转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005238; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002845-RA_Salv SmilChr02G005238 SBP XP_057792594.1 MP00634 TTGTACGGAC

可能结合的靶基因

7771 个结合位点 6619 个候选靶基因 第 55 / 133 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002458 Chr01 NC_080387.1:42202006-42202015promoter 内 3373-3382 bp + 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 42202634-42205023(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGGG
SmilChr05G004314 Chr05 NC_080391.1:56820469-56820478promoter 内 3360-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 56815912-56819837(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CCCCGTACAG
SmilChr05G001484 Chr05 NC_080391.1:13615864-13615873promoter 内 3299-3308 bp - 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 13607279-13615171(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGGG
SmilChr08G002748 Chr08 NC_080394.1:27124747-27124756promoter 内 3258-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 27125490-27127014(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr05G002543 Chr05 NC_080391.1:28379413-28379422promoter 内 3250-3259 bp + 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 28380164-28383807(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGGG
SmilChr08G000573 Chr08 NC_080394.1:4170718-4170727promoter 内 3206-3215 bp - 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 4168312-4169932(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGCA
SmilChr05G000603 Chr05 NC_080391.1:4539039-4539048promoter 内 3198-3207 bp + 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 4534778-4538245(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr04G003224 Chr04 NC_080390.1:49048529-49048538promoter 内 3158-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 49049372-49050061(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CCCCGTACAG
SmilChr08G004736 Chr08 NC_080394.1:56765027-56765036promoter 内 3152-3161 bp - 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 56763531-56764187(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGGG
SmilChr04G000590 Chr04 NC_080390.1:6589416-6589425promoter 内 3110-3119 bp + 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 6590307-6591658(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGGG
SmilChr04G000785 Chr04 NC_080390.1:9656374-9656383promoter 内 3034-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 9652815-9655416(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGGG
SmilChr05G001442 Chr05 NC_080391.1:13166389-13166398promoter 内 2980-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 13163469-13165377(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr08G000112 Chr08 NC_080394.1:705189-705198promoter 内 2924-2933 bp + 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 706266-709820(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGCA
SmilChr05G001620 Chr05 NC_080391.1:14976298-14976307promoter 内 2921-2930 bp + 1071 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 14977378-14978901(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGCA
SmilChr02G004973 Chr02 NC_080388.1:71621689-71621698promoter 内 2919-2928 bp - 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 71622771-71626876(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr02G002921 Chr02 NC_080388.1:49585252-49585261promoter 内 2914-2923 bp - 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 49586339-49591276(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr08G000030 Chr08 NC_080394.1:236138-236147promoter 内 2877-2886 bp - 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 192477-235023(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGGG
SmilChr03G000804 Chr03 NC_080389.1:9200768-9200777promoter 内 2875-2884 bp + 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 9197100-9199651(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CCCCGTACAG
SmilChr01G004800 Chr01 NC_080387.1:66207227-66207236promoter 内 2728-2737 bp - 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 66208500-66209420(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr06G000808 Chr06 NC_080392.1:7593515-7593524promoter 内 2713-2722 bp - 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 7588222-7592236(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGGG
SmilChr01G002819 Chr01 NC_080387.1:46757286-46757295promoter 内 2661-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 46755197-46755955(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGGG
SmilChr07G000590 Chr07 NC_080393.1:4028342-4028351promoter 内 2650-2659 bp - 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 4023528-4027000(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGCA
SmilChr02G004115 Chr02 NC_080388.1:63458280-63458289promoter 内 2641-2650 bp + 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 63455483-63456929(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr07G004275 Chr07 NC_080393.1:55227104-55227113promoter 内 2632-2641 bp + 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 55228473-55229388(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGCA
SmilChr05G001550 Chr05 NC_080391.1:14235780-14235789promoter 内 2582-2591 bp + 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 14232927-14234370(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CCCCGTACAG
SmilChr04G003727 Chr04 NC_080390.1:53601563-53601572promoter 内 2552-2561 bp + 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 53603012-53605493(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGGG
SmilChr08G000750 Chr08 NC_080394.1:5538780-5538789promoter 内 2539-2548 bp - 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 5540242-5541947(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr08G003098 Chr08 NC_080394.1:31161004-31161013promoter 内 2464-2473 bp - 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 31162541-31165886(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CCCCGTACAG
SmilChr08G000999 Chr08 NC_080394.1:7512351-7512360promoter 内 2438-2447 bp - 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 7513914-7520777(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
SmilChr04G003824 Chr04 NC_080390.1:54357999-54358008promoter 内 2426-2435 bp - 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 54354338-54356433(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGGG
SmilChr04G001494 Chr04 NC_080390.1:24500309-24500318promoter 内 2324-2333 bp - 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 24501986-24503327(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CCCCGTACAG
SmilChr08G001780 Chr08 NC_080394.1:15006555-15006564promoter 内 2117-2126 bp + 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 15008439-15010005(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGCA
SmilChr02G003978 Chr02 NC_080388.1:62034880-62034889promoter 内 2046-2055 bp + 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 62036835-62048554(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGCA
SmilChr05G000450 Chr05 NC_080391.1:3420319-3420328promoter 内 1939-1948 bp - 2053 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 3413634-3418266(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGCA
SmilChr04G000009 Chr04 NC_080390.1:147349-147358promoter 内 1913-1922 bp - 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 149437-150968(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CCCCGTACAG
SmilChr07G002793 Chr07 NC_080393.1:27810424-27810433promoter 内 1755-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 27812670-27815956(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TGCCGTACAA
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