转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 61 / 137 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004972 Chr01 NC_080387.1:67821269-67821279promoter 内 1149-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 67816486-67818427(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGCG
SmilChr02G003092 Chr02 NC_080388.1:51789766-51789776promoter 内 181-191 bp - 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 51783059-51785956(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAA
SmilChr01G002664 Chr01 NC_080387.1:44876544-44876554promoter 内 3513-3523 bp - 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 44872611-44876066(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAA
SmilChr03G001407 Chr03 NC_080389.1:16669855-16669865promoter 内 3235-3245 bp + 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 16670621-16674981(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGAA
SmilChr02G004141 Chr02 NC_080388.1:63733449-63733459promoter 内 3211-3221 bp + 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 63731730-63732669(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGAC
SmilChr02G003255 Chr02 NC_080388.1:53842361-53842371promoter 内 3114-3124 bp + 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 53836245-53841484(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr03G003171 Chr03 NC_080389.1:49082173-49082183promoter 内 2929-2939 bp + 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 49083245-49091468(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGAA
SmilChr01G005085 Chr01 NC_080387.1:68727581-68727591promoter 内 2854-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 68724846-68726444(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAA
SmilChr03G001096 Chr03 NC_080389.1:12646393-12646403promoter 内 2597-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 12647797-12648573(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGAC
SmilChr01G002659 Chr01 NC_080387.1:44843647-44843657promoter 内 2377-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 44841936-44842033(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr02G003784 Chr02 NC_080388.1:59514962-59514972promoter 内 2346-2356 bp - 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 59511130-59513317(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGAA
SmilChr02G000048 Chr02 NC_080388.1:648810-648820promoter 内 2298-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 650513-656626(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGAC
SmilChr03G003330 Chr03 NC_080389.1:51587141-51587151promoter 内 2285-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 51583607-51585435(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAACTTGGA
SmilChr02G000173 Chr02 NC_080388.1:2219772-2219782promoter 内 2276-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 2211989-2218057(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGAC
SmilChr02G004187 Chr02 NC_080388.1:64199103-64199113promoter 内 2173-2183 bp - 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 64196032-64197285(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGAA
SmilChr01G002658 Chr01 NC_080387.1:44843647-44843657promoter 内 2027-2037 bp + 1964 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 44841605-44841683(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr02G002658 Chr02 NC_080388.1:46011470-46011480promoter 内 1945-1955 bp + 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 46013526-46016442(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGAA
SmilChr03G003332 Chr03 NC_080389.1:51587141-51587151promoter 内 1727-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 51589415-51591216(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGCG
SmilChr01G002726 Chr01 NC_080387.1:45618692-45618702promoter 内 1715-1725 bp - 2276 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 45620978-45622168(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGCG
SmilChr01G001088 Chr01 NC_080387.1:22334069-22334079promoter 内 1607-1617 bp - 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 22328507-22331685(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTG
SmilChr02G001139 Chr02 NC_080388.1:20559142-20559152promoter 内 1521-1531 bp + 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 20561622-20562869(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGAA
SmilChr02G002026 Chr02 NC_080388.1:36505376-36505386promoter 内 1411-1421 bp + 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 36502182-36502796(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr02G002027 Chr02 NC_080388.1:36509232-36509242promoter 内 1411-1421 bp + 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 36506038-36506652(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr02G003104 Chr02 NC_080388.1:51964267-51964277promoter 内 1356-1366 bp + 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 51966912-51969101(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGAA
SmilChr01G002777 Chr01 NC_080387.1:46212536-46212546promoter 内 1119-1129 bp - 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 46205267-46209664(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGAA
SmilChr03G000143 Chr03 NC_080389.1:1576400-1576410promoter 内 963-973 bp + 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 1569688-1573372(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGGC
SmilChr02G001408 Chr02 NC_080388.1:26710416-26710426promoter 内 750-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 26713667-26715983(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGGC
SmilChr03G003822 Chr03 NC_080389.1:57276403-57276413promoter 内 628-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 57265123-57273040(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTG
SmilChr01G003815 Chr01 NC_080387.1:56527772-56527782promoter 内 527-537 bp - 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 56522984-56524308(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTG
SmilChr02G004775 Chr02 NC_080388.1:69902771-69902781promoter 内 467-477 bp - 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 69906305-69910079(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr03G001443 Chr03 NC_080389.1:17196043-17196053promoter 内 450-460 bp - 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 17199594-17200208(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr01G003851 Chr01 NC_080387.1:56794785-56794795promoter 内 338-348 bp + 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 56798448-56799858(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTG
SmilChr02G003513 Chr02 NC_080388.1:56320150-56320160promoter 内 86-96 bp + 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 56324065-56326253(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAA
SmilChr03G000602 Chr03 NC_080389.1:6678541-6678551promoter 内 3946-3956 bp - 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 6678596-6681405(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGCG
SmilChr03G000528 Chr03 NC_080389.1:5653441-5653451promoter 内 3833-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 5651875-5653283(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGCG
SmilChr01G005656 Chr01 NC_080387.1:72908276-72908286promoter 内 3812-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 72908465-72910533(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAA
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