靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021741-RA_Salv |
SmilChr01G004920 |
MYB_related | XP_057788125.1 |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 59 / 128 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G002015 |
Chr02 | NC_080388.1:36310924-36310932promoter 内 1351-1359 bp |
- | 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 36306972-36308282(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr03G000064 |
Chr03 | NC_080389.1:729706-729714promoter 内 1309-1317 bp |
- | 2684 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 725468-727022(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr02G002158 |
Chr02 | NC_080388.1:38808075-38808083promoter 内 1297-1305 bp |
- | 2696 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 38804041-38805379(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr02G002495 |
Chr02 | NC_080388.1:43387577-43387585promoter 内 1261-1269 bp |
+ | 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 43390317-43391754(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr01G001811 |
Chr01 | NC_080387.1:33035420-33035428promoter 内 1256-1264 bp |
- | 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 33038165-33038744(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAA |
SmilChr02G002178 |
Chr02 | NC_080388.1:39009187-39009195promoter 内 1249-1257 bp |
- | 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 39003123-39006443(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr02G001117 |
Chr02 | NC_080388.1:20137808-20137816promoter 内 1237-1245 bp |
+ | 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 20132853-20135052(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAA |
SmilChr02G001190 |
Chr02 | NC_080388.1:21826788-21826796promoter 内 1228-1236 bp |
- | 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 21829561-21830552(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAA |
SmilChr01G004732 |
Chr01 | NC_080387.1:65512813-65512821promoter 内 1219-1227 bp |
- | 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 65506016-65510039(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr02G001364 |
Chr02 | NC_080388.1:25623936-25623944promoter 内 1183-1191 bp |
+ | 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 25615077-25621126(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAA |
SmilChr01G004347 |
Chr01 | NC_080387.1:61612877-61612885promoter 内 1174-1182 bp |
- | 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 61615704-61616943(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAA |
SmilChr01G001969 |
Chr01 | NC_080387.1:35077015-35077023promoter 内 1168-1176 bp |
+ | 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 35079848-35080779(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr03G000059 |
Chr03 | NC_080389.1:629454-629462promoter 内 1156-1164 bp |
- | 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 624084-626617(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr02G000617 |
Chr02 | NC_080388.1:8992239-8992247promoter 内 1148-1156 bp |
+ | 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 8986416-8989394(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAA |
SmilChr02G000298 |
Chr02 | NC_080388.1:3766579-3766587promoter 内 1145-1153 bp |
- | 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 3762820-3763731(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr01G005007 |
Chr01 | NC_080387.1:68108778-68108786promoter 内 1131-1139 bp |
+ | 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 68111648-68111721(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr01G000540 |
Chr01 | NC_080387.1:11110052-11110060promoter 内 1122-1130 bp |
+ | 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 11112931-11117794(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr01G000443 |
Chr01 | NC_080387.1:9002926-9002934promoter 内 1078-1086 bp |
+ | 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 8995181-9000011(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAA |
SmilChr03G000302 |
Chr03 | NC_080389.1:3454160-3454168promoter 内 1069-1077 bp |
+ | 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 3449974-3451236(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAA |
SmilChr01G005887 |
Chr01 | NC_080387.1:74785789-74785797promoter 内 1066-1074 bp |
+ | 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 74788724-74795607(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr02G003608 |
Chr02 | NC_080388.1:57322536-57322544promoter 内 1059-1067 bp |
+ | 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 57314820-57319602(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAA |
SmilChr01G002348 |
Chr01 | NC_080387.1:40624452-40624460promoter 内 1044-1052 bp |
+ | 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 40627409-40632379(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr03G000254 |
Chr03 | NC_080389.1:2992202-2992210promoter 内 950-958 bp |
+ | 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 2995253-2997060(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr02G004734 |
Chr02 | NC_080388.1:69570260-69570268promoter 内 945-953 bp |
+ | 3048 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 69573316-69575562(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr02G003858 |
Chr02 | NC_080388.1:60375563-60375571promoter 内 923-931 bp |
- | 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 60369218-60372493(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr01G002722 |
Chr01 | NC_080387.1:45560141-45560149promoter 内 900-908 bp |
- | 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 45563242-45575353(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAA |
SmilChr02G000723 |
Chr02 | NC_080388.1:11668229-11668237promoter 内 847-855 bp |
- | 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 11671383-11672192(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GAACCTAAA |
SmilChr02G004647 |
Chr02 | NC_080388.1:68915317-68915325promoter 内 796-804 bp |
- | 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 68906280-68912120(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr03G000187 |
Chr03 | NC_080389.1:2022227-2022235promoter 内 782-790 bp |
+ | 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 2025446-2028158(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
TTTAGGTTC |
SmilChr01G005159 |
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- | 3217 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 69354760-69355445(+) |
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MP00607 |
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SmilChr01G005008 |
Chr01 | NC_080387.1:68120474-68120482promoter 内 774-782 bp |
+ | 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 68114845-68117255(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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SmilChr01G001756 |
Chr01 | NC_080387.1:32281472-32281480promoter 内 742-750 bp |
- | 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 32284731-32285862(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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SmilChr01G005224 |
Chr01 | NC_080387.1:69777011-69777019promoter 内 724-732 bp |
- | 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 69780288-69782071(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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Chr01 | NC_080387.1:45766474-45766482promoter 内 720-728 bp |
+ | 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 45769755-45771498(+) |
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Chr01 | NC_080387.1:75947677-75947685promoter 内 663-671 bp |
- | 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 75941861-75944347(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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Chr01 | NC_080387.1:58124465-58124473promoter 内 647-655 bp |
+ | 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 58127819-58132541(+) |
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+ | 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 75470795-75474969(-) |
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+ | 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 53943472-53945305(+) |
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