转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 52 / 121 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002193 Chr02 NC_080388.1:39154878-39154892promoter 内 2819-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 39152112-39153710(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACAATT
SmilChr04G002436 Chr04 NC_080390.1:39023087-39023101promoter 内 2619-2633 bp + 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 39020534-39021719(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCGGATTCC
SmilChr03G002123 Chr03 NC_080389.1:33007992-33008006promoter 内 2598-2612 bp + 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 33009395-33015750(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGATTGGATCTGAT
SmilChr02G000945 Chr02 NC_080388.1:16477933-16477947promoter 内 2512-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 16479422-16481071(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACTTTGGATCTGAA
SmilChr01G005729 Chr01 NC_080387.1:73430985-73430999promoter 内 2483-2497 bp - 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 73432503-73439654(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAGTTAT
SmilChr04G002181 Chr04 NC_080390.1:35258648-35258662promoter 内 2420-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 35256032-35257081(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGCTAT
SmilChr02G004811 Chr02 NC_080388.1:70275224-70275238promoter 内 2403-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 70271070-70273640(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAACCAT
SmilChr01G003976 Chr01 NC_080387.1:58201534-58201548promoter 内 2343-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58197199-58199890(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAAGATCTAAATTT
SmilChr04G001064 Chr04 NC_080390.1:15216097-15216111promoter 内 2324-2338 bp + 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 15217774-15219364(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAGCTAGATCCGAT
SmilChr02G001752 Chr02 NC_080388.1:32212245-32212259promoter 内 2320-2334 bp - 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 32208725-32210578(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTCTAGATCTATG
SmilChr04G001728 Chr04 NC_080390.1:28516924-28516938promoter 内 2308-2322 bp - 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 28518617-28519920(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAATAAC
SmilChr03G003261 Chr03 NC_080389.1:50514918-50514932promoter 内 2291-2305 bp - 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 50516628-50517259(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTACAAGT
SmilChr03G002154 Chr03 NC_080389.1:33503555-33503569promoter 内 2123-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 33500480-33501691(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATAGATCTAGACTC
SmilChr03G000409 Chr03 NC_080389.1:4440259-4440273promoter 内 2055-2069 bp - 1932 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4437397-4438327(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTGTGGATCTGAG
SmilChr01G002998 Chr01 NC_080387.1:48931479-48931493promoter 内 1918-1932 bp - 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48927161-48929410(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGCTTAGATCTGGG
SmilChr02G002752 Chr02 NC_080388.1:47547115-47547129promoter 内 1889-1903 bp - 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 47542130-47545017(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATGGGGATCTGAA
SmilChr04G001423 Chr04 NC_080390.1:23184908-23184922promoter 内 1822-1836 bp - 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 23180828-23182743(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTCCAAATCTGAA
SmilChr01G005275 Chr01 NC_080387.1:70180008-70180022promoter 内 1676-1690 bp + 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 70176878-70177697(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCGGATCTAGGCCC
SmilChr04G001727 Chr04 NC_080390.1:28516924-28516938promoter 内 1526-1540 bp - 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 28512736-28514463(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTATTAGATCTGAA
SmilChr04G000854 Chr04 NC_080390.1:10808870-10808884promoter 内 1487-1501 bp - 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 10801464-10806370(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGCACGGATCTGAT
SmilChr04G002435 Chr04 NC_080390.1:39023087-39023101promoter 内 1358-1372 bp + 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 39018844-39020458(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCGGATTCC
SmilChr03G000214 Chr03 NC_080389.1:2502671-2502685promoter 内 1342-1356 bp + 2645 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2496980-2500026(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCACAAAT
SmilChr02G000180 Chr02 NC_080388.1:2298004-2298018promoter 内 1315-1329 bp + 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2300690-2304986(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGATTGGATCTGAT
SmilChr03G002443 Chr03 NC_080389.1:38826181-38826195promoter 内 1288-1302 bp + 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 38828894-38831374(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGACGGATCTGAT
