080390.1:41701217-41701228promoter 内 162-173 bp - 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 41695722-41697389(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr01G003069 Chr01 NC_080387.1:49536243-49536254promoter 内 160-171 bp + 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 49531191-49532413(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr07G000931 Chr07 NC_080393.1:6642575-6642586promoter 内 158-169 bp + 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 6636604-6638743(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr04G004018 Chr04 NC_080390.1:55439065-55439076promoter 内 138-149 bp - 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 55434285-55435213(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr06G003258 Chr06 NC_080392.1:45244730-45244741promoter 内 129-140 bp + 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 45238160-45240869(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr01G003046 Chr01 NC_080387.1:49439426-49439437promoter 内 101-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 49443326-49448527(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr01G003581 Chr01 NC_080387.1:54382561-54382572promoter 内 101-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 54376761-54378672(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr01G004921 Chr01 NC_080387.1:67290391-67290402promoter 内 96-107 bp - 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 67294296-67303027(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr07G000937 Chr07 NC_080393.1:6695200-6695211promoter 内 79-90 bp + 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 6687422-6691289(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr01G003233 Chr01 NC_080387.1:51093709-51093720promoter 内 57-68 bp + 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 51097653-51101873(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr01G002032 Chr01 NC_080387.1:35934437-35934448promoter 内 55-66 bp + 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 35927524-35930502(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr01G002044 Chr01 NC_080387.1:36173922-36173933promoter 内 40-51 bp - 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 36177883-36180840(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr05G001408 Chr05 NC_080391.1:12692318-12692329promoter 内 29-40 bp + 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 12696290-12698729(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr07G004347 Chr07 NC_080393.1:56016463-56016474promoter 内 29-40 bp - 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 56008962-56012502(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr05G000129 Chr05 NC_080391.1:1036337-1036348promoter 内 15-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 1040323-1044183(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr05G001849 Chr05 NC_080391.1:18528149-18528160promoter 内 14-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 18532136-18535671(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr07G003660 Chr07 NC_080393.1:43698249-43698260promoter 内 964-975 bp + 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 4 43701286-43705416(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr02G003144 Chr02 NC_080388.1:52448318-52448329promoter 内 2975-2986 bp - 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 52444223-52447303(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr01G004095 Chr01 NC_080387.1:59415692-59415703promoter 内 2461-2472 bp + 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 59411201-59414163(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCCTTTTTGG
SmilChr03G000302 Chr03 NC_080389.1:3452786-3452797promoter 内 2440-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 3449974-3451236(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr04G002304 Chr04 NC_080390.1:37317790-37317801promoter 内 1752-1763 bp - 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 37309996-37315552(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr05G002252 Chr05 NC_080391.1:24198488-24198499promoter 内 977-988 bp + 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 24201512-24211106(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr07G003452 Chr07 NC_080393.1:38554700-38554711promoter 内 551-562 bp - 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 38550287-38551261(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr03G001885 Chr03 NC_080389.1:26256015-26256026promoter 内 3339-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 26247151-26255364(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr06G002847 Chr06 NC_080392.1:41236590-41236601promoter 内 3216-3227 bp + 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 41237375-41240138(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr03G002776 Chr03 NC_080389.1:44174474-44174485promoter 内 3184-3195 bp - 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 44165206-44173668(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr01G002187 Chr01 NC_080387.1:37992996-37993007promoter 内 2889-2900 bp - 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 37994108-37997497(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCCTTTTTGG
SmilChr07G002736 Chr07 NC_080393.1:26850329-26850340promoter 内 2777-2788 bp - 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 26848535-26849116(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr03G003630 Chr03 NC_080389.1:54971592-54971603promoter 内 2755-2766 bp - 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 54972838-54974617(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCCTTTTTGG
SmilChr03G001726 Chr03 NC_080389.1:23197712-23197723promoter 内 2659-2670 bp + 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 23199054-23200241(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr04G000749 Chr04 NC_080390.1:9178765-9178776promoter 内 2631-2642 bp + 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 9180135-9181345(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
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