转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022202-RA_Salv SmilChr02G005502 bHLH XP_057792768.1 MP00082 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 54 / 136 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000932 Chr02 NC_080388.1:16245880-16245887promoter 内 1278-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 16239087-16243164(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G000523 Chr01 NC_080387.1:10683900-10683907promoter 内 1275-1282 bp + 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 10686626-10688072(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G000094 Chr07 NC_080393.1:511170-511177promoter 内 1275-1282 bp + 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 513896-516133(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G003922 Chr02 NC_080388.1:61289366-61289373promoter 内 1271-1278 bp + 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 61292096-61295382(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G000416 Chr05 NC_080391.1:3147571-3147578promoter 内 1262-1269 bp - 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 3143893-3144839(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G000952 Chr05 NC_080391.1:7681954-7681961promoter 内 1261-1268 bp + 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 7684694-7690010(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G002598 Chr03 NC_080389.1:41277547-41277554promoter 内 1250-1257 bp + 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 41280298-41281218(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G003010 Chr04 NC_080390.1:46489258-46489265promoter 内 1247-1254 bp + 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 46492012-46494195(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G002467 Chr04 NC_080390.1:39496065-39496072promoter 内 1237-1244 bp + 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 39498829-39500814(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr06G000619 Chr06 NC_080392.1:5412070-5412077promoter 内 1236-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 5403941-5409312(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G001639 Chr02 NC_080388.1:30410694-30410701promoter 内 1233-1240 bp + 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 30413462-30415790(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G001555 Chr01 NC_080387.1:29586213-29586220promoter 内 1231-1238 bp - 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 29580482-29583450(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr08G001883 Chr08 NC_080394.1:16350171-16350178promoter 内 1229-1236 bp + 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 16352943-16355408(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G001725 Chr04 NC_080390.1:28494223-28494230promoter 内 1221-1228 bp + 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 28497003-28503721(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G003818 Chr02 NC_080388.1:59808700-59808707promoter 内 1219-1226 bp + 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 59811482-59814508(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G004343 Chr07 NC_080393.1:55973993-55974000promoter 内 1216-1223 bp - 2778 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 55970074-55971215(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G002575 Chr03 NC_080389.1:40975575-40975582promoter 内 1215-1222 bp - 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 40971049-40972796(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr08G004284 Chr08 NC_080394.1:52488736-52488743promoter 内 1215-1222 bp - 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 52482008-52485957(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G000874 Chr02 NC_080388.1:15069127-15069134promoter 内 1208-1215 bp + 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 15071920-15075086(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G002385 Chr03 NC_080389.1:37775627-37775634promoter 内 1208-1215 bp - 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 37770658-37772841(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr08G004105 Chr08 NC_080394.1:49832823-49832830promoter 内 1206-1213 bp - 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 49828661-49830035(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G004329 Chr02 NC_080388.1:65565228-65565235promoter 内 1193-1200 bp + 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 65568036-65572115(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G001996 Chr07 NC_080393.1:17660285-17660292promoter 内 1193-1200 bp + 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 17663093-17666671(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G001779 Chr01 NC_080387.1:32683964-32683971promoter 内 1189-1196 bp + 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 32686776-32690199(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G000623 Chr02 NC_080388.1:9220491-9220498promoter 内 1184-1191 bp - 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 9216415-9217681(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G001932 Chr07 NC_080393.1:16735960-16735967promoter 内 1184-1191 bp - 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 16732461-16733150(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G004613 Chr03 NC_080389.1:63852438-63852445promoter 内 1179-1186 bp - 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 63845222-63849623(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G002465 Chr05 NC_080391.1:27165996-27166003promoter 内 1177-1184 bp + 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 27168820-27171929(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr06G000162 Chr06 NC_080392.1:1138030-1138037promoter 内 1171-1178 bp - 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 1132361-1135207(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G003497 Chr04 NC_080390.1:51385551-51385558promoter 内 1170-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 51388382-51391111(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G004487 Chr07 NC_080393.1:57413205-57413212promoter 内 1163-1170 bp - 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 57406379-57410374(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G003758 Chr07 NC_080393.1:45862494-45862501promoter 内 1157-1164 bp - 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 45857706-45859657(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G004612 Chr03 NC_080389.1:63852438-63852445promoter 内 1153-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 63839534-63849597(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G004870 Chr01 NC_080387.1:66829797-66829804promoter 内 1141-1148 bp - 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 66825406-66826944(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G000423 Chr04 NC_080390.1:4494597-4494604promoter 内 1141-1148 bp - 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 4490669-4491744(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G002080 Chr05 NC_080391.1:21738107-21738114promoter 内 1140-1147 bp + 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 21740968-21743967(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
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