转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 59 / 128 下载 TSV

上一页 59 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002015 Chr02 NC_080388.1:36310924-36310932promoter 内 1351-1359 bp - 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 36306972-36308282(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr03G000064 Chr03 NC_080389.1:729706-729714promoter 内 1309-1317 bp - 2684 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 725468-727022(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr02G002158 Chr02 NC_080388.1:38808075-38808083promoter 内 1297-1305 bp - 2696 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 38804041-38805379(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr02G002495 Chr02 NC_080388.1:43387577-43387585promoter 内 1261-1269 bp + 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 43390317-43391754(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr01G001811 Chr01 NC_080387.1:33035420-33035428promoter 内 1256-1264 bp - 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 33038165-33038744(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr02G002178 Chr02 NC_080388.1:39009187-39009195promoter 内 1249-1257 bp - 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 39003123-39006443(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr02G001117 Chr02 NC_080388.1:20137808-20137816promoter 内 1237-1245 bp + 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 20132853-20135052(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr02G001190 Chr02 NC_080388.1:21826788-21826796promoter 内 1228-1236 bp - 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 21829561-21830552(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr01G004732 Chr01 NC_080387.1:65512813-65512821promoter 内 1219-1227 bp - 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 65506016-65510039(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr02G001364 Chr02 NC_080388.1:25623936-25623944promoter 内 1183-1191 bp + 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 25615077-25621126(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr01G004347 Chr01 NC_080387.1:61612877-61612885promoter 内 1174-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 61615704-61616943(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr01G001969 Chr01 NC_080387.1:35077015-35077023promoter 内 1168-1176 bp + 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 35079848-35080779(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr03G000059 Chr03 NC_080389.1:629454-629462promoter 内 1156-1164 bp - 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 624084-626617(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr02G000617 Chr02 NC_080388.1:8992239-8992247promoter 内 1148-1156 bp + 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8986416-8989394(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr02G000298 Chr02 NC_080388.1:3766579-3766587promoter 内 1145-1153 bp - 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3762820-3763731(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr01G005007 Chr01 NC_080387.1:68108778-68108786promoter 内 1131-1139 bp + 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 68111648-68111721(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr01G000540 Chr01 NC_080387.1:11110052-11110060promoter 内 1122-1130 bp + 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 11112931-11117794(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr01G000443 Chr01 NC_080387.1:9002926-9002934promoter 内 1078-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8995181-9000011(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr03G000302 Chr03 NC_080389.1:3454160-3454168promoter 内 1069-1077 bp + 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3449974-3451236(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr01G005887 Chr01 NC_080387.1:74785789-74785797promoter 内 1066-1074 bp + 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 74788724-74795607(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr02G003608 Chr02 NC_080388.1:57322536-57322544promoter 内 1059-1067 bp + 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 57314820-57319602(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr01G002348 Chr01 NC_080387.1:40624452-40624460promoter 内 1044-1052 bp + 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 40627409-40632379(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr03G000254 Chr03 NC_080389.1:2992202-2992210promoter 内 950-958 bp + 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 2995253-2997060(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr02G004734 Chr02 NC_080388.1:69570260-69570268promoter 内 945-953 bp + 3048 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 69573316-69575562(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr02G003858 Chr02 NC_080388.1:60375563-60375571promoter 内 923-931 bp - 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 60369218-60372493(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr01G002722 Chr01 NC_080387.1:45560141-45560149promoter 内 900-908 bp - 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45563242-45575353(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr02G000723 Chr02 NC_080388.1:11668229-11668237promoter 内 847-855 bp - 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 11671383-11672192(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr02G004647 Chr02 NC_080388.1:68915317-68915325promoter 内 796-804 bp - 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 68906280-68912120(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr03G000187 Chr03 NC_080389.1:2022227-2022235promoter 内 782-790 bp + 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 2025446-2028158(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr01G005159 Chr01 NC_080387.1:69351535-69351543promoter 内 776-784 bp - 3217 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 69354760-69355445(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr01G005008 Chr01 NC_080387.1:68120474-68120482promoter 内 774-782 bp + 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 68114845-68117255(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr01G001756 Chr01 NC_080387.1:32281472-32281480promoter 内 742-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 32284731-32285862(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr01G005224 Chr01 NC_080387.1:69777011-69777019promoter 内 724-732 bp - 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 69780288-69782071(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAA
SmilChr01G002746 Chr01 NC_080387.1:45766474-45766482promoter 内 720-728 bp + 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45769755-45771498(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr01G006041 Chr01 NC_080387.1:75947677-75947685promoter 内 663-671 bp - 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 75941861-75944347(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
SmilChr01G003967 Chr01 NC_080387.1:58124465-58124473promoter 内 647-655 bp + 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 58127819-58132541(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTC
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