靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00022202-RA_Salv |
SmilChr02G005502 |
bHLH | XP_057792768.1 |
MP00082 |
TCACGTGG |
9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 54 / 136 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G000932 |
Chr02 | NC_080388.1:16245880-16245887promoter 内 1278-1285 bp |
- | 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 16239087-16243164(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G000523 |
Chr01 | NC_080387.1:10683900-10683907promoter 内 1275-1282 bp |
+ | 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 10686626-10688072(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G000094 |
Chr07 | NC_080393.1:511170-511177promoter 内 1275-1282 bp |
+ | 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 513896-516133(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G003922 |
Chr02 | NC_080388.1:61289366-61289373promoter 内 1271-1278 bp |
+ | 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 61292096-61295382(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G000416 |
Chr05 | NC_080391.1:3147571-3147578promoter 内 1262-1269 bp |
- | 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 3143893-3144839(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G000952 |
Chr05 | NC_080391.1:7681954-7681961promoter 内 1261-1268 bp |
+ | 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 7684694-7690010(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr03G002598 |
Chr03 | NC_080389.1:41277547-41277554promoter 内 1250-1257 bp |
+ | 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 41280298-41281218(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr04G003010 |
Chr04 | NC_080390.1:46489258-46489265promoter 内 1247-1254 bp |
+ | 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 46492012-46494195(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr04G002467 |
Chr04 | NC_080390.1:39496065-39496072promoter 内 1237-1244 bp |
+ | 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 39498829-39500814(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr06G000619 |
Chr06 | NC_080392.1:5412070-5412077promoter 内 1236-1243 bp |
- | 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 5403941-5409312(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G001639 |
Chr02 | NC_080388.1:30410694-30410701promoter 内 1233-1240 bp |
+ | 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 30413462-30415790(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G001555 |
Chr01 | NC_080387.1:29586213-29586220promoter 内 1231-1238 bp |
- | 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 29580482-29583450(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr08G001883 |
Chr08 | NC_080394.1:16350171-16350178promoter 内 1229-1236 bp |
+ | 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 16352943-16355408(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr04G001725 |
Chr04 | NC_080390.1:28494223-28494230promoter 内 1221-1228 bp |
+ | 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 28497003-28503721(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G003818 |
Chr02 | NC_080388.1:59808700-59808707promoter 内 1219-1226 bp |
+ | 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 59811482-59814508(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G004343 |
Chr07 | NC_080393.1:55973993-55974000promoter 内 1216-1223 bp |
- | 2778 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 55970074-55971215(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr03G002575 |
Chr03 | NC_080389.1:40975575-40975582promoter 内 1215-1222 bp |
- | 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 40971049-40972796(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr08G004284 |
Chr08 | NC_080394.1:52488736-52488743promoter 内 1215-1222 bp |
- | 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 52482008-52485957(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G000874 |
Chr02 | NC_080388.1:15069127-15069134promoter 内 1208-1215 bp |
+ | 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 15071920-15075086(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr03G002385 |
Chr03 | NC_080389.1:37775627-37775634promoter 内 1208-1215 bp |
- | 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 37770658-37772841(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr08G004105 |
Chr08 | NC_080394.1:49832823-49832830promoter 内 1206-1213 bp |
- | 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 49828661-49830035(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G004329 |
Chr02 | NC_080388.1:65565228-65565235promoter 内 1193-1200 bp |
+ | 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 65568036-65572115(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G001996 |
Chr07 | NC_080393.1:17660285-17660292promoter 内 1193-1200 bp |
+ | 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 17663093-17666671(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G001779 |
Chr01 | NC_080387.1:32683964-32683971promoter 内 1189-1196 bp |
+ | 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 32686776-32690199(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G000623 |
Chr02 | NC_080388.1:9220491-9220498promoter 内 1184-1191 bp |
- | 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 9216415-9217681(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G001932 |
Chr07 | NC_080393.1:16735960-16735967promoter 内 1184-1191 bp |
- | 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 16732461-16733150(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr03G004613 |
Chr03 | NC_080389.1:63852438-63852445promoter 内 1179-1186 bp |
- | 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 63845222-63849623(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G002465 |
Chr05 | NC_080391.1:27165996-27166003promoter 内 1177-1184 bp |
+ | 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 27168820-27171929(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr06G000162 |
Chr06 | NC_080392.1:1138030-1138037promoter 内 1171-1178 bp |
- | 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 1132361-1135207(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
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+ | 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 51388382-51391111(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G004487 |
Chr07 | NC_080393.1:57413205-57413212promoter 内 1163-1170 bp |
- | 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 57406379-57410374(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
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- | 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 45857706-45859657(-) |
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- | 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 63839534-63849597(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
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- | 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 4490669-4491744(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
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SMil_00022202-RA_Salv |
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SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
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SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
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SMil_00022202-RA_Salv |
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SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
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SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
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SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
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SMil_00022202-RA_Salv |
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SMil_00022202-RA_Salv |
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SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
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MP00082 |
CCACGTGG |