转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006712-RA_Salv SmilChr05G002364 WRKY XP_057809766.1 MP00069 AGTCAACG

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 53 / 158 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001423 Chr07 NC_080393.1:11058446-11058453promoter 内 882-889 bp + 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 11061565-11062574(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr05G003220 Chr05 NC_080391.1:41314590-41314597promoter 内 881-888 bp + 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 41317710-41319903(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G000891 Chr04 NC_080390.1:11430433-11430440promoter 内 859-866 bp + 3135 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 11425226-11427298(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G004030 Chr01 NC_080387.1:58709429-58709436promoter 内 858-865 bp - 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 58706212-58706293(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr05G000160 Chr05 NC_080391.1:1316858-1316865promoter 内 858-865 bp + 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 1277552-1313722(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G001532 Chr03 NC_080389.1:19128377-19128384promoter 内 854-861 bp + 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 19123567-19125237(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G003266 Chr03 NC_080389.1:50588775-50588782promoter 内 836-843 bp - 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 50591940-50592010(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G002240 Chr01 NC_080387.1:38946145-38946152promoter 内 833-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 38949313-38953240(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G001140 Chr03 NC_080389.1:13138766-13138773promoter 内 830-837 bp + 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 13130690-13135602(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G000552 Chr03 NC_080389.1:5971650-5971657promoter 内 828-835 bp - 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 5974823-5979533(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr05G004322 Chr05 NC_080391.1:56866917-56866924promoter 内 821-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 56870097-56873703(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr02G003858 Chr02 NC_080388.1:60375685-60375692promoter 内 802-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 60369218-60372493(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr05G004397 Chr05 NC_080391.1:57397297-57397304promoter 内 802-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 57400496-57401676(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr06G001720 Chr06 NC_080392.1:19826465-19826472promoter 内 799-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 19815104-19823270(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr02G004806 Chr02 NC_080388.1:70233890-70233897promoter 内 797-804 bp + 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 70225492-70230693(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G001503 Chr03 NC_080389.1:18390521-18390528promoter 内 789-796 bp - 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 18383325-18387316(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G000091 Chr07 NC_080393.1:500438-500445promoter 内 788-795 bp + 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 494687-497232(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G001790 Chr03 NC_080389.1:24424061-24424068promoter 内 780-787 bp + 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 24427282-24429690(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr02G001363 Chr02 NC_080388.1:25617207-25617214promoter 内 779-786 bp + 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 25607442-25613992(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr07G000711 Chr07 NC_080393.1:4947117-4947124promoter 内 774-781 bp - 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 4950344-4956140(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr02G002305 Chr02 NC_080388.1:40671506-40671513promoter 内 768-775 bp - 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 40666821-40668280(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G000698 Chr04 NC_080390.1:8149179-8149186promoter 内 767-774 bp - 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 8141791-8145952(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr01G006042 Chr01 NC_080387.1:75947799-75947806promoter 内 758-765 bp - 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 75951042-75951501(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr05G002355 Chr05 NC_080391.1:25579829-25579836promoter 内 754-761 bp + 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 25575033-25576589(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G002814 Chr03 NC_080389.1:44601948-44601955promoter 内 746-753 bp - 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 44605203-44609089(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr04G000465 Chr04 NC_080390.1:4969465-4969472promoter 内 746-753 bp + 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 4958936-4966217(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G000832 Chr01 NC_080387.1:17938293-17938300promoter 内 737-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 17917246-17935036(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr04G000414 Chr04 NC_080390.1:4343365-4343372promoter 内 733-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 4339745-4340104(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G001989 Chr07 NC_080393.1:17545769-17545776promoter 内 732-739 bp + 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 17549038-17550004(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr02G003642 Chr02 NC_080388.1:57776800-57776807promoter 内 729-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 57770884-57773535(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr07G003682 Chr07 NC_080393.1:44276997-44277004promoter 内 722-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 44280276-44280381(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr06G002284 Chr06 NC_080392.1:32863082-32863089promoter 内 719-726 bp + 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 32859702-32859807(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G003977 Chr01 NC_080387.1:58226000-58226007promoter 内 717-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 58229284-58236430(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr02G001040 Chr02 NC_080388.1:18486546-18486553promoter 内 711-718 bp + 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 18489836-18489909(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G001371 Chr04 NC_080390.1:22273203-22273210promoter 内 709-716 bp + 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 22251609-22269918(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr04G003877 Chr04 NC_080390.1:54637908-54637915promoter 内 703-710 bp - 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 54634544-54634617(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr02G005195 Chr02 NC_080388.1:73208559-73208566promoter 内 698-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 73211862-73215804(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
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