SmilChr03G004565 Chr03 NC_080389.1:63577210-63577224promoter 内 1279-1293 bp + 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 63579932-63587672(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTAATAGATCTGGT
SmilChr05G001156 Chr05 NC_080391.1:9689257-9689271promoter 内 1047-1061 bp + 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9692211-9693771(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACTTTGGATCTGAA
SmilChr03G000066 Chr03 NC_080389.1:737982-737996promoter 内 1043-1057 bp - 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 734422-735038(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGATTGGATCTGAT
SmilChr02G004962 Chr02 NC_080388.1:71549689-71549703promoter 内 768-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 71542073-71546470(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTATTGAGATCTGAA
SmilChr02G001813 Chr02 NC_080388.1:32967554-32967568promoter 内 580-594 bp - 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 32970975-32982329(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCAACTC
SmilChr03G000342 Chr03 NC_080389.1:3883831-3883845promoter 内 501-515 bp - 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3872530-3880345(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTGTGGATCTGAG
SmilChr03G000215 Chr03 NC_080389.1:2502671-2502685promoter 内 483-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2506189-2515083(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTGTGGATCTGAG
SmilChr03G000446 Chr03 NC_080389.1:4792912-4792926promoter 内 430-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4785436-4789355(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGTCTAGATCTAAG
SmilChr01G002318 Chr01 NC_080387.1:40206238-40206252promoter 内 378-392 bp - 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 40209861-40213027(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCAACTC
SmilChr01G002307 Chr01 NC_080387.1:40000305-40000319promoter 内 374-388 bp - 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 40003932-40007099(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCAACTC
SmilChr03G002949 Chr03 NC_080389.1:46209349-46209363promoter 内 358-372 bp - 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 46212992-46223199(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAAATAT
SmilChr02G000946 Chr02 NC_080388.1:16477933-16477947promoter 内 258-272 bp + 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 16481676-16483898(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACTTTGGATCTGAA
SmilChr03G003263 Chr03 NC_080389.1:50542663-50542677promoter 内 123-137 bp + 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 50546541-50558684(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGTAGATCTTGG
SmilChr01G003880 Chr01 NC_080387.1:57136550-57136564promoter 内 18-32 bp - 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 57127031-57132581(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATGCTAGATCTGAA
SmilChr02G001536 Chr02 NC_080388.1:28602044-28602058promoter 内 2544-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 9 28603501-28604426(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACTGCC
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SmilChr02G001533 Chr02 NC_080388.1:28602044-28602058promoter 内 968-982 bp - 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 8 28598548-28599025(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGTGGATCTGAT
SmilChr05G001635 Chr05 NC_080391.1:15280819-15280833promoter 内 3170-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 7 15281650-15283298(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCGCC
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SmilChr02G004064 Chr02 NC_080388.1:62944167-62944181promoter 内 1748-1762 bp + 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 7 62939108-62941928(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCGCC
SmilChr03G002766 Chr03 NC_080389.1:43996896-43996910promoter 内 1533-1547 bp - 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 7 43999364-44002933(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACTGCC
SmilChr02G002667 Chr02 NC_080388.1:46172811-46172825promoter 内 1028-1042 bp - 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 7 46175784-46176869(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACTGCC
SmilChr02G001707 Chr02 NC_080388.1:31397601-31397615promoter 内 257-271 bp + 3730 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 7 31389619-31393871(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCGCC
SmilChr01G003013 Chr01 NC_080387.1:49168398-49168412promoter 内 3429-3443 bp - 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 6 49168970-49169650(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCGCC
SmilChr04G003558 Chr04 NC_080390.1:51966836-51966850promoter 内 3348-3362 bp + 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 6 51959817-51966197(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCGCC
SmilChr04G001642 Chr04 NC_080390.1:27349069-27349083promoter 内 3007-3021 bp - 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 6 27341801-27348089(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGGT