转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 53 / 160 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000750 Chr02 NC_080388.1:12196059-12196069promoter 内 1619-1629 bp + 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 12192296-12193687(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATGTTACGTGA
SmilChr04G003389 Chr04 NC_080390.1:50441149-50441159promoter 内 1556-1566 bp + 2435 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 50443594-50446240(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr02G001153 Chr02 NC_080388.1:21005032-21005042promoter 内 1528-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 20997549-21002569(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAACAG
SmilChr05G001390 Chr05 NC_080391.1:12458981-12458991promoter 内 1517-1527 bp - 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 12461465-12462124(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGGTTACGTCC
SmilChr01G003056 Chr01 NC_080387.1:49474203-49474213promoter 内 1494-1504 bp - 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 49471634-49471706(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr04G003626 Chr04 NC_080390.1:52741982-52741992promoter 内 1474-1484 bp + 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 52744509-52747697(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAATG
SmilChr02G005571 Chr02 NC_080388.1:75595274-75595284promoter 内 1453-1463 bp + 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 75597822-75602866(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr04G002330 Chr04 NC_080390.1:37613264-37613274promoter 内 1433-1443 bp + 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 37604249-37610706(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAAATACGTGT
SmilChr02G004345 Chr02 NC_080388.1:65732595-65732605promoter 内 1423-1433 bp + 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 65735173-65737350(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr06G000519 Chr06 NC_080392.1:4287180-4287190promoter 内 1422-1432 bp + 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4281287-4284611(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATGTTACGTGA
SmilChr04G003427 Chr04 NC_080390.1:50858361-50858371promoter 内 1400-1410 bp + 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 50860962-50865188(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACCA
SmilChr01G004607 Chr01 NC_080387.1:64044245-64044255promoter 内 1365-1375 bp + 2626 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64046881-64049414(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACCA
SmilChr05G000491 Chr05 NC_080391.1:3845021-3845031promoter 内 1359-1369 bp + 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3847663-3848112(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr04G000987 Chr04 NC_080390.1:13378293-13378303promoter 内 1351-1361 bp + 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 13380943-13382095(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACCA
SmilChr01G004964 Chr01 NC_080387.1:67717132-67717142promoter 内 1333-1343 bp + 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 67709037-67714474(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TGGTTACGTCC
SmilChr05G000828 Chr05 NC_080391.1:6489670-6489680promoter 内 1332-1342 bp - 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 6492339-6495681(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CATTTACGTGT
SmilChr05G002209 Chr05 NC_080391.1:23552184-23552194promoter 内 1297-1307 bp - 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 23554888-23560180(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAAATACGTGT
SmilChr04G002823 Chr04 NC_080390.1:44291218-44291228promoter 内 1278-1288 bp - 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 44293941-44295977(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CATTTACGTGT
SmilChr01G003055 Chr01 NC_080387.1:49474203-49474213promoter 内 1274-1284 bp - 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 49471408-49471486(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr05G002489 Chr05 NC_080391.1:27558795-27558805promoter 内 1256-1266 bp - 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 27553040-27556060(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACCA
SmilChr05G002074 Chr05 NC_080391.1:21651540-21651550promoter 内 1227-1237 bp - 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 21641784-21648776(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACCA
SmilChr05G000555 Chr05 NC_080391.1:4186425-4186435promoter 内 1208-1218 bp + 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4181326-4183642(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAAATACGTGT
SmilChr01G000089 Chr01 NC_080387.1:1643080-1643090promoter 内 1194-1204 bp + 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1638153-1640283(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAAATACGTGT
SmilChr01G000992 Chr01 NC_080387.1:20951825-20951835promoter 内 1121-1131 bp - 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 20948335-20948955(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAACAT
SmilChr05G001431 Chr05 NC_080391.1:13033385-13033395promoter 内 1092-1102 bp - 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 13027345-13030486(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAACAG
SmilChr02G005112 Chr02 NC_080388.1:72646752-72646762promoter 内 1071-1081 bp - 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 72633139-72643832(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACCA
SmilChr05G001325 Chr05 NC_080391.1:11415303-11415313promoter 内 1068-1078 bp - 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 11418236-11421906(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAAATACGTGT
SmilChr05G002444 Chr05 NC_080391.1:26930022-26930032promoter 内 1021-1031 bp - 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 26919557-26927052(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAACAG
SmilChr05G000522 Chr05 NC_080391.1:4005419-4005429promoter 内 1015-1025 bp + 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4008405-4011669(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr04G002456 Chr04 NC_080390.1:39327849-39327859promoter 内 1006-1016 bp - 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 39321217-39324864(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACCA
SmilChr01G004325 Chr01 NC_080387.1:61410827-61410837promoter 内 1003-1013 bp + 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 61404681-61407839(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAAATACGTGT
SmilChr02G000636 Chr02 NC_080388.1:9616024-9616034promoter 内 987-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9619038-9620598(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACCA
SmilChr01G003054 Chr01 NC_080387.1:49474203-49474213promoter 内 964-974 bp - 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 49471092-49471176(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTT
SmilChr05G003545 Chr05 NC_080391.1:47312593-47312603promoter 内 921-931 bp + 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47315673-47319918(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACCA
SmilChr03G000930 Chr03 NC_080389.1:10617438-10617448promoter 内 918-928 bp - 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 10620521-10654750(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CATTTACGTGT
SmilChr01G000272 Chr01 NC_080387.1:5411102-5411112promoter 内 896-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 5414207-5415073(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAAATACGTGT
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