转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 57 / 135 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005163 Chr01 NC_080387.1:69407086-69407095promoter 内 2056-2065 bp - 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 69409031-69438236(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGA
SmilChr01G005848 Chr01 NC_080387.1:74434360-74434369promoter 内 2014-2023 bp + 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 74436347-74437790(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGT
SmilChr01G002893 Chr01 NC_080387.1:47618271-47618280promoter 内 1853-1862 bp - 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 47615292-47616132(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGA
SmilChr01G002709 Chr01 NC_080387.1:45352207-45352216promoter 内 1825-1834 bp + 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45349054-45350040(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGA
SmilChr01G003898 Chr01 NC_080387.1:57262594-57262603promoter 内 1769-1778 bp - 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 57254068-57260371(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGT
SmilChr03G000094 Chr03 NC_080389.1:1055184-1055193promoter 内 1765-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1041581-1052957(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGT
SmilChr04G004016 Chr04 NC_080390.1:55434716-55434725promoter 内 1598-1607 bp + 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 55430396-55432322(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGGG
SmilChr02G004205 Chr02 NC_080388.1:64311349-64311358promoter 内 1580-1589 bp + 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 64313770-64316621(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGA
SmilChr01G004553 Chr01 NC_080387.1:63640304-63640313promoter 内 1458-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 63635851-63637770(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGA
SmilChr01G001999 Chr01 NC_080387.1:35496347-35496356promoter 内 1316-1325 bp - 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 35499032-35502377(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGA
SmilChr02G002688 Chr02 NC_080388.1:46553276-46553285promoter 内 1113-1122 bp + 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 46556164-46557568(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGA
SmilChr04G003054 Chr04 NC_080390.1:47109477-47109486promoter 内 1096-1105 bp - 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 47102009-47106581(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGT
SmilChr02G001913 Chr02 NC_080388.1:34421597-34421606promoter 内 772-781 bp + 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 34424826-34426167(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGT
SmilChr02G001624 Chr02 NC_080388.1:30166657-30166666promoter 内 707-716 bp - 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 30169951-30171198(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGA
SmilChr04G001021 Chr04 NC_080390.1:14301992-14302001promoter 内 691-700 bp + 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 14305302-14306364(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGT
SmilChr02G004336 Chr02 NC_080388.1:65620523-65620532promoter 内 669-678 bp + 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 65613795-65617200(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGA
SmilChr05G000533 Chr05 NC_080391.1:4082182-4082191promoter 内 665-674 bp + 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 4077156-4078855(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGA
SmilChr03G004325 Chr03 NC_080389.1:61618377-61618386promoter 内 567-576 bp - 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 61614255-61614952(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGT
SmilChr02G003110 Chr02 NC_080388.1:52081308-52081317promoter 内 477-486 bp + 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 52075593-52077793(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGA
SmilChr05G001422 Chr05 NC_080391.1:12898430-12898439promoter 内 381-390 bp - 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 12902050-12908325(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGGG
SmilChr03G001534 Chr03 NC_080389.1:19179452-19179461promoter 内 283-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 19183170-19185531(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCCCACGTGT
SmilChr05G001386 Chr05 NC_080391.1:12439647-12439656promoter 内 222-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 12426322-12435877(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGA
SmilChr02G005082 Chr02 NC_080388.1:72459181-72459190promoter 内 133-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72451388-72455322(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGA
SmilChr01G001777 Chr01 NC_080387.1:32659910-32659919promoter 内 97-106 bp - 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 32663814-32665195(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGGA
SmilChr02G003600 Chr02 NC_080388.1:57177960-57177969promoter 内 1717-1726 bp + 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 57180244-57180920(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACGCACGTGA
SmilChr03G002042 Chr03 NC_080389.1:30904505-30904514promoter 内 438-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 30897992-30900951(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACGCACGTGA
SmilChr04G004078 Chr04 NC_080390.1:55845622-55845631promoter 内 3106-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 55846517-55848858(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGTT
SmilChr04G003954 Chr04 NC_080390.1:55088337-55088346promoter 内 3101-3110 bp + 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 55084871-55087446(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCGT
SmilChr04G000584 Chr04 NC_080390.1:6491260-6491269promoter 内 3059-3068 bp - 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 6492202-6495079(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGAC
SmilChr02G001857 Chr02 NC_080388.1:33780329-33780338promoter 内 2706-2715 bp + 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 33781624-33784431(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACGCACGTGA
SmilChr02G004423 Chr02 NC_080388.1:66570752-66570761promoter 内 1140-1149 bp + 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 66565488-66567900(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCGT
SmilChr01G002497 Chr01 NC_080387.1:42783177-42783186promoter 内 40-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 42787138-42790359(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AACCACGTGG
SmilChr04G001268 Chr04 NC_080390.1:20149443-20149452promoter 内 3951-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 20140238-20149402(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACGCACGTGA
SmilChr03G002902 Chr03 NC_080389.1:45773769-45773778promoter 内 3935-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 45768550-45773712(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGT
SmilChr04G000175 Chr04 NC_080390.1:1580316-1580325promoter 内 3916-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 1574599-1580240(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGT
SmilChr02G001573 Chr02 NC_080388.1:29164555-29164564promoter 内 3777-3786 bp + 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 29162480-29164340(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCGT
SmilChr03G001122 Chr03 NC_080389.1:12919078-12919087promoter 内 3390-3399 bp - 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 12919689-12925466(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGTT
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SmilChr01G001258 Chr01 NC_080387.1:25280055-25280064promoter 内 3262-3271 bp - 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 25265830-25279325(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGT
SmilChr02G002779 Chr02 NC_080388.1:47878466-47878475promoter 内 3184-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 47879283-47889343(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACGCACGTGA
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SmilChr01G003697 Chr01 NC_080387.1:55350744-55350753promoter 内 3072-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 55351673-55352897(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGTT
SmilChr02G000082 Chr02 NC_080388.1:1079982-1079991promoter 内 3043-3052 bp - 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 1080940-1082744(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGAC
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SmilChr02G003942 Chr02 NC_080388.1:61560255-61560264promoter 内 2615-2624 bp - 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 61561641-61565712(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGAC
SmilChr04G004136 Chr04 NC_080390.1:56168768-56168777promoter 内 1383-1392 bp + 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 56161622-56166159(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGTT
SmilChr01G005187 Chr01 NC_080387.1:69583234-69583243promoter 内 730-739 bp + 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 69586505-69589186(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AACCACGTGG