靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00006712-RA_Salv |
SmilChr05G002364 |
WRKY | XP_057809766.1 |
MP00069 |
AGTCAACG |
9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 53 / 158 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr07G001423 |
Chr07 | NC_080393.1:11058446-11058453promoter 内 882-889 bp |
+ | 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 11061565-11062574(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr05G003220 |
Chr05 | NC_080391.1:41314590-41314597promoter 内 881-888 bp |
+ | 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 41317710-41319903(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr04G000891 |
Chr04 | NC_080390.1:11430433-11430440promoter 内 859-866 bp |
+ | 3135 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 11425226-11427298(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr01G004030 |
Chr01 | NC_080387.1:58709429-58709436promoter 内 858-865 bp |
- | 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 58706212-58706293(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr05G000160 |
Chr05 | NC_080391.1:1316858-1316865promoter 内 858-865 bp |
+ | 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 1277552-1313722(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr03G001532 |
Chr03 | NC_080389.1:19128377-19128384promoter 内 854-861 bp |
+ | 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 19123567-19125237(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr03G003266 |
Chr03 | NC_080389.1:50588775-50588782promoter 内 836-843 bp |
- | 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 50591940-50592010(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr01G002240 |
Chr01 | NC_080387.1:38946145-38946152promoter 内 833-840 bp |
- | 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 38949313-38953240(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr03G001140 |
Chr03 | NC_080389.1:13138766-13138773promoter 内 830-837 bp |
+ | 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 13130690-13135602(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr03G000552 |
Chr03 | NC_080389.1:5971650-5971657promoter 内 828-835 bp |
- | 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 5974823-5979533(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr05G004322 |
Chr05 | NC_080391.1:56866917-56866924promoter 内 821-828 bp |
- | 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 56870097-56873703(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr02G003858 |
Chr02 | NC_080388.1:60375685-60375692promoter 内 802-809 bp |
- | 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 60369218-60372493(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr05G004397 |
Chr05 | NC_080391.1:57397297-57397304promoter 内 802-809 bp |
+ | 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 57400496-57401676(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr06G001720 |
Chr06 | NC_080392.1:19826465-19826472promoter 内 799-806 bp |
+ | 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 19815104-19823270(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr02G004806 |
Chr02 | NC_080388.1:70233890-70233897promoter 内 797-804 bp |
+ | 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 70225492-70230693(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr03G001503 |
Chr03 | NC_080389.1:18390521-18390528promoter 内 789-796 bp |
- | 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 18383325-18387316(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr07G000091 |
Chr07 | NC_080393.1:500438-500445promoter 内 788-795 bp |
+ | 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 494687-497232(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr03G001790 |
Chr03 | NC_080389.1:24424061-24424068promoter 内 780-787 bp |
+ | 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 24427282-24429690(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr02G001363 |
Chr02 | NC_080388.1:25617207-25617214promoter 内 779-786 bp |
+ | 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 25607442-25613992(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr07G000711 |
Chr07 | NC_080393.1:4947117-4947124promoter 内 774-781 bp |
- | 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 4950344-4956140(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr02G002305 |
Chr02 | NC_080388.1:40671506-40671513promoter 内 768-775 bp |
- | 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 40666821-40668280(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr04G000698 |
Chr04 | NC_080390.1:8149179-8149186promoter 内 767-774 bp |
- | 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 8141791-8145952(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr01G006042 |
Chr01 | NC_080387.1:75947799-75947806promoter 内 758-765 bp |
- | 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 75951042-75951501(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr05G002355 |
Chr05 | NC_080391.1:25579829-25579836promoter 内 754-761 bp |
+ | 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 25575033-25576589(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr03G002814 |
Chr03 | NC_080389.1:44601948-44601955promoter 内 746-753 bp |
- | 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 44605203-44609089(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr04G000465 |
Chr04 | NC_080390.1:4969465-4969472promoter 内 746-753 bp |
+ | 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 4958936-4966217(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr01G000832 |
Chr01 | NC_080387.1:17938293-17938300promoter 内 737-744 bp |
+ | 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 17917246-17935036(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr04G000414 |
Chr04 | NC_080390.1:4343365-4343372promoter 内 733-740 bp |
- | 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 4339745-4340104(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr07G001989 |
Chr07 | NC_080393.1:17545769-17545776promoter 内 732-739 bp |
+ | 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 17549038-17550004(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr02G003642 |
Chr02 | NC_080388.1:57776800-57776807promoter 内 729-736 bp |
+ | 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 57770884-57773535(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr07G003682 |
Chr07 | NC_080393.1:44276997-44277004promoter 内 722-729 bp |
- | 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 44280276-44280381(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr06G002284 |
Chr06 | NC_080392.1:32863082-32863089promoter 内 719-726 bp |
+ | 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 32859702-32859807(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr01G003977 |
Chr01 | NC_080387.1:58226000-58226007promoter 内 717-724 bp |
- | 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 58229284-58236430(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
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Chr02 | NC_080388.1:18486546-18486553promoter 内 711-718 bp |
+ | 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 18489836-18489909(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
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Chr04 | NC_080390.1:22273203-22273210promoter 内 709-716 bp |
+ | 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 22251609-22269918(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr04G003877 |
Chr04 | NC_080390.1:54637908-54637915promoter 内 703-710 bp |
- | 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 54634544-54634617(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
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Chr02 | NC_080388.1:73208559-73208566promoter 内 698-705 bp |
- | 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 73211862-73215804(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr05G002295 |
Chr05 | NC_080391.1:24787781-24787788promoter 内 695-702 bp |
- | 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 24783298-24784482(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
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Chr03 | NC_080389.1:32044267-32044274promoter 内 688-695 bp |
+ | 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 32047580-32052217(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr04G003322 |
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- | 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 49958649-49963012(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
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Chr01 | NC_080387.1:59707829-59707836promoter 内 683-690 bp |
- | 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 59711147-59712513(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
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+ | 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 69943037-69945789(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr01G003201 |
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- | 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 50787651-50788924(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
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+ | 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 50895559-50897121(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
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CGTTGACC |
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+ | 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 2040942-2043017(+) |
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GGTCAACG |
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- | 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 59662715-59670497(-) |
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GGTCAACG |
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CGTTGACC |
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- | 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 3405595-3409470(-) |
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MP00069 |
GGTCAACG |