转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 54 / 144 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002084 Chr01 NC_080387.1:36784116-36784130promoter 内 1995-2009 bp + 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 36778082-36782124(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr01G002474 Chr01 NC_080387.1:42482400-42482414promoter 内 1955-1969 bp - 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 42484446-42486418(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr03G003717 Chr03 NC_080389.1:56192399-56192413promoter 内 1916-1930 bp - 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 56194484-56195972(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr01G002933 Chr01 NC_080387.1:48098918-48098932promoter 内 1906-1920 bp + 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 48101013-48104429(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTTTCCTTTTTAGG
SmilChr02G005451 Chr02 NC_080388.1:74859838-74859852promoter 内 1864-1878 bp + 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 74853044-74857715(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr03G002673 Chr03 NC_080389.1:42445374-42445388promoter 内 1646-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 42447729-42447802(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTATTTGG
SmilChr01G005672 Chr01 NC_080387.1:72991501-72991515promoter 内 1464-1478 bp + 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 72994038-72995363(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
SmilChr01G001577 Chr01 NC_080387.1:29802644-29802658promoter 内 1362-1376 bp + 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 29805283-29805478(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
SmilChr03G002699 Chr03 NC_080389.1:42967110-42967124promoter 内 1300-1314 bp + 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 42956058-42964423(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAATCGGGAAAGT
SmilChr01G002797 Chr01 NC_080387.1:46464282-46464296promoter 内 1173-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 46458193-46461468(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr02G004791 Chr02 NC_080388.1:70110574-70110588promoter 内 1131-1145 bp + 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 70113444-70114579(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
SmilChr05G001715 Chr05 NC_080391.1:16420386-16420400promoter 内 1028-1042 bp - 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 16423359-16426134(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr04G002462 Chr04 NC_080390.1:39448756-39448770promoter 内 834-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 39443057-39445603(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr01G003484 Chr01 NC_080387.1:53403362-53403376promoter 内 825-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 53406538-53412592(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
SmilChr03G003503 Chr03 NC_080389.1:53642346-53642360promoter 内 743-757 bp + 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 53645604-53647041(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
SmilChr02G004400 Chr02 NC_080388.1:66347629-66347643promoter 内 742-756 bp + 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 66341746-66344384(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCATAAAGGAAAGT
SmilChr03G002672 Chr03 NC_080389.1:42445374-42445388promoter 内 520-534 bp + 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 42440658-42441907(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAATAAGGAAACA
SmilChr02G005452 Chr02 NC_080388.1:74859838-74859852promoter 内 393-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 74863446-74865599(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
SmilChr01G005917 Chr01 NC_080387.1:75002573-75002587promoter 内 357-371 bp - 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 75006217-75008694(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr02G004593 Chr02 NC_080388.1:68445447-68445461promoter 内 347-361 bp + 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 68441736-68441807(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr06G001073 Chr06 NC_080392.1:10639083-10639097promoter 内 207-221 bp + 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 10642877-10648034(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
SmilChr01G004921 Chr01 NC_080387.1:67290388-67290402promoter 内 93-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 67294296-67303027(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
SmilChr03G000108 Chr03 NC_080389.1:1196953-1196967promoter 内 3966-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 1196988-1201006(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTGCCTTTTTTGG
SmilChr03G003488 Chr03 NC_080389.1:53449355-53449369promoter 内 3935-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 53449421-53456826(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr05G002791 Chr05 NC_080391.1:32642087-32642101promoter 内 3886-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 32642202-32646200(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr01G004989 Chr01 NC_080387.1:67923591-67923605promoter 内 3881-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 67920755-67923485(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCTAAAAAGGAAAAT
SmilChr01G005534 Chr01 NC_080387.1:72177856-72177870promoter 内 3819-3833 bp - 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 72178038-72180187(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr01G004975 Chr01 NC_080387.1:67826079-67826093promoter 内 3769-3783 bp + 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 67826311-67826811(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
SmilChr02G000032 Chr02 NC_080388.1:392944-392958promoter 内 3710-3724 bp + 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 393235-397954(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
SmilChr02G004425 Chr02 NC_080388.1:66585906-66585920promoter 内 3687-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 66586220-66589870(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr06G000762 Chr06 NC_080392.1:7068280-7068294promoter 内 3684-3698 bp + 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 7058574-7067977(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr04G003674 Chr04 NC_080390.1:53202097-53202111promoter 内 3679-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 53200836-53201789(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
SmilChr02G001707 Chr02 NC_080388.1:31394277-31394291promoter 内 3581-3595 bp - 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 31389619-31393871(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
SmilChr06G000640 Chr06 NC_080392.1:5656737-5656751promoter 内 3559-3573 bp - 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 5657179-5660413(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr05G004241 Chr05 NC_080391.1:56227220-56227234promoter 内 3558-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 56227663-56233013(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAATG
SmilChr02G002892 Chr02 NC_080388.1:49211016-49211030promoter 内 3548-3562 bp + 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 49211469-49213739(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTTGG
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