转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 60 / 121 下载 TSV

上一页 60 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000271 Chr02 NC_080388.1:3498668-3498682promoter 内 2866-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 3494559-3497547(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGACCT
SmilChr03G002886 Chr03 NC_080389.1:45520372-45520386promoter 内 2833-2847 bp + 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45518729-45519218(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTATATGC
SmilChr03G004140 Chr03 NC_080389.1:60236582-60236596promoter 内 2820-2834 bp - 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 60237763-60239550(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTAGCAAC
SmilChr01G000588 Chr01 NC_080387.1:12742304-12742318promoter 内 2776-2790 bp + 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12743529-12746523(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGACTAGATCTCCT
SmilChr01G000604 Chr01 NC_080387.1:13152927-13152941promoter 内 2759-2773 bp - 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 13148705-13151699(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGACTAGATCTCCT
SmilChr05G001495 Chr05 NC_080391.1:13713516-13713530promoter 内 2749-2763 bp - 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 13714768-13716974(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCCGATCTAGATTT
SmilChr05G001342 Chr05 NC_080391.1:11823369-11823383promoter 内 2741-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 11824629-11828189(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGTCTAGATCTAAG
SmilChr03G003227 Chr03 NC_080389.1:49994099-49994113promoter 内 2737-2751 bp - 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 49989855-49992849(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGACTAGATCTCCT
SmilChr01G004613 Chr01 NC_080387.1:64089938-64089952promoter 内 2733-2747 bp - 1254 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64086966-64088684(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTCCTAGATCTGAT
SmilChr03G002810 Chr03 NC_080389.1:44560284-44560298promoter 内 2698-2712 bp + 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 44561587-44563867(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTGGGATCTGAG
SmilChr02G002426 Chr02 NC_080388.1:42240267-42240281promoter 内 2687-2701 bp - 1300 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 42241581-42241653(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGAGATCTAAACTT
SmilChr04G002183 Chr04 NC_080390.1:35275798-35275812promoter 内 2518-2532 bp + 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 35277281-35278794(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTCTAGATCCCGG
SmilChr02G003488 Chr02 NC_080388.1:56144555-56144569promoter 内 2510-2524 bp + 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 56140501-56143078(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAGAAAT
SmilChr03G004074 Chr03 NC_080389.1:59695468-59695482promoter 内 2409-2423 bp + 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 59697060-59697653(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTATTGGGATCTGAT
SmilChr04G000245 Chr04 NC_080390.1:2214876-2214890promoter 内 2265-2279 bp + 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 2216612-2219167(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGACTAGATCTCCT
SmilChr03G001761 Chr03 NC_080389.1:24027376-24027390promoter 内 2200-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 24029177-24030433(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTTTAGATCTGTT
SmilChr03G003488 Chr03 NC_080389.1:53447550-53447564promoter 内 2130-2144 bp - 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 53449421-53456826(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTAATCAC
SmilChr03G001030 Chr03 NC_080389.1:12015230-12015244promoter 内 2124-2138 bp + 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12012932-12013367(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAGGAAT
SmilChr03G004366 Chr03 NC_080389.1:61871524-61871538promoter 内 2123-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 61873402-61882230(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGATTAGATCTGTT
SmilChr03G002904 Chr03 NC_080389.1:45779941-45779955promoter 内 2102-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45781840-45784500(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCTGAATCTGAA
SmilChr04G000916 Chr04 NC_080390.1:11920255-11920269promoter 内 2099-2113 bp - 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 11914037-11918367(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATATAGATCTATG
SmilChr03G002903 Chr03 NC_080389.1:45779941-45779955promoter 内 1912-1926 bp + 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45774815-45777866(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTCAGATTC
SmilChr04G000602 Chr04 NC_080390.1:6814533-6814547promoter 内 1894-1908 bp + 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 6816640-6818557(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTCTAGATCTCAC
SmilChr01G002257 Chr01 NC_080387.1:39333027-39333041promoter 内 1892-1906 bp - 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 39327723-39330932(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATATAGATCTAAT
SmilChr03G002079 Chr03 NC_080389.1:31909815-31909829promoter 内 1883-1897 bp + 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 31911933-31916492(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTTTAGATCTGTT
SmilChr01G001997 Chr01 NC_080387.1:35430956-35430970promoter 内 1851-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 35433106-35441187(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATCCTAGATCTCAG
SmilChr01G005917 Chr01 NC_080387.1:75004026-75004040promoter 内 1810-1824 bp + 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 75006217-75008694(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATTTAGATCTACT
SmilChr03G002603 Chr03 NC_080389.1:41395798-41395812promoter 内 1654-1668 bp + 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 41398145-41401591(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAAATCTGAA
SmilChr03G002074 Chr03 NC_080389.1:31694355-31694369promoter 内 1643-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 31696713-31698796(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTTAGATCTGTT
SmilChr01G005348 Chr01 NC_080387.1:70722472-70722486promoter 内 1519-1533 bp - 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 70724954-70726316(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAATTTA
SmilChr02G004442 Chr02 NC_080388.1:66784880-66784894promoter 内 1499-1513 bp + 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 66787382-66787453(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTGTAGATCTAAG
SmilChr04G000761 Chr04 NC_080390.1:9286384-9286398promoter 内 1482-1496 bp - 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 9279966-9283879(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTTTAGATCTGTT
SmilChr02G004291 Chr02 NC_080388.1:65230596-65230610promoter 内 1449-1463 bp + 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 65233148-65236124(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGACTGGATCTGAC
SmilChr01G005347 Chr01 NC_080387.1:70722472-70722486promoter 内 1416-1430 bp - 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 70715872-70719901(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAAATTAGATCTAAG
SmilChr01G001902 Chr01 NC_080387.1:34126693-34126707promoter 内 1408-1422 bp + 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34129286-34130890(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAATTAGATCTCAT
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