转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 56 / 138 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000502 Chr02 NC_080388.1:6908258-6908270promoter 内 1205-1217 bp + 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 5 6903650-6905474(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCAGTCAACCTT
SmilChr03G003605 Chr03 NC_080389.1:54695519-54695531promoter 内 962-974 bp + 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 5 54698558-54702926(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCTTTGACTAAC
SmilChr03G003626 Chr03 NC_080389.1:54941355-54941367promoter 内 3845-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 54941511-54945913(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTAGTCAAAGGG
SmilChr01G001603 Chr01 NC_080387.1:30193636-30193648promoter 内 1388-1400 bp - 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 30196249-30197151(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAAAGTCAACACA
SmilChr01G001602 Chr01 NC_080387.1:30193636-30193648promoter 内 1205-1217 bp - 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 30188781-30190852(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTGTTGACTTTC
SmilChr01G002202 Chr01 NC_080387.1:38320084-38320096promoter 内 203-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 38323882-38326237(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTAGTCAACCAA
SmilChr02G000503 Chr02 NC_080388.1:6908258-6908270promoter 内 3819-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 6906871-6908088(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCAGTCAACCTT
SmilChr02G004753 Chr02 NC_080388.1:69727207-69727219promoter 内 3770-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 69727438-69727509(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATAGTCAAAGAA
SmilChr01G001008 Chr01 NC_080387.1:21199788-21199800promoter 内 3690-3702 bp - 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 21200099-21203029(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTAGTCAACCAC
SmilChr02G004754 Chr02 NC_080388.1:69727207-69727219promoter 内 3580-3592 bp - 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 69727628-69728425(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATAGTCAAAGAA
SmilChr03G000209 Chr03 NC_080389.1:2403016-2403028promoter 内 3538-3550 bp - 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 2403479-2406045(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCTAGTCAAAGAA
SmilChr01G005851 Chr01 NC_080387.1:74446034-74446046promoter 内 3345-3357 bp - 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 74442519-74445390(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTGTTGACTTTA
SmilChr02G000239 Chr02 NC_080388.1:3100465-3100477promoter 内 3338-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 3099708-3099814(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTGGTTGACTGGA
SmilChr02G005495 Chr02 NC_080388.1:75107526-75107538promoter 内 2386-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 75104660-75105923(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACAGTCAACACA
SmilChr03G003053 Chr03 NC_080389.1:47419038-47419050promoter 内 2342-2354 bp - 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 47413081-47417391(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGGTTTGACTAAG
SmilChr01G002998 Chr01 NC_080387.1:48931082-48931094promoter 内 2317-2329 bp - 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 48927161-48929410(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTGTTGACTTTC
SmilChr02G005240 Chr02 NC_080388.1:73577425-73577437promoter 内 2134-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 73572201-73575570(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACTTTGACTATA
SmilChr03G000934 Chr03 NC_080389.1:10650828-10650840promoter 内 1958-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 10647369-10648797(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTGTTGACTCTG
SmilChr01G002445 Chr01 NC_080387.1:42038709-42038721promoter 内 1654-1666 bp - 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 42041056-42044875(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATAAGTCAACTGC
SmilChr01G006091 Chr01 NC_080387.1:76394501-76394513promoter 内 1376-1388 bp + 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 76397126-76481394(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCTTTGACTAAA
SmilChr03G000205 Chr03 NC_080389.1:2358211-2358223promoter 内 328-340 bp - 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 2361884-2363159(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCAGTCAACAAC
SmilChr03G004316 Chr03 NC_080389.1:61528010-61528022promoter 内 3949-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 61508826-61527970(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACCAA
SmilChr03G004509 Chr03 NC_080389.1:63179935-63179947promoter 内 3932-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 63176058-63179878(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACCAA
SmilChr02G003349 Chr02 NC_080388.1:54687482-54687494promoter 内 3930-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 54687553-54688263(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTGTTGACTTTC
SmilChr03G004319 Chr03 NC_080389.1:61562353-61562365promoter 内 3930-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 61544876-61562294(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACCAA
SmilChr03G003751 Chr03 NC_080389.1:56585662-56585674promoter 内 3890-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 56582886-56585563(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAAAGAT
SmilChr01G001095 Chr01 NC_080387.1:22422385-22422397promoter 内 3802-3814 bp + 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 22419061-22422198(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTAGTCAACCAC
SmilChr01G003187 Chr01 NC_080387.1:50621068-50621080promoter 内 3647-3659 bp + 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 50614422-50620726(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAAAGTCAACCAA
SmilChr02G004590 Chr02 NC_080388.1:68400261-68400273promoter 内 3635-3647 bp - 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 68398171-68399907(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACTTTGACTATA
SmilChr01G003814 Chr01 NC_080387.1:56522327-56522339promoter 内 3571-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 56521142-56521909(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACGAGTCAACCCG
SmilChr01G005540 Chr01 NC_080387.1:72230882-72230894promoter 内 3492-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 72229168-72230385(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAAGTTGACTAGT
SmilChr01G003852 Chr01 NC_080387.1:56800387-56800399promoter 内 3455-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 56800933-56801689(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACGAGTCAACCCG
SmilChr01G004652 Chr01 NC_080387.1:64636961-64636973promoter 内 3420-3432 bp + 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 64637542-64637843(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCTTTGACTAAC
SmilChr01G000414 Chr01 NC_080387.1:8385385-8385397promoter 内 3358-3370 bp + 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 8382448-8384754(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTAAGTCAACAAC
SmilChr01G002339 Chr01 NC_080387.1:40567328-40567340promoter 内 3063-3075 bp - 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 40562384-40566402(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCTTTGACTAAC
SmilChr03G004382 Chr03 NC_080389.1:62025841-62025853promoter 内 2955-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 62026887-62029727(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACCAA
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